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- EMDB-33831: Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33831
タイトルCryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in complex with neutralizing antibody 12H5
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in complex with neutralizing antibody 12H5
    • 複合体: HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1)
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: neutralizing antibody 12H5
      • タンパク質・ペプチド: 12H5 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 12H5 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードInfluenza virus / Hemagglutinin / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Beijing/262/1995(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Zheng Q / Li S / Li T / Xue W / Sun H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of a cross-neutralizing antibody that targets the receptor binding site of H1N1 and H5N1 influenza viruses.
著者: Tingting Li / Junyu Chen / Qingbing Zheng / Wenhui Xue / Limin Zhang / Rui Rong / Sibo Zhang / Qian Wang / Minqing Hong / Yuyun Zhang / Lingyan Cui / Maozhou He / Zhen Lu / Zhenyong Zhang / ...著者: Tingting Li / Junyu Chen / Qingbing Zheng / Wenhui Xue / Limin Zhang / Rui Rong / Sibo Zhang / Qian Wang / Minqing Hong / Yuyun Zhang / Lingyan Cui / Maozhou He / Zhen Lu / Zhenyong Zhang / Xin Chi / Jinjin Li / Yang Huang / Hong Wang / Jixian Tang / Dong Ying / Lizhi Zhou / Yingbin Wang / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Yixin Chen / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Influenza A viruses pose a significant threat globally each year, underscoring the need for a vaccine- or antiviral-based broad-protection strategy. Here, we describe a chimeric monoclonal antibody, ...Influenza A viruses pose a significant threat globally each year, underscoring the need for a vaccine- or antiviral-based broad-protection strategy. Here, we describe a chimeric monoclonal antibody, C12H5, that offers neutralization against seasonal and pandemic H1N1 viruses, and cross-protection against some H5N1 viruses. Notably, C12H5 mAb offers broad neutralizing activity against H1N1 and H5N1 viruses by controlling virus entry and egress, and offers protection against H1N1 and H5N1 viral challenge in vivo. Through structural analyses, we show that C12H5 engages hemagglutinin (HA), the major surface glycoprotein on influenza, at a distinct epitope overlapping the receptor binding site and covering the 140-loop. We identified eight highly conserved (~90%) residues that are essential for broad H1N1 recognition, with evidence of tolerance for Asp or Glu at position 190; this site is a molecular determinant for human or avian host-specific recognition and this tolerance endows C12H5 with cross-neutralization potential. Our results could benefit the development of antiviral drugs and the design of broad-protection influenza vaccines.
履歴
登録2022年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 440 pix.
= 342.32 Å		0.78 Å/pix.
x 440 pix.
= 342.32 Å		0.78 Å/pix.
x 440 pix.
= 342.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.778 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.9383156 - 1.3085314
平均 (標準偏差)-0.000056375782 (±0.024705825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 342.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33831_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33831_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in...

全体名称: Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in complex with neutralizing antibody 12H5
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in complex with neutralizing antibody 12H5
    • 複合体: HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1)
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: neutralizing antibody 12H5
      • タンパク質・ペプチド: 12H5 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 12H5 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in...

超分子名称: Cryo-EM structure of the HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) in complex with neutralizing antibody 12H5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1)

超分子名称: HA trimer of A/Beijing/262/1995(H1N1) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Beijing/262/1995(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: neutralizing antibody 12H5

超分子名称: neutralizing antibody 12H5 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 12H5 light chain

分子名称: 12H5 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.990588 KDa
配列文字列:
QIQLVQSGPE LKKPGETVRI SCKASGYTFT KNGMNWVQQA PGKGLKWVGW INTYTGEPSY ADDFKGRFAF SLETSASTAY LQINNLKNE DMAAYFCARM VRDAMDFWGQ GTSVTVSS

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分子 #2: 12H5 heavy chain

分子名称: 12H5 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.249454 KDa
配列文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCKASQSVD FDGYNYLNWY QQKPGQPPKL LIYAASNLES GIPARFSGSG SGTDFTLNIH PVEEEDAAT YFCQQSNEDP YTFGGGTKLE IKRA

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分子 #3: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Beijing/262/1995(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 62.091484 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAAD LGSDTICIGY HANNSTDTVD TVLEKNVTVT HSVNLLEDSH NGKLCLLKG IAPLQLGNCS VAGWILGNPE CESLISKESW SYIVETPNPE NGTCYPGYFA DYEELREQLS SVSSFERFEI F PKESSWPK ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAAD LGSDTICIGY HANNSTDTVD TVLEKNVTVT HSVNLLEDSH NGKLCLLKG IAPLQLGNCS VAGWILGNPE CESLISKESW SYIVETPNPE NGTCYPGYFA DYEELREQLS SVSSFERFEI F PKESSWPK HTVTGVTASC SHNGKSSFYR NLLWLTEKNG LYPNLSNSYV NNKEKEVLVL WGVHHPSNIG DQRAIYHTEN AY VSVVSSH YSRRFTPEIA KRPKVRGQEG RINYYWTLLE PGDTIIFEAN GNLIAPWYAF ALSRGFGSGI ITSNAPMNEC DAK CQTPQG AINSSLPFQN VHPVTIGECP KYVRSTKLRM VTGLRNIPSI QSRGLFGAIA GFIEGGWTGM MDGWYGYHHQ NEQG SGYAA DQKSTQNAIN GITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNKLERR MENLNKKVDD GFLDIWTYNA ELLVLLENER TLDFH DSNV KNLYEKVKSQ LKNNAKEIGN GCFEFYHKCN NECMESVKNG TYDYPKYSEE SKLNREKIDS GRLVPRGSPG S

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137484
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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