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万見
- EMDB-33866: Cryo-EM structure of SPT-ORMDL3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33866
タイトルCryo-EM structure of SPT-ORMDL3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: SPT-ORMDL3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: ORM1-like protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase small subunit A
  • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide
キーワードceramide / TRANSFERASE-inhibitor complex / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process ...sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / regulation of smooth muscle contraction / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingolipid metabolic process / ceramide biosynthetic process / negative regulation of B cell apoptotic process / motor behavior / positive regulation of lipophagy / adipose tissue development / specific granule membrane / positive regulation of autophagy / myelination / secretory granule membrane / positive regulation of protein localization to nucleus / protein localization / pyridoxal phosphate binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II ...: / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / ORM1-like protein 3 / Serine palmitoyltransferase small subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xie T / Liu P / Gong X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Ceramide sensing by human SPT-ORMDL complex for establishing sphingolipid homeostasis.
著者: Tian Xie / Peng Liu / Xinyue Wu / Feitong Dong / Zike Zhang / Jian Yue / Usha Mahawar / Faheem Farooq / Hisham Vohra / Qi Fang / Wenchen Liu / Binks W Wattenberg / Xin Gong /
要旨: The ORM/ORMDL family proteins function as regulatory subunits of the serine palmitoyltransferase (SPT) complex, which is the initiating and rate-limiting enzyme in sphingolipid biosynthesis. This ...The ORM/ORMDL family proteins function as regulatory subunits of the serine palmitoyltransferase (SPT) complex, which is the initiating and rate-limiting enzyme in sphingolipid biosynthesis. This complex is tightly regulated by cellular sphingolipid levels, but the sphingolipid sensing mechanism is unknown. Here we show that purified human SPT-ORMDL complexes are inhibited by the central sphingolipid metabolite ceramide. We have solved the cryo-EM structure of the SPT-ORMDL3 complex in a ceramide-bound state. Structure-guided mutational analyses reveal the essential function of this ceramide binding site for the suppression of SPT activity. Structural studies indicate that ceramide can induce and lock the N-terminus of ORMDL3 into an inhibitory conformation. Furthermore, we demonstrate that childhood amyotrophic lateral sclerosis (ALS) variants in the SPTLC1 subunit cause impaired ceramide sensing in the SPT-ORMDL3 mutants. Our work elucidates the molecular basis of ceramide sensing by the SPT-ORMDL complex for establishing sphingolipid homeostasis and indicates an important role of impaired ceramide sensing in disease development.
履歴
登録2022年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33866.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027
最小 - 最大-0.13370596 - 0.24912259
平均 (標準偏差)0.000010075137 (±0.006322254)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33866_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33866_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SPT-ORMDL3 complex

全体名称: SPT-ORMDL3 complex
要素
  • 複合体: SPT-ORMDL3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: ORM1-like protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase small subunit A
  • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide

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超分子 #1: SPT-ORMDL3 complex

超分子名称: SPT-ORMDL3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine palmitoyltransferase 2

分子名称: Serine palmitoyltransferase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.00416 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPEPGGCCC RRTVRANGCV ANGEVRNGYV RSSAAAAAAA AAGQIHHVTQ NGGLYKRPFN EAFEETPMLV AVLTYVGYGV LTLFGYLRD FLRYWRIEKC HHATEREEQK DFVSLYQDFE NFYTRNLYMR IRDNWNRPIC SVPGARVDIM ERQSHDYNWS F KYTGNIIK ...文字列:
MRPEPGGCCC RRTVRANGCV ANGEVRNGYV RSSAAAAAAA AAGQIHHVTQ NGGLYKRPFN EAFEETPMLV AVLTYVGYGV LTLFGYLRD FLRYWRIEKC HHATEREEQK DFVSLYQDFE NFYTRNLYMR IRDNWNRPIC SVPGARVDIM ERQSHDYNWS F KYTGNIIK GVINMGSYNY LGFARNTGSC QEAAAKVLEE YGAGVCSTRQ EIGNLDKHEE LEELVARFLG VEAAMAYGMG FA TNSMNIP ALVGKGCLIL SDELNHASLV LGARLSGATI RIFKHNNMQS LEKLLKDAIV YGQPRTRRPW KKILILVEGI YSM EGSIVR LPEVIALKKK YKAYLYLDEA HSIGALGPTG RGVVEYFGLD PEDVDVMMGT FTKSFGASGG YIGGKKELID YLRT HSHSA VYATSLSPPV VEQIITSMKC IMGQDGTSLG KECVQQLAEN TRYFRRRLKE MGFIIYGNED SPVVPLMLYM PAKIG AFGR EMLKRNIGVV VVGFPATPII ESRARFCLSA AHTKEILDTA LKEIDEVGDL LQLKYSRHRL VPLLDRPFDE TTYEET ED

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 2

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分子 #2: Serine palmitoyltransferase 1

分子名称: Serine palmitoyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.898994 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MATATEQWVL VEMVQALYEA PAYHLILEGI LILWIIRLLF SKTYKLQERS

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 1

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分子 #3: ORM1-like protein 3

分子名称: ORM1-like protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.512594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MNVGTAHSEV NPNTRVMNSR GIWLSYVLAI GLLHIVLLSI PFVSVPVVWT LTNLIHNMGM YIFLHTVKGT PFETPDQGKA RLLTHWEQM DYGVQFTASR KFLTITPIVL YFLTSFYTKY DQIHFVLNTV SLMSVLIPKL PQLHGVRIFG INKY

UniProtKB: ORM1-like protein 3

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分子 #4: Serine palmitoyltransferase small subunit A

分子名称: Serine palmitoyltransferase small subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.742409 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMAGMALARA WKQMSWFYYQ YLLVTALYML EPWERTVFNS MLVSIVGMAL YTGYVFMPQH IMAILHYFE IVQ

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase small subunit A

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分子 #5: Serine palmitoyltransferase 1

分子名称: Serine palmitoyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.925828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DLTVKEKEEL IEEWQPEPLV PPVPKDHPAL NYNIVSGPPS HKTVVNGKEC INFASFNFLG LLDNPRVKAA ALASLKKYGV GTCGPRGFY GTFDVHLDLE DRLAKFMKTE EAIIYSYGFA TIASAIPAYS KRGDIVFVDR AACFAIQKGL QASRSDIKLF K HNDMADLE ...文字列:
DLTVKEKEEL IEEWQPEPLV PPVPKDHPAL NYNIVSGPPS HKTVVNGKEC INFASFNFLG LLDNPRVKAA ALASLKKYGV GTCGPRGFY GTFDVHLDLE DRLAKFMKTE EAIIYSYGFA TIASAIPAYS KRGDIVFVDR AACFAIQKGL QASRSDIKLF K HNDMADLE RLLKEQEIED QKNPRKARVT RRFIVVEGLY MNTGTICPLP ELVKLKYKYK ARIFLEESLS FGVLGEHGRG VT EHYGINI DDIDLISANM ENALASIGGF CCGRSFVIDH QRLSGQGYCF SASLPPLLAA AAIEALNIME ENPGIFAVLK EKC GQIHKA LQGISGLKVV GESLSPAFHL QLEESTGSRE QDVRLLQEIV DQCMNRSIAL TQARYLEKEE KCLPPPSIRV VVTV EQTEE ELERAASTIK EVAQAVLL

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 1

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分子 #6: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

分子名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PLP
分子量理論値: 247.142 Da
Chemical component information

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

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分子 #7: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide

分子名称: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: Z1T
分子量理論値: 650.113 Da
Chemical component information

ChemComp-Z1T:
N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide / C24:0セラミド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 358765
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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