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- EMDB-33756: Structure of PfNT1(Y190A)-GFP in complex with GSK4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33756
タイトルStructure of PfNT1(Y190A)-GFP in complex with GSK4
マップデータ
試料
  • 複合体: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein
  • リガンド: 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxazole-4-carboxamide
キーワードmalaria / nucleoside transporter / GSK4 / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine transport / nucleoside transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Equilibrative nucleoside transporter / MFS transporter superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Nucleoside transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Wang C / Yu LY / Li JL / Ren RB / Deng D
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)National Key R&D Program of China 2016YFA0502700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171211 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the substrate recognition and inhibition mechanism of Plasmodium falciparum nucleoside transporter PfENT1.
著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / ...著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / Peng Zhang / Li Guo / Ruobing Ren / Dong Deng /
要旨: By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates ...By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates nucleoside uptake in the asexual blood stage. Specific inhibitors of PfENT1 prevent the proliferation of P. falciparum at submicromolar concentrations. However, the substrate recognition and inhibitory mechanism of PfENT1 are still elusive. Here, we report cryo-EM structures of PfENT1 in apo, inosine-bound, and inhibitor-bound states. Together with in vitro binding and uptake assays, we identify that inosine is the primary substrate of PfENT1 and that the inosine-binding site is located in the central cavity of PfENT1. The endofacial inhibitor GSK4 occupies the orthosteric site of PfENT1 and explores the allosteric site to block the conformational change of PfENT1. Furthermore, we propose a general "rocker switch" alternating access cycle for ENT transporters. Understanding the substrate recognition and inhibitory mechanisms of PfENT1 will greatly facilitate future efforts in the rational design of antimalarial drugs.
履歴
登録2022年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33756.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 196 pix.
= 215.6 Å		1.1 Å/pix.
x 196 pix.
= 215.6 Å		1.1 Å/pix.
x 196 pix.
= 215.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.5396911 - 2.1936698
平均 (標準偏差)0.0026815631 (±0.04239917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 215.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33756_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33756_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP

全体名称: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP
要素
  • 複合体: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein
  • リガンド: 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxazole-4-carboxamide

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超分子 #1: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP

超分子名称: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: the cDNA of the GFP was cloned into PfNT1 between K370 and K371
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 47.5 kDa/nm

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分子 #1: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein

分子名称: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: PfNT1(Y190A) fused with GFP the GFP was inserted into PfNT1 between K370 and K371
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 77.035766 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMSTGKESS KAYADIESRG DYKDDGKKGS TLSSKQHFML SLTFILIGLS SLNVWNTALG LNINFKYNT FQITGLVCSS IVALFVEIPK IMLPFLLGGL SILCAGFQIS HSFFTDTQFD TYCLVAFIVI GVVAGLAQTI A FNIGSTME ...文字列:
MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMSTGKESS KAYADIESRG DYKDDGKKGS TLSSKQHFML SLTFILIGLS SLNVWNTALG LNINFKYNT FQITGLVCSS IVALFVEIPK IMLPFLLGGL SILCAGFQIS HSFFTDTQFD TYCLVAFIVI GVVAGLAQTI A FNIGSTME DNMGGYMSAG IGISGVFIFV INLLLDQFVS PEKHYGVNKA KLLALYIICE LCLILAIVFC VCNLDLTNKN NK KDEENKE NNATLSYMEL FKDSYKAILT MFLVNWLTLQ LFPGVGHKKW QESHNISDYN VTIIVGMFQV FDFLSRYPPN LTH IKIFKN FTFSLNKLLV ANSLRLLFIP WFILNACVDH PFFKNIVQQC VCMAMLAFTN GWFNTVPFLV FVKELKMVSK GEEL FTGVV PILVELDGDV NGHKFSVSGE GEGDATYGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSA MPEG YVQERTIFFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KANFKI RHN IEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSALSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT LGMDELYKKA KKKKEIE II STFLVIAMFV GLFCGIWTTY IYNLFNIVLP KPDLPPIDVT Q

UniProtKB: Nucleoside transporter 1, Green fluorescent protein, Nucleoside transporter 1

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分子 #2: 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxa...

分子名称: 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxazole-4-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: IRX
分子量理論値: 341.404 Da
Chemical component information

ChemComp-IRX:
5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxazole-4-carboxamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 52.452 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 329768
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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