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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cas7-11-crRNA-Csx29 ternary complex | |||||||||
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機能・相同性 | CHAT domain / CHAT domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / CRISPR-associated RAMP family protein / CHAT domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | |||||||||
![]() | Huo Y / Dong Q / Zhao H / Jiang T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure and protease activity of the type III-E CRISPR-Cas effector. 著者: Yangao Huo / Hongshen Zhao / Qinghua Dong / Tao Jiang / ![]() 要旨: The recently discovered type III-E CRISPR-Cas effector Cas7-11 shows promise when used as an RNA manipulation tool, but its structure and the mechanisms underlying its function remain unclear. Here ...The recently discovered type III-E CRISPR-Cas effector Cas7-11 shows promise when used as an RNA manipulation tool, but its structure and the mechanisms underlying its function remain unclear. Here we present four cryo-EM structures of Desulfonema ishimotonii Cas7-11-crRNA complex in pre-target and target RNA-bound states, and the cryo-EM structure of DiCas7-11-crRNA bound to its accessory protein DiCsx29. These data reveal structural elements for pre-crRNA processing, target RNA cleavage and regulation. Moreover, a 3' seed region of crRNA is involved in regulating RNA cleavage activity of DiCas7-11-crRNA-Csx29. Our analysis also shows that both the minimal mismatch of 4 nt to the 5' handle of crRNA and the minimal matching of the first 12 nt of the spacer by the target RNA are essential for triggering the protease activity of DiCas7-11-crRNA-Csx29 towards DiCsx30. Taken together, we propose that target RNA recognition and cleavage regulate and fine-tune the protease activity of DiCas7-11-crRNA-Csx29, thus preventing auto-immune responses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 166.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 140.7 MB 140.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33959_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33959_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cas7-11-crRNA-Csx29 ternary complex
全体 | 名称: Cas7-11-crRNA-Csx29 ternary complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cas7-11-crRNA-Csx29 ternary complex
超分子 | 名称: Cas7-11-crRNA-Csx29 ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: CRISPR-associated RAMP family protein
分子 | 名称: CRISPR-associated RAMP family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 183.933 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTTTMKISIE FLEPFRMTKW QESTRRNKNN KEFVRGQAFA RWHRNKKDNT KGRPYITGTL LRSAVIRSAE NLLTLSDGKI SEKTCCPGK FDTEDKDRLL QLRQRSTLRW TDKNPCPDNA ETYCPFCELL GRSGNDGKKA EKKDWRFRIH FGNLSLPGKP D FDGPKAIG ...文字列: MTTTMKISIE FLEPFRMTKW QESTRRNKNN KEFVRGQAFA RWHRNKKDNT KGRPYITGTL LRSAVIRSAE NLLTLSDGKI SEKTCCPGK FDTEDKDRLL QLRQRSTLRW TDKNPCPDNA ETYCPFCELL GRSGNDGKKA EKKDWRFRIH FGNLSLPGKP D FDGPKAIG SQRVLNRVDF KSGKAHDFFK AYEVDHTRFP RFEGEITIDN KVSAEARKLL CDSLKFTDRL CGALCVIRFD EY TPAADSG KQTENVQAEP NANLAEKTAE QIISILDDNK KTEYTRLLAD AIRSLRRSSK LVAGLPKDHD GKDDHYLWDI GKK KKDENS VTIRQILTTS ADTKELKNAG KWREFCEKLG EALYLKSKDM SGGLKITRRI LGDAEFHGKP DRLEKSRSVS IGSV LKETV VCGELVAKTP FFFGAIDEDA KQTDLQVLLT PDNKYRLPRS AVRGILRRDL QTYFDSPCNA ELGGRPCMCK TCRIM RGIT VMDARSEYNA PPEIRHRTRI NPFTGTVAEG ALFNMEVAPE GIVFPFQLRY RGSEDGLPDA LKTVLKWWAE GQAFMS GAA STGKGRFRME NAKYETLDLS DENQRNDYLK NWGWRDEKGL EELKKRLNSG LPEPGNYRDP KWHEINVSIE MASPFIN GD PIRAAVDKRG TDVVTFVKYK AEGEEAKPVC AYKAESFRGV IRSAVARIHM EDGVPLTELT HSDCECLLCQ IFGSEYEA G KIRFEDLVFE SDPEPVTFDH VAIDRFTGGA ADKKKFDDSP LPGSPARPLM LKGSFWIRRD VLEDEEYCKA LGKALADVN NGLYPLGGKS AIGYGQVKSL GIKGDDKRIS RLMNPAFDET DVAVPEKPKT DAEVRIEAEK VYYPHYFVEP HKKVEREEKP CGHQKFHEG RLTGKIRCKL ITKTPLIVPD TSNDDFFRPA DKEARKEKDE YHKSYAFFRL HKQIMIPGSE LRGMVSSVYE T VTNSCFRI FDETKRLSWR MDADHQNVLQ DFLPGRVTAD GKHIQKFSET ARVPFYDKTQ KHFDILDEQE IAGEKPVRMW VK RFIKRLS LVDPAKHPQK KQDNKWKRRK EGIATFIEQK NGSYYFNVVT NNGCTSFHLW HKPDNFDQEK LEGIQNGEKL DCW VRDSRY QKAFQEIPEN DPDGWECKEG YLHVVGPSKV EFSDKKGDVI NNFQGTLPSV PNDWKTIRTN DFKNRKRKNE PVFC CEDDK GNYYTMAKYC ETFFFDLKEN EEYEIPEKAR IKYKELLRVY NNNPQAVPES VFQSRVAREN VEKLKSGDLV YFKHN EKYV EDIVPVRISR TVDDRMIGKR MSADLRPCHG DWVEDGDLSA LNAYPEKRLL LRHPKGLCPA CRLFGTGSYK GRVRFG FAS LENDPEWLIP GKNPGDPFHG GPVMLSLLER PRPTWSIPGS DNKFKVPGRK FYVHHHAWKT IKDGNHPTTG KAIEQSP NN RTVEALAGGN SFSFEIAFEN LKEWELGLLI HSLQLEKGLA HKLGMAKSMG FGSVEIDVES VRLRKDWKQW RNGNSEIP N WLGKGFAKLK EWFRDELDFI ENLKKLLWFP EGDQAPRVCY PMLRKKDDPN GNSGYEELKD GEFKKEDRQK KLTTPWTPW A |
-分子 #3: CHAT domain-containing protein
分子 | 名称: CHAT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 88.311875 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSNPIRDIQD RLKTAKFDNK DDMMNLASSL YKYEKQLMDS SEATLCQQGL SNRPNSFSQL SQFRDSDIQS KAGGQTGKFW QNEYEACKN FQTHKERRET LEQIIRFLQN GAEEKDADDL LLKTLARAYF HRGLLYRPKG FSVPARKVEA MKKAIAYCEI I LDKNEEES ...文字列: MSNPIRDIQD RLKTAKFDNK DDMMNLASSL YKYEKQLMDS SEATLCQQGL SNRPNSFSQL SQFRDSDIQS KAGGQTGKFW QNEYEACKN FQTHKERRET LEQIIRFLQN GAEEKDADDL LLKTLARAYF HRGLLYRPKG FSVPARKVEA MKKAIAYCEI I LDKNEEES EALRIWLYAA MELRRCGEEY PENFAEKLFY LANDGFISEL YDIRLFLEYT EREEDNNFLD MILQENQDRE RL FELCLYK ARACFHLNQL NDVRIYGESA IDNAPGAFAD PFWDELVEFI RMLRNKKSEL WKEIAIKAWD KCREKEMKVG NNI YLSWYW ARQRELYDLA FMAQDGIEKK TRIADSLKSR TTLRIQELNE LRKDAHRKQN RRLEDKLDRI IEQENEARDG AYLR RNPPC FTGGKREEIP FARLPQNWIA VHFYLNELES HEGGKGGHAL IYDPQKAEKD QWQDKSFDYK ELHRKFLEWQ ENYIL NEEG SADFLVTLCR EIEKAMPFLF KSEVIPEDRP VLWIPHGFLH RLPLHAAMKS GNNSNIEIFW ERHASRYLPA WHLFDP APY SREESSTLLK NFEEYDFQNL ENGEIEVYAP SSPKKVKEAI RENPAILLLL CHGEADMTNP FRSCLKLKNK DMTIFDL LT VEDVRLSGSR ILLGACESDM VPPLEFSVDE HLSVSGAFLS HKAGEIVAGL WTVDSEKVDE CYSYLVEEKD FLRNLQEW Q MAETENFRSE NDSSLFYKIA PFRIIGFPAE |
-分子 #2: crRNA (38-MER)
分子 | 名称: crRNA (38-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 15.094032 KDa |
配列 | 文字列: UUGAUGUCAC GGAACAGGAA CUUGAACAAC AUCGUUACUA ACGAGCU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 389783 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |