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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a eukaryotic ZnT8 in the presence of zinc | |||||||||
![]() | xtZnT8-Zn2 in the presence of 1 mM Zn2 | |||||||||
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![]() | Zinc transporter / SLC30 / ZnT / CDF / Proton-coupled antiporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Insulin processing / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / zinc ion import into organelle / zinc:proton antiporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / insulin secretion / transport vesicle membrane / response to zinc ion / response to glucose / secretory granule membrane ...Insulin processing / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / zinc ion import into organelle / zinc:proton antiporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / insulin secretion / transport vesicle membrane / response to zinc ion / response to glucose / secretory granule membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å | |||||||||
![]() | Zhang S / Fu C / Luo Y / Sun Z / Su Z / Zhou X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a eukaryotic zinc transporter at a low pH suggests its Zn-releasing mechanism. 著者: Senfeng Zhang / Chunting Fu / Yongbo Luo / Qingrong Xie / Tong Xu / Ziyi Sun / Zhaoming Su / Xiaoming Zhou / ![]() 要旨: Zinc transporter 8 (ZnT8) is mainly expressed in pancreatic islet β cells and is responsible for H-coupled uptake (antiport) of Zn into the lumen of insulin secretory granules. Structures of human ...Zinc transporter 8 (ZnT8) is mainly expressed in pancreatic islet β cells and is responsible for H-coupled uptake (antiport) of Zn into the lumen of insulin secretory granules. Structures of human ZnT8 and its prokaryotic homolog YiiP have provided structural basis for constructing a plausible transport cycle for Zn. However, the mechanistic role that protons play in the transport process remains unclear. Here we present a lumen-facing cryo-EM structure of ZnT8 from Xenopus tropicalis (xtZnT8) in the presence of Zn at a luminal pH (5.5). Compared to a Zn-bound xtZnT8 structure at a cytosolic pH (7.5), the low-pH structure displays an empty transmembrane Zn-binding site with a disrupted coordination geometry. Combined with a Zn-binding assay our data suggest that protons may disrupt Zn coordination at the transmembrane Zn-binding site in the lumen-facing state, thus facilitating Zn release from ZnT8 into the lumen. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 24.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 111.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 23.7 MB 23.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 706.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 706.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y5gMC ![]() 7y5hC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | xtZnT8-Zn2 in the presence of 1 mM Zn2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33619_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33619_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : xtZnT8 dimer complexed with zinc
全体 | 名称: xtZnT8 dimer complexed with zinc |
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要素 |
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-超分子 #1: xtZnT8 dimer complexed with zinc
超分子 | 名称: xtZnT8 dimer complexed with zinc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Zinc transporter 8
分子 | 名称: Zinc transporter 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.539031 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKGSEEAYLV SDKATKMYSL TKDSEKNHPS KPPLQDEENP QSKYHCHNNN KKAYDARQRE QTFAKKKLCI ASLICFVFIS AEIVGGYIA GSLAVVTDAA HLLVDLSSFF ISLCSLWLSS KSSTTRLTFG WHRAEILGAL MSVITIWLVT GVLVYLACER L IRPDYTID ...文字列: MKGSEEAYLV SDKATKMYSL TKDSEKNHPS KPPLQDEENP QSKYHCHNNN KKAYDARQRE QTFAKKKLCI ASLICFVFIS AEIVGGYIA GSLAVVTDAA HLLVDLSSFF ISLCSLWLSS KSSTTRLTFG WHRAEILGAL MSVITIWLVT GVLVYLACER L IRPDYTID GTVMLITSAC ALGANLVLAL ILHQSGHGHS HAGGKHEHMA SEYKPQTNAS IRAAFIHVIG DLFQSISVLI SA LIIYFKP EYKMADPICT FIFSIFVLIT TVTVLRDLLT VLMEGTPRGI HYSDVKQSIL AVDGVKSVHS LHLWALTMNQ VIL SAHIAT DIVGESKRIL KDVTQNVFAR FPFHSVTIQV EPIEDQSPEC MFCYEPTQ UniProtKB: Proton-coupled zinc antiporter SLC30A8 |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 8.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol, 0.5 mM DDM and 1 mM ZnSO4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2-3 s before plunging. |
詳細 | This sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |