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- EMDB-3398: Electron Cryotomography and subvolume averaging of the cytoplasmi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3398
タイトルElectron Cryotomography and subvolume averaging of the cytoplasmic chemoreceptor array in Vibrio cholerae
マップデータsubvolume average of the cytoplasmic array in V. cholerae
試料
  • 試料: cytoplasmic array subvolume average from whole cell tomogram
  • タンパク質・ペプチド: DosM
キーワードchemotaxis / chemoreceptor / Vibrio cholerae / cytoplasmic chemoreceptor array
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Briegel A / Ortega D R / Mann P / Kjaer A / Ringgaard S / Jensen G J
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Chemotaxis cluster 1 proteins form cytoplasmic arrays in Vibrio cholerae and are stabilized by a double signaling domain receptor DosM.
著者: Ariane Briegel / Davi R Ortega / Petra Mann / Andreas Kjær / Simon Ringgaard / Grant J Jensen /
要旨: Nearly all motile bacterial cells use a highly sensitive and adaptable sensory system to detect changes in nutrient concentrations in the environment and guide their movements toward attractants and ...Nearly all motile bacterial cells use a highly sensitive and adaptable sensory system to detect changes in nutrient concentrations in the environment and guide their movements toward attractants and away from repellents. The best-studied bacterial chemoreceptor arrays are membrane-bound. Many motile bacteria contain one or more additional, sometimes purely cytoplasmic, chemoreceptor systems. Vibrio cholerae contains three chemotaxis clusters (I, II, and III). Here, using electron cryotomography, we explore V. cholerae's cytoplasmic chemoreceptor array and establish that it is formed by proteins from cluster I. We further identify a chemoreceptor with an unusual domain architecture, DosM, which is essential for formation of the cytoplasmic arrays. DosM contains two signaling domains and spans the two-layered cytoplasmic arrays. Finally, we present evidence suggesting that this type of receptor is important for the structural stability of the cytoplasmic array.
履歴
登録2016年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月4日-
マップ公開2016年8月31日-
更新2016年8月31日-
現状2016年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 178
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 178
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

DosMmap.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈subvolume average of the cytoplasmic array in V. cholerae
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.62 Å/pix.
x 101 pix.
= 668.418 Å		6.62 Å/pix.
x 80 pix.
= 529.44 Å		6.62 Å/pix.
x 80 pix.
= 529.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.618 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 178.0 / ムービー #1: 178
最小 - 最大165.449996950000013 - 185.710006709999988
平均 (標準偏差)173.549728390000013 (±2.58399725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-49
サイズ8080101
Spacing8080101
セルA: 529.44 Å / B: 529.44 Å / C: 668.418 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.6186.6186.618
M x/y/z8080101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z529.440529.440668.418
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-49
NC/NR/NS8080101
D min/max/mean165.450185.710173.550

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cytoplasmic array subvolume average from whole cell tomogram

全体名称: cytoplasmic array subvolume average from whole cell tomogram
要素
  • 試料: cytoplasmic array subvolume average from whole cell tomogram
  • タンパク質・ペプチド: DosM

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超分子 #1000: cytoplasmic array subvolume average from whole cell tomogram

超分子名称: cytoplasmic array subvolume average from whole cell tomogram
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: DosM

分子名称: DosM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 細胞中の位置: cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil R2/2 copper grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2015年6月4日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 121 / 平均電子線量: 160 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: imod / 使用したサブトモグラム数: 80
CTF補正詳細: imod

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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