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万見
- EMDB-33985: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33985
タイトルComplex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with NPY and Gi
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Complex structure of NPY-Y2R-Gi-scFv16
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Neuropeptide Y receptor type 2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: single-chain antibody Fv fragment (scFv16)
    • 複合体: NPY
      • タンパク質・ペプチド: Neuropeptide Y
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nervous system process / regulation of nerve growth factor production / peptide YY receptor activity / short-day photoperiodism / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of peptide secretion / neuropeptide Y receptor activity / monocyte activation / positive regulation of dopamine metabolic process ...negative regulation of nervous system process / regulation of nerve growth factor production / peptide YY receptor activity / short-day photoperiodism / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of peptide secretion / neuropeptide Y receptor activity / monocyte activation / positive regulation of dopamine metabolic process / : / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / negative regulation of secretion / positive regulation of eating behavior / positive regulation of appetite / cardiac left ventricle morphogenesis / synaptic signaling via neuropeptide / adult feeding behavior / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of smooth muscle contraction / drinking behavior / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of dopamine secretion / neuropeptide hormone activity / positive regulation of cell-substrate adhesion / feeding behavior / non-motile cilium / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of feeding behavior / regulation of synaptic vesicle exocytosis / central nervous system neuron development / outflow tract morphogenesis / locomotory exploration behavior / developmental growth / : / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuronal dense core vesicle / behavioral fear response / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / negative regulation of blood pressure / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / Peptide ligand-binding receptors / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / calcium channel regulator activity / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / locomotory behavior / response to prostaglandin E / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cerebral cortex development / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / G protein-coupled receptor activity / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / neuron projection development / terminal bouton / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Neuropeptide Y2 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Neuropeptide Y2 receptor / Neuropeptide Y receptor family / Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-neuropeptide Y / Neuropeptide Y receptor type 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Kang H / Park C / Kim J / Choi H-J
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063903 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1A2C2003783 韓国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural basis for Y2 receptor-mediated neuropeptide Y and peptide YY signaling.
著者: Hyunook Kang / Chaehee Park / Yeol Kyo Choi / Jungnam Bae / Sohee Kwon / Jinuk Kim / Chulwon Choi / Chaok Seok / Wonpil Im / Hee-Jung Choi /
要旨: Neuropeptide Y (NPY) and its receptors are expressed in various human tissues including the brain where they regulate appetite and emotion. Upon NPY stimulation, the neuropeptide Y1 and Y2 receptors ...Neuropeptide Y (NPY) and its receptors are expressed in various human tissues including the brain where they regulate appetite and emotion. Upon NPY stimulation, the neuropeptide Y1 and Y2 receptors (YR and YR, respectively) activate G signaling, but their physiological responses to food intake are different. In addition, deletion of the two N-terminal amino acids of peptide YY (PYY(3-36)), the endogenous form found in circulation, can stimulate YR but not YR, suggesting that YR and YR may have distinct ligand-binding modes. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the PYY(3-36)‒YR‒G and NPY‒YR‒G complexes. Using cell-based assays, molecular dynamics simulations, and structural analysis, we revealed the molecular basis of the exclusive binding of PYY(3-36) to YR. Furthermore, we demonstrated that YR favors G protein signaling over β-arrestin signaling upon activation, whereas YR does not show a preference between these two pathways.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD
履歴
登録2022年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33985.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336.6 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336.6 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.5357866 - 7.614795
平均 (標準偏差)0.02088028 (±0.08336912)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local refined map of NPY-Y2R

ファイルemd_33985_additional_1.map
注釈Local refined map of NPY-Y2R
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refined map of G-protein complex

ファイルemd_33985_additional_2.map
注釈Local refined map of G-protein complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex structure of NPY-Y2R-Gi-scFv16

全体名称: Complex structure of NPY-Y2R-Gi-scFv16
要素
  • 複合体: Complex structure of NPY-Y2R-Gi-scFv16
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Neuropeptide Y receptor type 2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: single-chain antibody Fv fragment (scFv16)
    • 複合体: NPY
      • タンパク質・ペプチド: Neuropeptide Y

+
超分子 #1: Complex structure of NPY-Y2R-Gi-scFv16

超分子名称: Complex structure of NPY-Y2R-Gi-scFv16 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #3: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

+
超分子 #4: NPY

超分子名称: NPY / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.415031 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.728152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

+
分子 #4: Neuropeptide Y

分子名称: Neuropeptide Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.277735 KDa
配列文字列:
YPSKPDNPGE DAPAEDMARY YSALRHYINL ITRQR(TYC)

+
分子 #5: Neuropeptide Y receptor type 2

分子名称: Neuropeptide Y receptor type 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.783078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGPIGAEAD ENQTVEEMKV EQYGPQTTPR GELVPDPEPE LIDSTKLIEV QVVLILAYCS IILLGVIGNS LVIHVVIKFK SMRTVTNFF IANLAVADLL VNTLCLPFTL TYTLMGEWKM GPVLCHLVPY AQGLAVQVST ITLTVIALDR YRCIVYHLES K ISKRISFL ...文字列:
GPGPIGAEAD ENQTVEEMKV EQYGPQTTPR GELVPDPEPE LIDSTKLIEV QVVLILAYCS IILLGVIGNS LVIHVVIKFK SMRTVTNFF IANLAVADLL VNTLCLPFTL TYTLMGEWKM GPVLCHLVPY AQGLAVQVST ITLTVIALDR YRCIVYHLES K ISKRISFL IIGLAWGISA LLASPLAIFR EYSLIEIIPD FEIVACTEKW PGEEKSIYGT VYSLSSLLIL YVLPLGIISF SY TRIWSKL KNHVSPGAAN DHYHQRRQKT TKMLVCVVVV FAVCWLPLHA FQLAVDIDSQ VLDLKEYKLI FTVFHIIAMC STF ANPLLY GWMNSNYRKA FLSAFRCEQR LDAIHSEVSV TFKAKKNLEV RKNSGPNDSF TEATNVASGL EVLFQ

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分子 #6: single-chain antibody Fv fragment (scFv16)

分子名称: single-chain antibody Fv fragment (scFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.784896 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAHHHHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 9842630
初期モデル#0 - モデルのタイプ: OTHER
#0 - 詳細: Initial 3D volume generated by ab initio reconstruction
#1 - モデルのタイプ: OTHER
#1 - 詳細: Initial 3D volume generated by ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 500366
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7ddz

chain_id: A

7vgx

chain_id: A

7vgx

chain_id: B

7vgx

chain_id: G

7vgx

chain_id: S
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7yoo:
Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with NPY and Gi

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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