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- EMDB-33622: Structure of 1:1 PAPP-A.STC2 complex(half map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33622
タイトルStructure of 1:1 PAPP-A.STC2 complex(half map)
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of 1:1 PAPP-A/STC2 complex(half map)
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Pappalysin-1
    • タンパク質・ペプチド: Stanniocalcin-2
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone biosynthetic process / pappalysin-1 / response to follicle-stimulating hormone / regulation of store-operated calcium entry / protein metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of multicellular organism growth / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / response to dexamethasone ...regulation of hormone biosynthetic process / pappalysin-1 / response to follicle-stimulating hormone / regulation of store-operated calcium entry / protein metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of multicellular organism growth / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / response to dexamethasone / carbohydrate transport / decidualization / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / endoplasmic reticulum unfolded protein response / embryo implantation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / female pregnancy / Post-translational protein phosphorylation / protein catabolic process / hormone activity / metalloendopeptidase activity / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / metallopeptidase activity / cellular response to hypoxia / outer membrane-bounded periplasmic space / response to oxidative stress / periplasmic space / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of gene expression / DNA damage response / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Stanniocalcin / Stanniocalcin family / Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / Pregnancy-associated plasma protein-A / LamG-like jellyroll fold domain / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Notch domain ...Stanniocalcin / Stanniocalcin family / Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / Pregnancy-associated plasma protein-A / LamG-like jellyroll fold domain / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stanniocalcin-2 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Pappalysin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhong QH / Chu HL / Wang GP / Zhang C / Wei Y / Qiao J / Hang J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82071658 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the covalent regulation of PAPP-A activity by proMBP and STC2.
著者: Qihang Zhong / Honglei Chu / Guopeng Wang / Cheng Zhang / Rong Li / Fusheng Guo / Xinlu Meng / Xiaoguang Lei / Youli Zhou / Ruobing Ren / Lin Tao / Ningning Li / Ning Gao / Yuan Wei / Jie Qiao / Jing Hang /
要旨: Originally discovered in the circulation of pregnant women as a protein secreted by placental trophoblasts, the metalloprotease pregnancy-associated plasma protein A (PAPP-A) is also widely expressed ...Originally discovered in the circulation of pregnant women as a protein secreted by placental trophoblasts, the metalloprotease pregnancy-associated plasma protein A (PAPP-A) is also widely expressed by many other tissues. It cleaves insulin-like growth factor-binding proteins (IGFBPs) to increase the bioavailability of IGFs and plays essential roles in multiple growth-promoting processes. While the vast majority of the circulatory PAPP-A in pregnancy is proteolytically inactive due to covalent inhibition by proform of eosinophil major basic protein (proMBP), the activity of PAPP-A can also be covalently inhibited by another less characterized modulator, stanniocalcin-2 (STC2). However, the structural basis of PAPP-A proteolysis and the mechanistic differences between these two modulators are poorly understood. Here we present two cryo-EM structures of endogenous purified PAPP-A in complex with either proMBP or STC2. Both modulators form 2:2 heterotetramer with PAPP-A and establish extensive interactions with multiple domains of PAPP-A that are distal to the catalytic cleft. This exosite-binding property results in a steric hindrance to prevent the binding and cleavage of IGFBPs, while the IGFBP linker region-derived peptides harboring the cleavage sites are no longer sensitive to the modulator treatment. Functional investigation into proMBP-mediated PAPP-A regulation in selective intrauterine growth restriction (sIUGR) pregnancy elucidates that PAPP-A and proMBP collaboratively regulate extravillous trophoblast invasion and the consequent fetal growth. Collectively, our work reveals a novel covalent exosite-competitive inhibition mechanism of PAPP-A and its regulatory effect on placental function.
履歴
登録2022年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33622.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00833
最小 - 最大-0.1673793 - 0.24729015
平均 (標準偏差)0.00022693221 (±0.0043008905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 270.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33622_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33622_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of 1:1 PAPP-A/STC2 complex(half map)

全体名称: Structure of 1:1 PAPP-A/STC2 complex(half map)
要素
  • 複合体: Structure of 1:1 PAPP-A/STC2 complex(half map)
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Pappalysin-1
    • タンパク質・ペプチド: Stanniocalcin-2
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Structure of 1:1 PAPP-A/STC2 complex(half map)

超分子名称: Structure of 1:1 PAPP-A/STC2 complex(half map) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Pappalysin-1

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Pappalysin-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pappalysin-1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 216.398344 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AASHHHHHHH HHHSGKIEEG KLVIWINGDK GYNGLAEVGK KFEKDTGIKV TVEHPDKLEE KFPQVAATGD GPDIIFWAHD RFGGYAQSG LLAEITPDKA FQDKLYPFTW DAVRYNGKLI AYPIAVEALS LIYNKDLLPN PPKTWEEIPA LDKELKAKGK S ALMFNLQE ...文字列:
AASHHHHHHH HHHSGKIEEG KLVIWINGDK GYNGLAEVGK KFEKDTGIKV TVEHPDKLEE KFPQVAATGD GPDIIFWAHD RFGGYAQSG LLAEITPDKA FQDKLYPFTW DAVRYNGKLI AYPIAVEALS LIYNKDLLPN PPKTWEEIPA LDKELKAKGK S ALMFNLQE PYFTWPLIAA DGGYAFKYEN GKYDIKDVGV DNAGAKAGLT FLVDLIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MT INGPWAW SNIDTSKVNY GVTVLPTFKG QPSKPFVGVL SAGINAASPN KELAKEFLEN YLLTDEGLEA VNKDKPLGAV ALK SYEEEL AKDPRIAATM ENAQKGEIMP NIPQMSAFWY AVRTAVINAA SGRQTVDEAL KDAQTDYDIP TTENLYFQGE FREA RGATE EPSPPSRALY FSGRGEQLRL RADLELPRDA FTLQVWLRAE GGQRSPAVIT GLYDKCSYIS RDRGWVVGIH TISDQ DNKD PRYFFSLKTD RARQVTTINA HRSYLPGQWV YLAATYDGQF MKLYVNGAQV ATSGEQVGGI FSPLTQKCKV LMLGGS ALN HNYRGYIEHF SLWKVARTQR EILSDMETHG AHTALPQLLL QENWDNVKHA WSPMKDGSSP KVEFSNAHGF LLDTSLE PP LCGQTLCDNT EVIASYNQLS SFRQPKVVRY RVVNLYEDDH KNPTVTREQV DFQHHQLAEA FKQYNISWEL DVLEVSNS S LRRRLILANC DISKIGDENC DPECNHTLTG HDGGDCRHLR HPAFVKKQHN GVCDMDCNYE RFNFDGGECC DPEITNVTQ TCFDPDSPHR AYLDVNELKN ILKLDGSTHL NIFFAKSSEE ELAGVATWPW DKEALMHLGG IVLNPSFYGM PGHTHTMIHE IGHSLGLYH VFRGISEIQS CSDPCMETEP SFETGDLCND TNPAPKHKSC GDPGPGNDTC GFHSFFNTPY NNFMSYADDD C TDSFTPNQ VARMHCYLDL VYQGWQPSRK PAPVALAPQV LGHTTDSVTL EWFPPIDGHF FERELGSACH LCLEGRILVQ YA SNASSPM PCSPSGHWSP REAEGHPDVE QPCKSSVRTW SPNSAVNPHT VPPACPEPQG CYLELEFLYP LVPESLTIWV TFV STDWDS SGAVNDIKLL AVSGKNISLG PQNVFCDVPL TIRLWDVGEE VYGIQIYTLD EHLEIDAAML TSTADTPLCL QCKP LKYKV VRDPPLQMDV ASILHLNRKF VDMDLNLGSV YQYWVITISG TEESEPSPAV TYIHGSGYCG DGIIQKDQGE QCDDM NKIN GDGCSLFCRQ EVSFNCIDEP SRCYFHDGDG VCEEFEQKTS IKDCGVYTPQ GFLDQWASNA SVSHQDQQCP GWVIIG QPA ASQVCRTKVI DLSEGISQHA WYPCTISYPY SQLAQTTFWL RAYFSQPMVA AAVIVHLVTD GTYYGDQKQE TISVQLL DT KDQSHDLGLH VLSCRNNPLI IPVVHDLSQP FYHSQAVRVS FSSPLVAISG VALRSFDNFD PVTLSSCQRG ETYSPAEQ S CVHFACEKTD CPELAVENAS LNCSSSDRYH GAQCTVSCRT GYVLQIRRDD ELIKSQTGPS VTVTCTEGKW NKQVACEPV DCSIPDHHQV YAASFSCPEG TTFGSQCSFQ CRHPAQLKGN NSLLTCMEDG LWSFPEALCE LMCLAPPPVP NADLQTARCR ENKHKVGSF CKYKCKPGYH VPGSSRKSKK RAFKTQCTQD GSWQEGACVP VTCDPPPPKF HGLYQCTNGF QFNSECRIKC E DSDASQGL GSNVIHCRKD GTWNGSFHVC QEMQGQCSVP NELNSNLKLQ CPDGYAIGSE CATSCLDHNS ESIILPMNVT VR DIPHWLN PTRVERVVCT AGLKWYPHPA LIHCVKGCEP FMGDNYCDAI NNRAFCNYDG GDCCTSTVKT KKVTPFPMSC DLQ GDCACR DPQAQEHSRK DLRGYSHG

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分子 #2: Stanniocalcin-2

分子名称: Stanniocalcin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 33.298688 KDa
配列文字列: MCAERLGQFM TLALVLATFD PARGTDATNP PEGPQDRSSQ QKGRLSLQNT AEIQHCLVNA GDVGCGVFEC FENNSCEIRG LHGICMTFL HNAGKFDAQG KSFIKDALKC KAHALRHRFG CISRKCPAIR EMVSQLQREC YLKHDLCAAA QENTRVIVEM I HFKDLLLH ...文字列:
MCAERLGQFM TLALVLATFD PARGTDATNP PEGPQDRSSQ QKGRLSLQNT AEIQHCLVNA GDVGCGVFEC FENNSCEIRG LHGICMTFL HNAGKFDAQG KSFIKDALKC KAHALRHRFG CISRKCPAIR EMVSQLQREC YLKHDLCAAA QENTRVIVEM I HFKDLLLH EPYVDLVNLL LTCGEEVKEA ITHSVQVQCE QNWGSLCSIL SFCTSAIQKP PTAPPERQPQ VDRTKLSRAH HG EAGHHLP EPSSRETGRG AKGERGSKSH PNAHARGRVG GLGAQGPSGS SEWEDEQSEY SDIRR

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 59.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 149746
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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