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万見
- EMDB-33709: Cryo-EM structure of S309-RBD-RBD-S309 in the S309-bound Omicron ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33709
タイトルCryo-EM structure of S309-RBD-RBD-S309 in the S309-bound Omicron spike protein (local refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Omicron RBD-RBD-S309 complex from the S309-bound Omicron spike protein (local refinement)
    • 複合体: S309 antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: S309 neutralizing antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: S309 neutralizing antibody light chain
    • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
キーワードSARS-CoV-2 / Omicron / spike protein / S309 antibody / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Zhao ZN / Xie YF / Qi JX / Gao F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81922044 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Omicron SARS-CoV-2 mutations stabilize spike up-RBD conformation and lead to a non-RBM-binding monoclonal antibody escape.
著者: Zhennan Zhao / Jingya Zhou / Mingxiong Tian / Min Huang / Sheng Liu / Yufeng Xie / Pu Han / Chongzhi Bai / Pengcheng Han / Anqi Zheng / Lutang Fu / Yuanzhu Gao / Qi Peng / Ying Li / Yan Chai ...著者: Zhennan Zhao / Jingya Zhou / Mingxiong Tian / Min Huang / Sheng Liu / Yufeng Xie / Pu Han / Chongzhi Bai / Pengcheng Han / Anqi Zheng / Lutang Fu / Yuanzhu Gao / Qi Peng / Ying Li / Yan Chai / Zengyuan Zhang / Xin Zhao / Hao Song / Jianxun Qi / Qihui Wang / Peiyi Wang / George F Gao /
要旨: Omicron SARS-CoV-2 is rapidly spreading worldwide. To delineate the impact of emerging mutations on spike's properties, we performed systematic structural analyses on apo Omicron spike and its ...Omicron SARS-CoV-2 is rapidly spreading worldwide. To delineate the impact of emerging mutations on spike's properties, we performed systematic structural analyses on apo Omicron spike and its complexes with human ACE2 or S309 neutralizing antibody (NAb) by cryo-EM. The Omicron spike preferentially adopts the one-RBD-up conformation both before and after ACE2 binding, which is in sharp contrast to the orchestrated conformational changes to create more up-RBDs upon ACE2 binding as observed in the prototype and other four variants of concern (VOCs). Furthermore, we found that S371L, S373P and S375F substitutions enhance the stability of the one-RBD-up conformation to prevent exposing more up-RBDs triggered by ACE2 binding. The increased stability of the one-RBD-up conformation restricts the accessibility of S304 NAb, which targets a cryptic epitope in the closed conformation, thus facilitating the immune evasion by Omicron. These results expand our understanding of Omicron spike's conformation, receptor binding and antibody evasion mechanism.
履歴
登録2022年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33709.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 512 pix.
= 343.04 Å		0.67 Å/pix.
x 512 pix.
= 343.04 Å		0.67 Å/pix.
x 512 pix.
= 343.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.132
最小 - 最大-0.002908012 - 2.1194828
平均 (標準偏差)0.0007143318 (±0.016531356)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 343.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33709_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33709_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Omicron RBD-RBD-S309 complex from the S3...

全体名称: Cryo-EM structure of the Omicron RBD-RBD-S309 complex from the S309-bound Omicron spike protein (local refinement)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Omicron RBD-RBD-S309 complex from the S309-bound Omicron spike protein (local refinement)
    • 複合体: S309 antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: S309 neutralizing antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: S309 neutralizing antibody light chain
    • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Omicron RBD-RBD-S309 complex from the S3...

超分子名称: Cryo-EM structure of the Omicron RBD-RBD-S309 complex from the S309-bound Omicron spike protein (local refinement)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: S309 antibody Fab

超分子名称: S309 antibody Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #3: SARS-CoV-2 Omicron RBD

超分子名称: SARS-CoV-2 Omicron RBD / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: S309 neutralizing antibody heavy chain

分子名称: S309 neutralizing antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.918448 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYPFT SYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISTYNGNTNY AQKFQGRVTM TTDTSTTTGY MELRRLRSD DTAVYYCARD YTRGAWFGES LIGGFDNWGQ GTLVTVS

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分子 #2: S309 neutralizing antibody light chain

分子名称: S309 neutralizing antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.601871 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQTVS STSLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQHDTSLTFG GGTKVEIKR

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分子 #3: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 22.749773 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NLAPFFTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGVAGFNC Y FPLRSYSF ...文字列:
PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NLAPFFTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGVAGFNC Y FPLRSYSF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wps

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 374776
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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