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- EMDB-34016: Lloviu cuevavirus nucleoprotein-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34016
タイトルLloviu cuevavirus nucleoprotein-RNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Lloviu cuevavirus nucleoprotein RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードnucleoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / viral nucleocapsid / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Lloviu cuevavirus (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0356 Å
データ登録者Hu SF / Fujita-Fujiharu Y / Sugita Y / Wendt L / Muramoto Y / Nakano M / Hoenen T / Noda T
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21J12207 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K07052 日本
Japan Science and TechnologyJPMJFR214S 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)21wm0325023j0002 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20HA 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama1214032 日本
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2023
タイトル: Cryoelectron microscopic structure of the nucleoprotein-RNA complex of the European filovirus, Lloviu virus.
著者: Shangfan Hu / Yoko Fujita-Fujiharu / Yukihiko Sugita / Lisa Wendt / Yukiko Muramoto / Masahiro Nakano / Thomas Hoenen / Takeshi Noda /
要旨: Lloviu virus (LLOV) is a novel filovirus detected in Schreiber's bats in Europe. The isolation of the infectious LLOV from bats has raised public health concerns. However, the virological and ...Lloviu virus (LLOV) is a novel filovirus detected in Schreiber's bats in Europe. The isolation of the infectious LLOV from bats has raised public health concerns. However, the virological and molecular characteristics of LLOV remain largely unknown. The nucleoprotein (NP) of LLOV encapsidates the viral genomic RNA to form a helical NP-RNA complex, which acts as a scaffold for nucleocapsid formation and de novo viral RNA synthesis. In this study, using single-particle cryoelectron microscopy, we determined two structures of the LLOV NP-RNA helical complex, comprising a full-length and a C-terminally truncated NP. The two helical structures were identical, demonstrating that the N-terminal region determines the helical arrangement of the NP. The LLOV NP-RNA protomers displayed a structure similar to that in the Ebola and Marburg virus, but the spatial arrangements in the helix differed. Structure-based mutational analysis identified amino acids involved in the helical assembly and viral RNA synthesis. These structures advance our understanding of the filovirus nucleocapsid formation and provide a structural basis for the development of antifiloviral therapeutics.
履歴
登録2022年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34016.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34016.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.17110413 - 0.2948582
平均 (標準偏差)0.0005879972 (±0.014132421)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 452.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34016_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34016_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lloviu cuevavirus nucleoprotein RNA complex

全体名称: Lloviu cuevavirus nucleoprotein RNA complex
要素
  • 複合体: Lloviu cuevavirus nucleoprotein RNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Lloviu cuevavirus nucleoprotein RNA complex

超分子名称: Lloviu cuevavirus nucleoprotein RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lloviu cuevavirus (ウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lloviu cuevavirus (ウイルス) / 株: isolate Bat/Spain/Asturias-Bat86/2003
分子量理論値: 84.553094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNRYLGHGTR TSRENTNLSE LHGILSLGLN VDHTIVRKKS IPLFEIGNSD QVCNWIIQII EAGVDLQEVA DSFLTMLCVN HAYQGDPNL FLESPAAHYL KGHGIHFEIQ HRDNVDHITD LLGVGSRDKS LRKTLSALEF EPGGTTTAGM FLSFASLFLP K LVVGERAC ...文字列:
MNRYLGHGTR TSRENTNLSE LHGILSLGLN VDHTIVRKKS IPLFEIGNSD QVCNWIIQII EAGVDLQEVA DSFLTMLCVN HAYQGDPNL FLESPAAHYL KGHGIHFEIQ HRDNVDHITD LLGVGSRDKS LRKTLSALEF EPGGTTTAGM FLSFASLFLP K LVVGERAC LEKVQRQIQI HAEQGLIQYP TQWQSVGHMM VVFRLIRVNF VLKFLLVHQG MHMMAGHDAN DAIIANSISQ TR FSGLLIV KTVLEHILQK TEAGVQLHPL ARTSKVKGEL LAFKSALEAL ASHREYAPFA RLLNLSGVNN LEHGLYPQLS AIA LGVATA HGSTLAGVNV SEQYQQLREA ATEAEKQLQQ HSEMRELETL GLDEQERKIL ATFHSRKNEI NIQQTSSILA IRKE RLRKL TEALTEEKNK NALDDEDESE EDDWSPENRG IRSNKGSTKE PSSYTASRTE EDRNNYNSKD DHLSGKEQMS TQQES GADD LDLFDLDDDG DTNSQDPNNR QKQSDTQQTQ ESSDRSDYSR RPAYDWPPGD RPHTTQATDE HTDLLNKDHR RNQVKP GRR GNDPRTLPLI SFDDNEGEIL DDKSDLPAPD THSDPDTEES EEEHPDEELL PPAPKYSTKT SEQEPGDWKQ PTSPLST IP EEEGGHEANN DNSESDLIDQ MYQHIFKTEG AYAAINYYYK TTGRPVTFTS NNNHDYTFPQ DTEGLFPPWE GKENQKVA E ILTNSLHETG QEWADMSAKE RYLFLINN

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.792037 KDa
配列文字列:
UUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane Hydrochloride
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 mMCaCl2calcium chloride
1.0 mMDTTdithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Apply 1.25 micro litters of sample from each side of the grid and blot for 7 seconds before plugging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector with two hexapole elements
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3122 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 62855
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cylinder created by relion_helix_toolbox
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0356 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 26797
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: RELION 3D classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5z9w


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 20-400 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ypw:
Lloviu cuevavirus nucleoprotein-RNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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