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万見
- EMDB-34047: Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34047
タイトルCryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex with two RsmA protein dimers
マップデータ
試料
  • 複合体: RNP1-4
    • タンパク質・ペプチド: Translational regulator CsrA
    • RNA: RsmZ RNA
キーワードRNA-protein complex / RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Jia X / Pan Z / Yuan Y / Luo B / Luo Y / Mukherjee S / Jia G / Ling X / Yang X / Wu Y ...Jia X / Pan Z / Yuan Y / Luo B / Luo Y / Mukherjee S / Jia G / Ling X / Yang X / Wu Y / Liu T / Wei X / Bujnick JM / Zhao K / Su Z
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970131 中国
Other government20822041D4057
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence.
著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei ...著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei Zhao / Zhaoming Su /
履歴
登録2022年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 224 pix.
= 190.4 Å		0.85 Å/pix.
x 224 pix.
= 190.4 Å		0.85 Å/pix.
x 224 pix.
= 190.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.144
最小 - 最大-0.5501204 - 1.0395353
平均 (標準偏差)0.0036273699 (±0.038551528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 190.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34047_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34047_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNP1-4

全体名称: RNP1-4
要素
  • 複合体: RNP1-4
    • タンパク質・ペプチド: Translational regulator CsrA
    • RNA: RsmZ RNA

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超分子 #1: RNP1-4

超分子名称: RNP1-4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: Translational regulator CsrA

分子名称: Translational regulator CsrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 6.198266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLILTRRVGE TLMVGDDVTV TVLGVKGNQV RIGVNAPKEV AVHREEIYQR IQKEK

UniProtKB: Translational regulator CsrA

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分子 #2: RsmZ RNA

分子名称: RsmZ RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 38.400934 KDa
配列文字列:
GCGUACAGGG AACACGCAAC CCCGAAGGAU CGGGGAAGGG ACGUCGCCAG GGAGGCGAUU CCAUCAGGAU GAUGACGAGG GACUGAAGA GUGGGCGGGG UAAUACCCCG CCCCUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 59.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 211463
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2mf0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4kji

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7yr6:
Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex with two RsmA protein dimers

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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