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- EMDB-33990: Cryo-EM structure of EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33990
タイトルCryo-EM structure of EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3 (localized refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3
    • 複合体: gp42
      • タンパク質・ペプチド: Soluble gp42
    • 複合体: 5E3,3E8
      • タンパク質・ペプチド: 5E3 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 3E8 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 5E3 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 3E8 light chain
キーワードEBV / Cryo-EM / Glycoprotein / gHgL-gp42 complex / Antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / carbohydrate binding / virion membrane / membrane / Glycoprotein 42
機能・相同性情報
生物種Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Liu L / Sun H / Jiang Y / Hong J / Zheng Q / Li S / Chen Y / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2023
タイトル: Non-overlapping epitopes on the gHgL-gp42 complex for the rational design of a triple-antibody cocktail against EBV infection.
著者: Junping Hong / Ling Zhong / Liqin Liu / Qian Wu / Wanlin Zhang / Kaiyun Chen / Dongmei Wei / Hui Sun / Xiang Zhou / Xinyu Zhang / Yin-Feng Kang / Yang Huang / Junyu Chen / Guosong Wang / Yan ...著者: Junping Hong / Ling Zhong / Liqin Liu / Qian Wu / Wanlin Zhang / Kaiyun Chen / Dongmei Wei / Hui Sun / Xiang Zhou / Xinyu Zhang / Yin-Feng Kang / Yang Huang / Junyu Chen / Guosong Wang / Yan Zhou / Yanhong Chen / Qi-Sheng Feng / Hai Yu / Shaowei Li / Mu-Sheng Zeng / Yi-Xin Zeng / Miao Xu / Qingbing Zheng / Yixin Chen / Xiao Zhang / Ningshao Xia /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is closely associated with cancer, multiple sclerosis, and post-acute coronavirus disease 2019 (COVID-19) sequelae. There are currently no approved therapeutics or vaccines ...Epstein-Barr virus (EBV) is closely associated with cancer, multiple sclerosis, and post-acute coronavirus disease 2019 (COVID-19) sequelae. There are currently no approved therapeutics or vaccines against EBV. It is noteworthy that combining multiple EBV glycoproteins can elicit potent neutralizing antibodies (nAbs) against viral infection, suggesting possible synergistic effects. Here, we characterize three nAbs (anti-gp42 5E3, anti-gHgL 6H2, and anti-gHgL 10E4) targeting different glycoproteins of the gHgL-gp42 complex. Two antibody cocktails synergistically neutralize infection in B cells (5E3+6H2+10E4) and epithelial cells (6H2+10E4) in vitro. Moreover, 5E3 alone and the 5E3+6H2+10E4 cocktail confer potent in vivo protection against lethal EBV challenge in humanized mice. The cryo-EM structure of a heptatomic gHgL-gp42 immune complex reveals non-overlapping epitopes of 5E3, 6H2, and 10E4 on the gHgL-gp42 complex. Structural and functional analyses highlight different neutralization mechanisms for each of the three nAbs. In summary, our results provide insight for the rational design of therapeutics or vaccines against EBV infection.
履歴
登録2022年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 448 pix.
= 348.544 Å		0.78 Å/pix.
x 448 pix.
= 348.544 Å		0.78 Å/pix.
x 448 pix.
= 348.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.778 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.41890854 - 1.1366401
平均 (標準偏差)0.00023202332 (±0.0096226595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 348.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33990_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33990_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3

全体名称: EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3
要素
  • 複合体: EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3
    • 複合体: gp42
      • タンパク質・ペプチド: Soluble gp42
    • 複合体: 5E3,3E8
      • タンパク質・ペプチド: 5E3 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 3E8 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 5E3 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 3E8 light chain

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超分子 #1: EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3

超分子名称: EBV gHgL-gp42 in complex with mAbs 3E8 and 5E3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: gp42

超分子名称: gp42 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #3: 5E3,3E8

超分子名称: 5E3,3E8 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Soluble gp42

分子名称: Soluble gp42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: GD1
分子量理論値: 15.593692 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
FQVPQNYTKA NCTYCNTREY TFSYKGCCFY FTKKKHTWNG CFQACAELYP CTYFYGPTPD ILPVVTRNLN AIESLWVGVY RVGEGNWTS LDGGTFKVYQ IFGSHCTYVS KFSTVPVSHH ECSFLKPCLC VSQRSNS

UniProtKB: Glycoprotein 42

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分子 #2: 5E3 heavy chain

分子名称: 5E3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.153532 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QPVEESGGRL VTPGTPLTLT CTVSGFSLST YAMSWVRQAP GKGLEWIGTI SASDTTYFAN WTKGRFTISK ASTTVDLKIT SPTTEDTAT FFCARFSAYE SNRDYFDTFD PWGPGTLVTV SS

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分子 #3: 3E8 heavy chain

分子名称: 3E8 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.123596 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QPVKESGGRL VTPGTPLTLT CTASGFSLSS YWMSWVRQAR GKGLEWIGTA TAGGSAWYAS WAKGRFTISR TSTTVELRMT SLTTEDTAT YFCARDPPGH SGLWGRGTLV TVSS

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分子 #4: 5E3 light chain

分子名称: 5E3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.543807 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DVVMTQTPSP VSAAVGGTVT IKCQASQNIY RDLAWYQQNP GQPPKLLIYG ASNLASGVPS RFSGSGSGTE YILTISDLEC ADAATYYCQ CSAYGSGYAA HAFGGGTKVD IK

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分子 #5: 3E8 light chain

分子名称: 3E8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.834026 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DLVMTQTPAS VEAAVGGTVT IKCQASESIG NALAWYQQKP GQPPKLLIYD TSNLASGVSS RFRGSGSGTQ FTLTISDLEC ADAATYYCQ TYYYSGVTTT YQAFGGGTEV DVK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 167595
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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