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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33941 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Coxsackievirus A16 in complex with a neutralizing antibody 9B5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Cong Y / Liu CX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular mechanism of antibody neutralization of coxsackievirus A16. 著者: Chao Zhang / Caixuan Liu / Jinping Shi / Yalei Wang / Cong Xu / Xiaohua Ye / Qingwei Liu / Xue Li / Weihua Qiao / Yannan Yin / Yao Cong / Zhong Huang / 要旨: Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working ...Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working mechanisms of two CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (MAbs), 9B5 and 8C4, are comprehensively investigated. Both 9B5 and 8C4 display potent neutralization in vitro and prophylactic and therapeutic efficacy in a mouse model of CVA16 infection. Mechanistically, 9B5 exerts neutralization primarily through inhibiting CVA16 attachment to cell surface via blockade of CVA16 binding to its attachment receptor, heparan sulfate, whereas 8C4 functions mainly at the post-attachment stage of CVA16 entry by interfering with the interaction between CVA16 and its uncoating receptor SCARB2. Cryo-EM studies show that 9B5 and 8C4 target distinct epitopes located at the 5-fold and 3-fold protrusions of CVA16 capsids, respectively, and exhibit differential binding preference to three forms of naturally occurring CVA16 particles. Moreover, 9B5 and 8C4 are compatible in formulating an antibody cocktail which displays the ability to prevent virus escape seen with individual MAbs. Together, our work elucidates the functional and structural basis of CVA16 antibody-mediated neutralization and protection, providing important information for design and development of effective CVA16 vaccines and antibody therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33941.map.gz | 478 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33941-v30.xml emd-33941.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33941.png | 46 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33941 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33941_validation.pdf.gz | 427.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33941_full_validation.pdf.gz | 427 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33941_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33941_validation.cif.gz | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33941 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of Coxsackievirus A16 in complex with a neutral...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of Coxsackievirus A16 in complex with a neutralizing antibody 9B5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of Coxsackievirus A16 in complex with a neutral...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of Coxsackievirus A16 in complex with a neutralizing antibody 9B5 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.080402 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: GDPIADMIDQ TVNNQVNRSL TALQVLPTAA NTEASSHRLG TGVVPALQAA ETGASSNASD KNLIETRCVL NHHSTQETAI GNFFSRAGL VSIITMPTMG TQNTDGYANW DIDLMGYAQL RRKCELFTYM RFDAEFTFVV AKPNGELVPQ LLQYMYVPPG A PKPTSRDS ...文字列: GDPIADMIDQ TVNNQVNRSL TALQVLPTAA NTEASSHRLG TGVVPALQAA ETGASSNASD KNLIETRCVL NHHSTQETAI GNFFSRAGL VSIITMPTMG TQNTDGYANW DIDLMGYAQL RRKCELFTYM RFDAEFTFVV AKPNGELVPQ LLQYMYVPPG A PKPTSRDS FAWQTATNPS VFVKMTDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHLQAN DLDYGQCPNN MMGTFSIRTV GT KKSPHSI TLRVYMRIKH VRAWIPRPLR NQPYLFKTNP NYKGNDIKCT STSRDKITTL |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.557104 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IVIAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFFTLDTKS WAKDSKGWYW KFPDVLTEV GVFGQNAQFH YLYRSGFCVH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVLGTIAGGT GNENSHPPYA TTQPGQVGAV L THPYVLDA ...文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IVIAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFFTLDTKS WAKDSKGWYW KFPDVLTEV GVFGQNAQFH YLYRSGFCVH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVLGTIAGGT GNENSHPPYA TTQPGQVGAV L THPYVLDA GIPLSQLTVC PHQWINLRTN NCATIIVPYM NTVPFDSALN HCNFGLLVIP VVPLDFNAGA TSEIPITVTI AP MCAEFAG LRQAVKQ |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.646318 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV RNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GSVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列: GIPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPGFHP TPPIHIPGEV RNLLEICRVE TILEVNNLKT NETTPMQRLC FPVSVQSKTG ELCAAFRAD PGRDGPWQST ILGQLCRYYT QWSGSLEVTF MFAGSFMATG KMLIAYTPPG GSVPADRITA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV VPWISNTHYR AHARAGYFDY YTTGIITIWY QTNYVVPIGA PTTAYIVALA AAQDNFTMKL CKDTEDIEQT AN IQ |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.57924 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: MGSQVSTQRS GSHENSNSAS EGSTINYTTI NYYKDAYAAS AGRQDMSQDP KRFTDPVMDV IHEMAPPLK |
-分子 #5: The heavy chain of fab 9B5
分子 | 名称: The heavy chain of fab 9B5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.500203 KDa |
組換発現 | 生物種: Cercopithecus (オナガザル) |
配列 | 文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKTSGYTFT ENTMHWVRQS HGKSLEWIGG IYPKNDDTKY NQKFKGKATL TVDKSSSTAC MELRSLTSE DSAVYYCARG DYENYFYAMD YWGQGTSVTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT V TWNSGSLS ...文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKTSGYTFT ENTMHWVRQS HGKSLEWIGG IYPKNDDTKY NQKFKGKATL TVDKSSSTAC MELRSLTSE DSAVYYCARG DYENYFYAMD YWGQGTSVTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPESVT V TWNSGSLS SSVHTFPALL QSGLYTMSSS VTVPSSTWPS QTVTCSVAHP ASSTTVDKKL |
-分子 #6: The light chain of fab 9B5
分子 | 名称: The light chain of fab 9B5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.600934 KDa |
組換発現 | 生物種: Cercopithecus (オナガザル) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRASENIY SNLAWYQQKQ GKSPQLLVYA ATNLADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGTYYCQ QFWDTPFTFG SGTKLAIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRASENIY SNLAWYQQKQ GKSPQLLVYA ATNLADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGTYYCQ QFWDTPFTFG SGTKLAIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3122 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |