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万見
- EMDB-33570: 5.0 angstrom cryo-EM structure of transmembrane regions of mouse ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33570
タイトル5.0 angstrom cryo-EM structure of transmembrane regions of mouse Basigin/MCT1 in complex with antibody 6E7F1
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Basigin
キーワードTransporter / glucose metabolism / monocarboxylic acid transport / alpha helical TMs / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Basigin interactions / solute:proton symporter activity / succinate transmembrane transporter activity ...Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Basigin interactions / solute:proton symporter activity / succinate transmembrane transporter activity / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / pyruvate catabolic process / endothelial tube morphogenesis / response to mercury ion / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / centrosome cycle / response to food / D-mannose binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / lateral plasma membrane / photoreceptor outer segment / response to cAMP / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / regulation of insulin secretion / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / response to peptide hormone / lipid metabolic process / glucose homeostasis / signaling receptor activity / angiogenesis / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / cell differentiation / apical plasma membrane / synapse / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Basigin / Monocarboxylate transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.03 Å
データ登録者Zhang H / Yang X / Xue Y / Huang Y / Mo X / Li N / Gao N / Li X / Wang S / Gao Y / Liao J
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711003-003-003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Allosteric modulation of monocarboxylate transporters 1 and 4 by targeting their chaperon Basigin-2
著者: Zhang H / Yang X / Xue Y / Huang Y / Mo Y / Zhang H / Li N / Gao N / Li X / Wang S / Gao Y / Liao J
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33570.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 240 pix.
= 196.8 Å		0.82 Å/pix.
x 240 pix.
= 196.8 Å		0.82 Å/pix.
x 240 pix.
= 196.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.12014297 - 0.40785548
平均 (標準偏差)0.0005005894 (±0.013233275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 196.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33570_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_33570_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_33570_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarb...

全体名称: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1
要素
  • 複合体: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Basigin

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超分子 #1: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarb...

超分子名称: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1, extracellular region of Basigin is missed due to high flexibility
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Monocarboxylate transporter 1

分子名称: Monocarboxylate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 53.308883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPPAIGGPVG YTPPDGGWGW AVLVGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEVI FSATTSEVSW ISSIMLAVMY AGGPISSILV NKYGSRPVM IAGGCLSGCG LIAASFCNTV QELYLCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKKRPLANGL AMAGSPVFLS T LAPLNQAF ...文字列:
MPPAIGGPVG YTPPDGGWGW AVLVGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEVI FSATTSEVSW ISSIMLAVMY AGGPISSILV NKYGSRPVM IAGGCLSGCG LIAASFCNTV QELYLCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKKRPLANGL AMAGSPVFLS T LAPLNQAF FDIFDWRGSF LILGGLLLNC CVAGSLMRPI GPEQVKLEKL KSKESLQEAG KSDANTDLIG GSPKGEKLSV FQ TINKFLD LSLFTHRGFL LYLSGNVVMF FGLFTPLVFL SSYGKSKDFS SEKSAFLLSI LAFVDMVARP SMGLAANTKW IRP RIQYFF AASVVANGVC HLLAPLSTTY VGFCVYAGVF GFAFGWLSSV LFETLMDLIG PQRFSSAVGL VTIVECCPVL LGPP LLGRL NDMYGDYKYT YWACGVILII AGIYLFIGMG INYRLLAKEQ KAEEKQKREG KEDEASTDVD EKPKETMKAA QSPQQ HSSG DPTEEESPV

UniProtKB: Monocarboxylate transporter 1

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分子 #2: Isoform 2 of Basigin

分子名称: Isoform 2 of Basigin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.707447 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAALLLALA FTLLSGQGAC AAAGTIQTSV QEVNSKTQLT CSLNSSGVDI VGHRWMRGGK VLQEDTLPDL HTKYIVDADD RSGEYSCIF LPEPVGRSEI NVEGPPRIKV GKKSEHSSEG ELAKLVCKSD ASYPPITDWF WFKTSDTGEE EAITNSTEAN G KYVVVSTP ...文字列:
MAAALLLALA FTLLSGQGAC AAAGTIQTSV QEVNSKTQLT CSLNSSGVDI VGHRWMRGGK VLQEDTLPDL HTKYIVDADD RSGEYSCIF LPEPVGRSEI NVEGPPRIKV GKKSEHSSEG ELAKLVCKSD ASYPPITDWF WFKTSDTGEE EAITNSTEAN G KYVVVSTP EKSQLTISNL DVNVDPGTYV CNATNAQGTT RETISLRVRS RMAALWPFLG IVAEVLVLVT IIFIYEKRRK PD QTLDEDD PGAAPLKGSG THMNDKDKNV RQRNAT

UniProtKB: Basigin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES pH 7.5
150.0 mMNaClNaCl

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5-4.5 s before plunging.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 1034 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1034 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5895 / 平均露光時間: 2.5215 sec. / 平均電子線量: 1.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細raw image processed by patch motion.
粒子像選択選択した数: 1610675
詳細: Minimum particle diameter (A) 120 Maximum particle diameter (A) 140 Lowpass filter to apply (A) 10 Circular blob
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: No other models introduced.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / 使用した粒子像数: 129990
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: 2D classification / 詳細: Maximum resolution 6A Number of 2D classes 200
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: 2D classification
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6lz0

chain_id: A, residue_range: 16-442, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6lz0

chain_id: B, residue_range: 206-242, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細The transmembrane regions of human MCT1 and Basigin-2 were first generated, with side chain of each residue truncated into beta carbon atom. The the model was initial fitted using chimera and then phenix was used for flexible fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 53.6 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7y1q:
5.0 angstrom cryo-EM structure of transmembrane regions of mouse Basigin/MCT1 in complex with antibody 6E7F1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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