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万見
- EMDB-33718: ZIKV_Fab_G9E -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33718
タイトルZIKV_Fab_G9E
マップデータ
試料
  • 複合体: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
    • 複合体: Zika virus ZIKV/H.
      • タンパク質・ペプチド: E protein
      • タンパク質・ペプチド: M protein
    • 複合体: heavy chain, light chain
      • タンパク質・ペプチド: light chain
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain
キーワードvirus complexed with antibody / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid ...response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase ...Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Shu B / Thiam-Seng N / Lok S
資金援助 シンガポール, 3件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2017NRF-CRP001-027 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structure and neutralization mechanism of a human antibody targeting a complex Epitope on Zika virus.
著者: Cameron Adams / Derek L Carbaugh / Bo Shu / Thiam-Seng Ng / Izabella N Castillo / Ryan Bhowmik / Bruno Segovia-Chumbez / Ana C Puhl / Stephen Graham / Sean A Diehl / Helen M Lazear / Shee-Mei ...著者: Cameron Adams / Derek L Carbaugh / Bo Shu / Thiam-Seng Ng / Izabella N Castillo / Ryan Bhowmik / Bruno Segovia-Chumbez / Ana C Puhl / Stephen Graham / Sean A Diehl / Helen M Lazear / Shee-Mei Lok / Aravinda M de Silva / Lakshmanane Premkumar /
要旨: We currently have an incomplete understanding of why only a fraction of human antibodies that bind to flaviviruses block infection of cells. Here we define the footprint of a strongly neutralizing ...We currently have an incomplete understanding of why only a fraction of human antibodies that bind to flaviviruses block infection of cells. Here we define the footprint of a strongly neutralizing human monoclonal antibody (mAb G9E) with Zika virus (ZIKV) by both X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. Flavivirus envelope (E) glycoproteins are present as homodimers on the virion surface, and G9E bound to a quaternary structure epitope spanning both E protomers forming a homodimer. As G9E mainly neutralized ZIKV by blocking a step after viral attachment to cells, we tested if the neutralization mechanism of G9E was dependent on the mAb cross-linking E molecules and blocking low-pH triggered conformational changes required for viral membrane fusion. We introduced targeted mutations to the G9E paratope to create recombinant antibodies that bound to the ZIKV envelope without cross-linking E protomers. The G9E paratope mutants that bound to a restricted epitope on one protomer poorly neutralized ZIKV compared to the wild-type mAb, demonstrating that the neutralization mechanism depended on the ability of G9E to cross-link E proteins. In cell-free low pH triggered viral fusion assay, both wild-type G9E, and epitope restricted paratope mutant G9E bound to ZIKV but only the wild-type G9E blocked fusion. We propose that, beyond antibody binding strength, the ability of human antibodies to cross-link E-proteins is a critical determinant of flavivirus neutralization potency.
履歴
登録2022年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33718.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 290.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 424 pix.
= 725.04 Å		1.71 Å/pix.
x 424 pix.
= 725.04 Å		1.71 Å/pix.
x 424 pix.
= 725.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-2.5877693 - 6.7733383
平均 (標準偏差)-0.000000006707957 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-212-212-212
サイズ424424424
Spacing424424424
セルA=B=C: 725.04004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33718_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33718_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

全体名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
要素
  • 複合体: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
    • 複合体: Zika virus ZIKV/H.
      • タンパク質・ペプチド: E protein
      • タンパク質・ペプチド: M protein
    • 複合体: heavy chain, light chain
      • タンパク質・ペプチド: light chain
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain

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超分子 #1: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

超分子名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)

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超分子 #2: Zika virus ZIKV/H.

超分子名称: Zika virus ZIKV/H. / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: heavy chain, light chain

超分子名称: heavy chain, light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: heavy chain

分子名称: heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.694539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVHLVESGGG VVQPGRSLRL SCVASGFAFS NYHMHWVRQA PGKGLEWVAI IWDDGSDQYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLF LQMNRLRAE DTALYYCVGG SSAYNGDNGW REAASLDDWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
RVHLVESGGG VVQPGRSLRL SCVASGFAFS NYHMHWVRQA PGKGLEWVAI IWDDGSDQYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLF LQMNRLRAE DTALYYCVGG SSAYNGDNGW REAASLDDWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSC

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分子 #2: light chain

分子名称: light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.58192 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SALTQPASVS GSPGQSITIF CSGSSNDVGG YNYVSWYQQY PGKVPKLLIY DVNSRPSGVS NRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSYTSRRTWV FGGGTIVTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADGSPVK A GVETTKPS ...文字列:
SALTQPASVS GSPGQSITIF CSGSSNDVGG YNYVSWYQQY PGKVPKLLIY DVNSRPSGVS NRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSYTSRRTWV FGGGTIVTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADGSPVK A GVETTKPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPT

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分子 #3: E protein

分子名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin
由来(天然)生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
分子量理論値: 54.444051 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス)
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA

UniProtKB: Photosystem q(B) protein

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分子 #4: M protein

分子名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 8.388786 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス)
配列文字列:
AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAAA

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
糖包埋材質: ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8139

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4465
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 258
得られたモデル

PDB-7yar:
ZIKV_Fab_G9E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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