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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33739 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the first-step self-splicing | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the the first-step self-splicing--- unmask | |||||||||
試料 |
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キーワード | Tetrahymena ribozyme / first step of self-splicing / conformation 3 / RNA | |||||||||
生物種 | Tetrahymena (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Li S / Pintilie G / Palo MZ / Zhang K / Liu L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Snapshots of the first-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM. 著者: Xiaojing Zhang / Shanshan Li / Grigore Pintilie / Michael Z Palo / Kaiming Zhang / 要旨: Tetrahymena ribozyme is a group I intron, whose self-splicing is the result of two sequential ester-transfer reactions. To understand how it facilitates catalysis in the first self-splicing reaction, ...Tetrahymena ribozyme is a group I intron, whose self-splicing is the result of two sequential ester-transfer reactions. To understand how it facilitates catalysis in the first self-splicing reaction, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to resolve the structures of L-16 Tetrahymena ribozyme complexed with a 11-nucleotide 5'-splice site analog substrate. Four conformations were achieved to 4.14, 3.18, 3.09 and 2.98 Å resolutions, respectively, corresponding to different splicing intermediates during the first enzymatic reaction. Comparison of these structures reveals structural alterations, including large conformational changes in IGS/IGSext (P1-P1ext duplex) and J5/4, as well as subtle local rearrangements in the G-binding site. These structural changes are required for the enzymatic activity of the Tetrahymena ribozyme. Our study demonstrates the ability of cryo-EM to capture dynamic RNA structural changes, ushering in a new era in the analysis of RNA structure-function by cryo-EM. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33739.map.gz | 32.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33739-v30.xml emd-33739.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33739.png | 70.5 KB | ||
その他 | emd_33739_additional_1.map.gz emd_33739_half_map_1.map.gz emd_33739_half_map_2.map.gz | 32.9 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33739 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33739 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33739_validation.pdf.gz | 986 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33739_full_validation.pdf.gz | 985.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33739_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33739_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33739 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33739 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the the first-step self-splicing--- unmask | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing...
ファイル | emd_33739_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the the first-step self-splicing--- sharp | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing...
ファイル | emd_33739_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the the first-step self-splicing--- half | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing...
ファイル | emd_33739_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the the first-step self-splicing--- half | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoi...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the first-step self-splicing |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoi...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 3 undergoing the first-step self-splicing タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena (真核生物) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*AP*CP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*AP*CP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena (真核生物) |
分子量 | 理論値: 3.386082 KDa |
配列 | 文字列: CCCUCUAAAC C |
-分子 #2: RNA (393-MER)
分子 | 名称: RNA (393-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena (真核生物) |
分子量 | 理論値: 127.011883 KDa |
配列 | 文字列: GGUUUGGAGG GAAAAGUUAU CAGGCAUGCA CCUGGUAGCU AGUCUUUAAA CCAAUAGAUU GCAUCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAA UUGCGGGAAA GGGGUCAACA GCCGUUCAGU ACCAAGUCUC AGGGGAAACU UUGAGAUGGC CUUGCAAAGG G UAUGGUAA ...文字列: GGUUUGGAGG GAAAAGUUAU CAGGCAUGCA CCUGGUAGCU AGUCUUUAAA CCAAUAGAUU GCAUCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAA UUGCGGGAAA GGGGUCAACA GCCGUUCAGU ACCAAGUCUC AGGGGAAACU UUGAGAUGGC CUUGCAAAGG G UAUGGUAA UAAGCUGACG GACAUGGUCC UAACCACGCA GCCAAGUCCU AAGUCAACAG AUCUUCUGUU GAUAUGGAUG CA GUUCACA GACUAAAUGU CGGUCGGGGA AGAUGUAUUC UUCUCAUAAG AUAUAGUCGG ACCUCUCCUU AAUGGGAGCU AGC GGAUGA AGUGAUGCAA CACUGGAGCC GCUGGGAACU AAUUUGUAUG CGAAAGUAUA UUGAUUAGUU UUGGAGU GENBANK: GENBANK: X54512.1 |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |