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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34034 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 BA.2.75 S Trimer (1 RBD Up) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang L | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022 タイトル: Characterization of the enhanced infectivity and antibody evasion of Omicron BA.2.75. 著者: Yunlong Cao / Weiliang Song / Lei Wang / Pan Liu / Can Yue / Fanchong Jian / Yuanling Yu / Ayijiang Yisimayi / Peng Wang / Yao Wang / Qianhui Zhu / Jie Deng / Wangjun Fu / Lingling Yu / Na ...著者: Yunlong Cao / Weiliang Song / Lei Wang / Pan Liu / Can Yue / Fanchong Jian / Yuanling Yu / Ayijiang Yisimayi / Peng Wang / Yao Wang / Qianhui Zhu / Jie Deng / Wangjun Fu / Lingling Yu / Na Zhang / Jing Wang / Tianhe Xiao / Ran An / Jing Wang / Lu Liu / Sijie Yang / Xiao Niu / Qingqing Gu / Fei Shao / Xiaohua Hao / Bo Meng / Ravindra Kumar Gupta / Ronghua Jin / Youchun Wang / Xiaoliang Sunney Xie / Xiangxi Wang / 要旨: Recently emerged SARS-CoV-2 Omicron subvariant, BA.2.75, displayed a growth advantage over circulating BA.2.38, BA.2.76, and BA.5 in India. However, the underlying mechanisms for enhanced ...Recently emerged SARS-CoV-2 Omicron subvariant, BA.2.75, displayed a growth advantage over circulating BA.2.38, BA.2.76, and BA.5 in India. However, the underlying mechanisms for enhanced infectivity, especially compared with BA.5, remain unclear. Here, we show that BA.2.75 exhibits substantially higher affinity for host receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) than BA.5 and other variants. Structural analyses of BA.2.75 spike shows its decreased thermostability and increased frequency of the receptor binding domain (RBD) in the "up" conformation under acidic conditions, suggesting enhanced low-pH-endosomal cell entry. Relative to BA.4/BA.5, BA.2.75 exhibits reduced evasion of humoral immunity from BA.1/BA.2 breakthrough-infection convalescent plasma but greater evasion of Delta breakthrough-infection convalescent plasma. BA.5 breakthrough-infection plasma also exhibits weaker neutralization against BA.2.75 than BA.5, mainly due to BA.2.75's distinct neutralizing antibody (NAb) escape pattern. Antibody therapeutics Evusheld and Bebtelovimab remain effective against BA.2.75. These results suggest BA.2.75 may prevail after BA.4/BA.5, and its increased receptor-binding capability could support further immune-evasive mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34034.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34034-v30.xml emd-34034.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34034.png | 27.1 KB | ||
その他 | emd_34034_half_map_1.map.gz emd_34034_half_map_2.map.gz | 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34034 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34034_validation.pdf.gz | 734.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34034_full_validation.pdf.gz | 733.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34034_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34034_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34034 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yqtMC 7yquC 7yqvC 7yqwC 7yqxC 7yqyC 7yqzC 7yr0C 7yr1C 7yr2C 7yr3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34034_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34034_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BA.2.75 Spike trimer
全体 | 名称: BA.2.75 Spike trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: BA.2.75 Spike trimer
超分子 | 名称: BA.2.75 Spike trimer / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 141.125547 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYYHENNKSR MESELRVYSS A NNCTFEYV ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYYHENNKSR MESELRVYSS A NNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPVN LGRDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSSWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFH EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SKLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLQSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHRAAA SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV NHNAQALNTL V KQLSSKFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ YIKWPWYIWL GFIAGLIAIV MVTIMLCCMT SCCSCLKGCC SCGSCCKFDE DDSEPVLKGV KLHYT |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 45 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227658 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |