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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human MG53 homo-dimer | ||||||||||||
![]() | Sharpened map | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chen L / Niu Y | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human MG53 homodimer. 著者: Yange Niu / Gengjia Chen / Fengxiang Lv / Rui-Ping Xiao / Xinli Hu / Lei Chen / ![]() 要旨: MG53 is a tripartite motif (TRIM) family E3 ligase and plays important biological functions. Here we present the cryo-EM structure of human MG53, showing that MG53 is a homodimer consisting of a ...MG53 is a tripartite motif (TRIM) family E3 ligase and plays important biological functions. Here we present the cryo-EM structure of human MG53, showing that MG53 is a homodimer consisting of a 'body' and two 'wings'. Intermolecular interactions are mainly distributed in the 'body' which is relatively stable, while two 'wings' are more dynamic. The overall architecture of MG53 is distinct from those of TRIM20 and TRIM25, illustrating the broad structural diversity of this protein family. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 60.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y4sMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_33606_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_33606_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human MG53 homo-dimer
全体 | 名称: human MG53 homo-dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: human MG53 homo-dimer
超分子 | 名称: human MG53 homo-dimer / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Tripartite motif-containing protein 72
分子 | 名称: Tripartite motif-containing protein 72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.800512 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSAAPGLLHQ ELSCPLCLQL FDAPVTAECG HSFCRACLGR VAGEPAADGT VLCPCCQAPT RPQALSTNLQ LARLVEGLAQ VPQGHCEEH LDPLSIYCEQ DRALVCGVCA SLGSHRGHRL LPAAEAHARL KTQLPQQKLQ LQEACMRKEK SVAVLEHQLV E VEETVRQF ...文字列: MSAAPGLLHQ ELSCPLCLQL FDAPVTAECG HSFCRACLGR VAGEPAADGT VLCPCCQAPT RPQALSTNLQ LARLVEGLAQ VPQGHCEEH LDPLSIYCEQ DRALVCGVCA SLGSHRGHRL LPAAEAHARL KTQLPQQKLQ LQEACMRKEK SVAVLEHQLV E VEETVRQF RGAVGEQLGK MRVFLAALEG SLDREAERVR GEAGVALRRE LGSLNSYLEQ LRQMEKVLEE VADKPQTEFL MK YCLVTSR LQKILAESPP PARLDIQLPI ISDDFKFQVW RKMFRALMPA LEELTFDPSS AHPSLVVSSS GRRVECSEQK APP AGEDPR QFDKAVAVVA HQQLSEGEHY WEVDVGDKPR WALGVIAAEA PRRGRLHAVP SQGLWLLGLR EGKILEAHVE AKEP RALRS PERRPTRIGL YLSFGDGVLS FYDASDADAL VPLFAFHERL PRPVYPFFDV CWHDKGKNAQ PLLLVGPEGA EA |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.1.0) / 使用した粒子像数: 125390 |