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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33745 | |||||||||
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タイトル | Local refinement of SARS-CoV-2 Omicron S trimer complexed with XG005 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-COV-2 / Spike / Antibody / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhan WQ / Zhang X / Chen ZG / Sun L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: OS-XG005 著者: Zhan WQ / Zhang X | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33745.map.gz | 110.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33745-v30.xml emd-33745.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33745.png | 31.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33745.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_33745_half_map_1.map.gz emd_33745_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33745 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33745 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33745_validation.pdf.gz | 633.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33745_full_validation.pdf.gz | 633 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33745_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33745_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33745 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33745 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yd1MC 7ycyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33745_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33745_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Omicron RBD with XG005
全体 | 名称: Omicron RBD with XG005 |
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要素 |
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-超分子 #1: Omicron RBD with XG005
超分子 | 名称: Omicron RBD with XG005 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.523479 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NITNLCPFDE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN LAPFFTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVSGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGFNCY F PLRSYSFR ...文字列: NITNLCPFDE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN LAPFFTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGNIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN KLDSKVSGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGNKP CNGVAGFNCY F PLRSYSFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: XG005-VH
分子 | 名称: XG005-VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.282048 KDa |
配列 | 文字列: QVTLRESGPT LVKPKQTLTL TCTFSGFSLS TPGGGVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDDDKR YSPSLKSSLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDP VDTATYYCAR LTAADTIFDC WGQGTLVTVS SAS |
-分子 #3: XG005-VL
分子 | 名称: XG005-VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.206302 KDa |
配列 | 文字列: ALTQPASVSG SPGLSITISC TATSSDVGAY NYVSWYQQHP GQAPKLMIYD VSKRPSGVSN RFSGSKSANT ASLTISGLQA EDEADYYCS SYTTTSVVFG GGTKLTVLG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 313560 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |