EMDB-33655: TM domain of SIT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-33655

タイトル

TM domain of SIT1

マップデータ

試料

複合体: SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex
- 複合体: SIT1
- 複合体: ACE2 FL
- 複合体: RBD of BA.2 spike

生物種

Homo sapiens (ヒト) /

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Shen YP / Li YN / Zhang YY / Yan RH

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structures of ACE2-SIT1 recognized by Omicron variants of SARS-CoV-2.
著者: Yaping Shen / Jianhui Wang / Yaning Li / Yuanyuan Zhang / Ruilin Tian / Renhong Yan /

履歴

登録	2022年6月21日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月30日	-
マップ公開	2022年11月30日	-
更新	2022年11月30日	-
現状	2022年11月30日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_33655.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_33655.map.gz	85.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-33655-v30.xml emd-33655.xml	13.8 KB 13.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_33655.png	75 KB
その他	emd_33655_half_map_1.map.gz emd_33655_half_map_2.map.gz	71 MB 71 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33655	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_33655_validation.pdf.gz	655 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_33655_full_validation.pdf.gz	654.6 KB	表示
XML形式データ	emd_33655_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_33655_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33655	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33652C 33653C 33654C 7y75C 7y76C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_33655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.087 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.04
最小 - 最大	-0.322186 - 0.3203389
平均 (標準偏差)	-2.1438478e-05 (±0.004619917)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_33655_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_33655_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex

全体	名称: SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex
要素	複合体: SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex 複合体: SIT1 複合体: ACE2 FL 複合体: RBD of BA.2 spike

-
超分子 #1: SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex

超分子	名称: SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: SIT1

超分子	名称: SIT1 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: ACE2 FL

超分子	名称: ACE2 FL / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

-
超分子 #4: RBD of BA.2 spike

超分子	名称: RBD of BA.2 spike / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)	生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.8 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 254426
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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全体 : SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex

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超分子 #1: SIT1-ACE2-BA.2 RBD complex

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超分子 #2: SIT1

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超分子 #3: ACE2 FL

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