+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in the pre-elongation state | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / viral capsid / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / viral capsid / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Bao KY / Zhang XL / Li DY / Zhu P | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: In situ structures of polymerase complex of mammalian reovirus illuminate RdRp activation and transcription regulation. 著者: Keyan Bao / Xueli Zhang / Dongyu Li / Wei Sun / Zhenzhao Sun / Jingfei Wang / Ping Zhu / ![]() 要旨: Mammalian reovirus (reovirus) is a multilayered, turreted member of characterized by transcription of dsRNA genome within the innermost capsid shell. Here, we present high-resolution in situ ...Mammalian reovirus (reovirus) is a multilayered, turreted member of characterized by transcription of dsRNA genome within the innermost capsid shell. Here, we present high-resolution in situ structures of reovirus transcriptase complex in an intact double-layered virion, and in the uncoated single-layered core particles in the unloaded, reloaded, pre-elongation, and elongation states, respectively, obtained by cryo-electron microscopy and sub-particle reconstructions. At the template entry of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), the RNA-loading region gets flexible after uncoating resulting in the unloading of terminal genomic RNA and inactivity of transcription. However, upon adding transcriptional substrates, the RNA-loading region is recovered leading the RNAs loaded again. The priming loop in RdRp was found to play a critical role in regulating transcription, which hinders the elongation of transcript in virion and triggers the rearrangement of RdRp C-terminal domain (CTD) during elongation, resulting in splitting of template-transcript hybrid and opening of transcript exit. With the integration of these structures, a transcriptional model of reovirus with five states is proposed. Our structures illuminate the RdRp activation and regulation of the multilayered turreted reovirus. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33778_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33778_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Mammalian orthoreovirus 3
全体 | 名称: ![]() |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Mammalian orthoreovirus 3
超分子 | 名称: Mammalian orthoreovirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4, #3, #1-#2 / NCBI-ID: 538123 / 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|
-分子 #1: RNA helicase
分子 | 名称: RNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 141.801297 KDa |
配列 | 文字列: MKRIPRKTKG KSSGKGNDST SRSDDGSSQL RDKQSNKANP ATAEPGTSNC EHYKARPGIA SVQKATESAE LPMKNNDEGT PDKRGNTKG ALVNEHVEAR DEADDATKKQ AKDTEKAKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR ...文字列: MKRIPRKTKG KSSGKGNDST SRSDDGSSQL RDKQSNKANP ATAEPGTSNC EHYKARPGIA SVQKATESAE LPMKNNDEGT PDKRGNTKG ALVNEHVEAR DEADDATKKQ AKDTEKAKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR VGLPPTASSG HGYQCHVCSA VLFSPLDLDA HVASHGLHGN MTLTSSEIQR HITEFISSWQ NHPIVQVSAD VE NRKTAQL LHADTPRLVT WDAGLCTSFK IVPIVPAQVP QDVLAYTFFT SSYAIQSPFP EAAVSRIVVH TRWASNVDFD RDS SVIMAP PTENNIHLFK QLLNTETLSV RGANPLMFRA NVLHMLLEFV LDNLYLNRHT GFSQDHTPFT EGANLRSLPG PDAE KWYSI MYPTRMGTPN VSKICNFVAS CVRNRVGRFD RAQMMNGAMS EWVDVFETSD ALTVSIRGRW MARLARMNIN PTEIE WALT ECAQGYVTVT SPYAPSVNRL MPYRISNAER QISQIIRVMN IGNNATVIQP VLQDISVLLQ RISPLQIDPT IISNTM STV SESTTQTLSP ASSILGKLRP SNSDFSSFRV ALAGWLYNGV VTTVIDDSSY PKDGGSVTSL ENLWDFFILA LALPLTT DP CAPVKAFMTL ANMMVGFETI PMDNQIYTQS RRASAFSTPH TWPRCFMNIQ LISPIDAPIL RQWAEIIHRY WPNPSQIR Y GTPNVFGSAN LFTPPEVLLL PIDHQPANVT TPTLDFTNEL TNWRARVCEL MKNLVDNQRY QPGWTQSLVS SMRGTLGKL KLIKSMTPMY LQQLAPVELA VIAPMLPFPP FQVPYVRLDR DRVPTMVGVT RQSRDTITQP ALSLSTTNTT VGVPLALDAR AITVALLSG KYPPDLVTNV WYADAIYPMY ADTEVFSNLQ RDVITCEAVQ TLVTLVAQIS ETQYPVDRYL DWIPSLRASA A TAATFAEW VNTSMKTAFD LSDMLLEPLL SGDPRMTQLA IQYQQYNGRT FNVIPEMPGS VIADCVQLTA EVFNHEYNLF GI ARGDIII GRVQSTHLWS PLAPPPDLVF DRDTPGVHIF GRDCRISFGM NGAAPMIRDE TGMMVPFEGN WIFPLALWQM NTR YFNQQF DAWIKTGELR IRIEMGAYPY MLHYYDPRQY ANAWNLTSAW LEEITPTSIP SVPFMVPISS DHDISSAPAV QYII STEYN DRSLFCTNSS SPQTIAGPDK HIPVERYNIL TNPDAPPTQI QLPEVVDLYN VVTRYAYETP PITAVVMGVP |
-分子 #2: Lambda-2 protein
分子 | 名称: Lambda-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 143.963438 KDa |
配列 | 文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRHYTLHDF YSDLDASVGK EPWRPLRNQR TNEIVAVQLF RPLQGLVFDT QLYGFPGTFS QWEQFMKEK LRVLKYEVLR IYPISTYNHD RVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIVN DTMISDLLGT GAALSQFFQS H GEVLEVAA ...文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRHYTLHDF YSDLDASVGK EPWRPLRNQR TNEIVAVQLF RPLQGLVFDT QLYGFPGTFS QWEQFMKEK LRVLKYEVLR IYPISTYNHD RVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIVN DTMISDLLGT GAALSQFFQS H GEVLEVAA GRKYLQMNNY SNDDDDPPLF AKDLSDYAKA FYSDTYEVLD RFFWTHDSSA GVLVHYDKPT NGNHYILGTL TQ MVSAPPH IINATDALLL ESCLEQFAAN VRARSAQPVT RLDQCYHLRW GAQYVGEDSL TYRLGVLSLL ATNGYQLARP IPK QLTNRW LSSFVSQVVS DGINETPLWP QERYVQIAYD SPSVVDGATQ YGYVRRNQLR LGMRISALQS LSDTPAPVQW LPQY TIDQV AVDEGDAMVS QLTQLPLRPD YGSIWIGEAL SYYVDYNRSH RVVLSSELPQ LPDTYFDGDE QYGRSLFSLA RKVGD RSLV KDTAVLKHAY QAIDPNTGKE YLRAGQSVAY FGASAGHSGA DQPLVIEPWM QGKISGVPPP SSVRQFGYDV AKGAIV DLA RPFPSGDYQF VYSDVDQVVD GHDDLSISSG LVESLLDSCV HATAPGGSFV MKINFPTRTV WHYIEQKILP NVTSYML IK PFVTNNVEVF FVAFGVHQQS ALTWTSGVYF FLVDHFYRYE TLSAISRQLP SFGYVDDGSS VTGIEIISIE NPGFSNMT Q AARVGISGLC ANVGNARKSI AIYESHGARV LTITSRRSPA SARRKARLRY LPLIDPRSLE VQARTILPSN PVLFDNING ASPHVCLTMM YNFEVSSAVY DGDVVLDLGT GPEAKILELI PSTSPVTCVD IRPTAQPNGC WNVRTTFLEL DYLSDGWITG VRGDIVTCM LSLGAAAAGK SMTFDAAFQQ LVRVLTRSTA NVLLIQVNCP TDVIRTIKGY LEIDQTNKRY KFPKFGRDEP Y SDMDSLER ICRAAWPNCS ITWVPLSYDL RWTKLALLES TTLSSASVRI AELMYKYMPI MRIDIHGLPM EKQGNFIVGQ NC SLVIPGF NAQDVFNCYF NSALAFSTED VNSAMIPQVT AQFDANKGEW SLDMVFSDAG IYTMQALVGS NANPVSLGSF VVD SPDVDI TDAWPAQLDF TIAGTDVDIT VNPYYRLMAF VKIDGQWQIA NPDKFQFFSS NTGTLVMNVK LDIADRYLLY YIRD VQSRD VGFYIQHPLQ LLNTITLPTN EDLFLSAPDM REWAVKESGN TICILNSPGF IPPQDWDVLT DTISWSPSLP TYVVP PGDY TLTPL |
-分子 #3: RNA-directed RNA polymerase
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 142.472953 KDa |
配列 | 文字列: MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFENA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSEDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY ...文字列: MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFENA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSEDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY DPVLQKYDEI PGLSHNCPLW CFREICRHIS GPLPDRAPYL YLSAGVFWLM SPRMTSAIPP LLSDLVNLAI LQ QTAGLDP SLVRLGVQIC LHAAASSSYA WFILKTKSIF PQNTLHSMYE SLEGGYCPNL EWLEPRSDYK FMYMGAMPLS TKY ARSAPS NDKKARELGE KYGLSSVVSE LRRRTKTYSK HDFTSVRYIR DAMACTSGIF LVRTPTETVL QEYTQSPEIK VPIP QKDWT GPIGEIRILK DTTSSIARYL YRTWYLAAAR MAAQPRTWDP LFQAIMRSQY VTARGGSGAT LRESLYAINV SLPDF KGLP VKAATKIFQA AQLANLPFSH TSVAILADTS MGLRNQVQRR PRSIMPLNVP QQQVSAPHTL TADYINYHMN LSTTSG SAV IEKVIPLGVY ASSPPNQSIN IDISACDASI TWDFFLSVIM AAIHEGVASS SIGKPFMGVP ASIVNDESVV GVRAARP IS GMQNMIQHLS KLYKRGFSYR VNDSFSPGND FTHMTTTFPS GSTATSTEHT ANNSTMMETF LTVWGPEHTD DPDVLRLM K SLTIQRNYVC QGDDGLMIID GNTAGKVNSE TIQKMLELIS KYGEEFGWKY DIAYDGTAEY LKLYFIFGCR IPNLSRHPI VGKERANSSA EEPWPAILDQ IMGIFFNGVH DGLQWQRWIR YSWALCCAFS RQRTMTGESV GYLQYPMWSF VYWGLPLVKV FGSDPWIFS WYMPTGDLGM YSWISLIRPL MTRWMVANGY VTDKCSPVFG NADYRKCFNE LKLYQGYYMA QLPRNPKKSG R AAPREVRE QFTQALSDYL MQNPELKSRV LRGRSEWEKY GAGIIHNPPS LFDVPHKWYQ GAQEAATATR EELAEMDETL MR ARKHSYS SFSKLLEAYL LVKWRMCEAR EPSVDLRLPL CAGIDPLNSD PFLKMVSVGP MLQSTRKYFA QTLFMAKTVS GLD VNAIDS ALLRLRTLGA DKKALTAQLL MVGLQESEAD ALAGKIMLQD VNTVQLARVV NLAVPDTWMS LDFDTMFKHH VKLL PKDGR HLNTDIPPRM GWLRAILRFL GAGMAMTATG VAVDIYLEDI HGGGRSLGQR FMTWMRQEGR SA |
-分子 #4: Mu-2 protein
分子 | 名称: Mu-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 83.434266 KDa |
配列 | 文字列: MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGS DANDVSYQDH DYVVDQLQYM LDGYEAGDVI DALVYRNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSVIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARVLL ...文字列: MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGS DANDVSYQDH DYVVDQLQYM LDGYEAGDVI DALVYRNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSVIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARVLL YAPRKYYAST LSFTMTRCVL PFGKEVSRVP HSRFNVGTFP SIATPKCSVM SGVDIESIPN EFIKLFYQRV KS IHANILN DISPQIVSDM INRKRLRVHT PSNRRAAQLM HLPYHVKRGA SHVDVYRVDV VNVLFEVVDV ADGLRSVSRK LIM HTVPVC ILELLGIEIA DYCIRQEDGM FTDWFLLLTM LSDGLTDRRT HCQYLINPSS MPPDVILNIS ITGFINRHTI DVMP DVYDF IKPIGAVLPK GSFKSTIMRV LDSISVLGVK IMPRAHVVDS DEVGEQMEPT FEHAVMEIYK GIAGVDSLDD LTKWV LNSD LVPHDDRLGQ LFQAFLPLAK DLLAPMARQF YDNSMSEGRL LTFAHADSEL LNANYFGHLL RLKIPYITEV NLMIRK NRE GGELFQLVLS YLYKMYATSA QPKWFGSLLR LLICPWLHME KLIGEADPAS TSAEIGWHVP REQLMQDGWC GCEDGFI PY VSIRAPRLVI EELMEKNWGQ YHAQVIVTDQ LVVGEPRRVS AKAVIKGNHL PVKLISRFAC FTLTSKYEMR LPCGHSTG R GAAYNARLAF RSDLA |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #6: S-ADENOSYLMETHIONINE
分子 | 名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: SAM |
---|---|
分子量 | 理論値: 398.437 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SAM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45544 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |