[日本語] English
万見
- EMDB-33612: CryoEM structure of QacA (D411N), an antibacterial efflux transpo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33612
タイトルCryoEM structure of QacA (D411N), an antibacterial efflux transporter from Staphylococcus aureus
マップデータRefined map obtained from Non-uniform refinement and used for density modification and model building of QacA structure
試料
  • 複合体: Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain camelid antibodies (A4/B7)
    • 複合体: QacA (54kDa)
      • タンパク質・ペプチド: Antiseptic resistance protein
    • 複合体: antibodies (A4/B7)
      • タンパク質・ペプチド: Single-domain Indian camelid antibody (A4)
      • タンパク質・ペプチド: single-domain indian camelid antibody(B7)
キーワードDrug proton antiporter / major facilitator superfamily(MFS) / Staphylococcus aureus / antibacterial efflux / QacA / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiseptic resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Penmatsa A / Majumder P
資金援助 インド, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/15/2/502063 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/22/1/506242 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR31976/Med/29/1421/2019 インド
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of antibacterial efflux transporter QacA from Staphylococcus aureus reveals a novel extracellular loop with allosteric role.
著者: Puja Majumder / Shahbaz Ahmed / Pragya Ahuja / Arunabh Athreya / Rakesh Ranjan / Aravind Penmatsa /
要旨: Efflux of antibacterial compounds is a major mechanism for developing antimicrobial resistance. In the Gram-positive pathogen Staphylococcus aureus, QacA, a 14 transmembrane helix containing major ...Efflux of antibacterial compounds is a major mechanism for developing antimicrobial resistance. In the Gram-positive pathogen Staphylococcus aureus, QacA, a 14 transmembrane helix containing major facilitator superfamily antiporter, mediates proton-coupled efflux of mono and divalent cationic antibacterial compounds. In this study, we report the cryo-EM structure of QacA, with a single mutation D411N that improves homogeneity and retains efflux activity against divalent cationic compounds like dequalinium and chlorhexidine. The structure of substrate-free QacA, complexed to two single-domain camelid antibodies, was elucidated to a resolution of 3.6 Å. The structure displays an outward-open conformation with an extracellular helical hairpin loop (EL7) between transmembrane helices 13 and 14, which is conserved in a subset of DHA2 transporters. Removal of the EL7 hairpin loop or disrupting the interface formed between EL7 and EL1 compromises efflux activity. Chimeric constructs of QacA with a helical hairpin and EL1 grafted from other DHA2 members, LfrA and SmvA, restore activity in the EL7 deleted QacA revealing the allosteric and vital role of EL7 hairpin in antibacterial efflux in QacA and related members.
履歴
登録2022年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_33612.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined map obtained from Non-uniform refinement and used for density modification and model building of QacA structure
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.041989 - 1.3450524
平均 (標準偏差)0.00029654292 (±0.023213668)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: density modified map for building QacA structure

ファイルemd_33612_additional_1.map
注釈density modified map for building QacA structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halfmap B flipped for handedness

ファイルemd_33612_half_map_1.map
注釈Halfmap B flipped for handedness
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A flipped for handed ness

ファイルemd_33612_half_map_2.map
注釈Half map A flipped for handed ness
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain ...

全体名称: Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain camelid antibodies (A4/B7)
要素
  • 複合体: Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain camelid antibodies (A4/B7)
    • 複合体: QacA (54kDa)
      • タンパク質・ペプチド: Antiseptic resistance protein
    • 複合体: antibodies (A4/B7)
      • タンパク質・ペプチド: Single-domain Indian camelid antibody (A4)
      • タンパク質・ペプチド: single-domain indian camelid antibody(B7)

-
超分子 #1: Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain ...

超分子名称: Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain camelid antibodies (A4/B7)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 細胞中の位置: membrane
分子量理論値: 54 kDa/nm

-
超分子 #2: QacA (54kDa)

超分子名称: QacA (54kDa) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

-
超分子 #3: antibodies (A4/B7)

超分子名称: antibodies (A4/B7) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

-
分子 #1: Antiseptic resistance protein

分子名称: Antiseptic resistance protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 55.053457 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MISFFTKTTD MMTSKKRWTA LVVLAVSLFV VTMDMTILIM ALPELVRELE PSGTQQLWIV DIYSLVLAGF IIPLSAFADK WGRKKALLT GFALFGLVSL AIFFAESAEF VIAIRFLLGI AGALIMPTTL SMIRVIFENP KERATALAVW SIASSIGAVF G PIIGGALL ...文字列:
MISFFTKTTD MMTSKKRWTA LVVLAVSLFV VTMDMTILIM ALPELVRELE PSGTQQLWIV DIYSLVLAGF IIPLSAFADK WGRKKALLT GFALFGLVSL AIFFAESAEF VIAIRFLLGI AGALIMPTTL SMIRVIFENP KERATALAVW SIASSIGAVF G PIIGGALL EQFSWHSAFL INVPFAIIAV VAGLFLLPES KLSKEKSHSW DIPSTILSIA GMIGLVWSIK EFSKEGLADI IP WVVIVLA ITMIVIFVKR NLSSSDPMLD VRLFKKRSFS AGTIAAFMTM FAMASVLLLA SQWLQVVEEL SPFKAGLYLL PMA IGDMVF APIAPGLAAR FGPKIVLPSG IGIAAIGMFI MYFFGHPLSY STMALALILV GAGMASLAVA SALIMLETPT SKAG NAAAV EESMYNLGNV FGVAVLGSLS SMLYRVFLDI SSFSSKGIVG DLAHVAEESV VGAVEVAKAT GIKQLANEAV TSFND AFVA TALVGGIIMI IISIVVYLLI PKSLDITKQK

UniProtKB: Antiseptic resistance protein

-
分子 #2: Single-domain Indian camelid antibody (A4)

分子名称: Single-domain Indian camelid antibody (A4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
分子量理論値: 13.697031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQVQLQESGG GSVQTGGSLR LSCAASGYRY SDNCVGWFRQ APGREREAVA TYNSGSSTWY ADSVKGRFTI SQDSAKSTVY LQMNNLKPE DTAMYYCAGR NRLGSYCYMT GDFAYWGQGT QVTVSS

-
分子 #3: single-domain indian camelid antibody(B7)

分子名称: single-domain indian camelid antibody(B7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
分子量理論値: 13.458037 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQVQLQESGG GSVQAGGSLR LSCAASGYTN SRKCMGWFRQ IPGKEREGVA AIYGFGRGLI LYADSVKGRF TISQDNAKNT VYLQMNSLK PEDTAMYYCA ADSPGSCLSR SGYNYWGQGT QVTVSS

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 30mM Hepes, pH7.0 120mM NaCl 2 % glycerol 1mM Undecyl maltoside
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time of 5 to 6 seconds before plunging.
詳細QacA complex concentrated to 3 to 4 mg/ml before grid preparation

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: OTHER / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 7770 / 実像数: 7770 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode at 50 images per movie
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 502364
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphafold2 model of QacA
最終 再構成使用したクラス数: 97 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: maps were derived from non uniform refinement follwed by density modification in phenix which yielded a resolution of 3.6 angstroms
使用した粒子像数: 218040
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 97 / 平均メンバー数/クラス: 2250
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Real space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 201
得られたモデル

PDB-7y58:
CryoEM structure of QacA (D411N), an antibacterial efflux transporter from Staphylococcus aureus

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る