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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33570 | |||||||||
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タイトル | 5.0 angstrom cryo-EM structure of transmembrane regions of mouse Basigin/MCT1 in complex with antibody 6E7F1 | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transporter / glucose metabolism / monocarboxylic acid transport / alpha helical TMs / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / lactate transmembrane transport / behavioral response to nutrient / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / solute:proton symporter activity ...Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / lactate transmembrane transport / behavioral response to nutrient / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / solute:proton symporter activity / lactate:proton symporter activity / Basigin interactions / succinate transmembrane transporter activity / pyruvate catabolic process / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / organic cyclic compound binding / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / centrosome cycle / response to food / odontogenesis of dentin-containing tooth / cellular response to organic cyclic compound / regulation of insulin secretion / D-mannose binding / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / photoreceptor outer segment / lateral plasma membrane / response to cAMP / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / photoreceptor inner segment / positive regulation of endothelial cell migration / protein localization to plasma membrane / lipid metabolic process / sarcolemma / response to peptide hormone / glucose homeostasis / signaling receptor activity / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / angiogenesis / cell differentiation / apical plasma membrane / centrosome / synapse / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang H / Yang X / Xue Y / Huang Y / Mo X / Li N / Gao N / Li X / Wang S / Gao Y / Liao J | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Allosteric modulation of monocarboxylate transporters 1 and 4 by targeting their chaperon Basigin-2 著者: Zhang H / Yang X / Xue Y / Huang Y / Mo Y / Zhang H / Li N / Gao N / Li X / Wang S / Gao Y / Liao J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33570.map.gz | 49.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33570-v30.xml emd-33570.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33570.png | 79.2 KB | ||
マスクデータ | emd_33570_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33570.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_33570_half_map_1.map.gz emd_33570_half_map_2.map.gz | 48.9 MB 48.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33570 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33570 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33570_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33570_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33570_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33570_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33570 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33570 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y1qMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33570_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_33570_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_33570_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarb...
全体 | 名称: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarb...
超分子 | 名称: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1, extracellular region of Basigin is missed due to high flexibility |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-分子 #1: Monocarboxylate transporter 1
分子 | 名称: Monocarboxylate transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 53.308883 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPPAIGGPVG YTPPDGGWGW AVLVGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEVI FSATTSEVSW ISSIMLAVMY AGGPISSILV NKYGSRPVM IAGGCLSGCG LIAASFCNTV QELYLCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKKRPLANGL AMAGSPVFLS T LAPLNQAF ...文字列: MPPAIGGPVG YTPPDGGWGW AVLVGAFISI GFSYAFPKSI TVFFKEIEVI FSATTSEVSW ISSIMLAVMY AGGPISSILV NKYGSRPVM IAGGCLSGCG LIAASFCNTV QELYLCIGVI GGLGLAFNLN PALTMIGKYF YKKRPLANGL AMAGSPVFLS T LAPLNQAF FDIFDWRGSF LILGGLLLNC CVAGSLMRPI GPEQVKLEKL KSKESLQEAG KSDANTDLIG GSPKGEKLSV FQ TINKFLD LSLFTHRGFL LYLSGNVVMF FGLFTPLVFL SSYGKSKDFS SEKSAFLLSI LAFVDMVARP SMGLAANTKW IRP RIQYFF AASVVANGVC HLLAPLSTTY VGFCVYAGVF GFAFGWLSSV LFETLMDLIG PQRFSSAVGL VTIVECCPVL LGPP LLGRL NDMYGDYKYT YWACGVILII AGIYLFIGMG INYRLLAKEQ KAEEKQKREG KEDEASTDVD EKPKETMKAA QSPQQ HSSG DPTEEESPV UniProtKB: Monocarboxylate transporter 1 |
-分子 #2: Isoform 2 of Basigin
分子 | 名称: Isoform 2 of Basigin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 29.707447 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAALLLALA FTLLSGQGAC AAAGTIQTSV QEVNSKTQLT CSLNSSGVDI VGHRWMRGGK VLQEDTLPDL HTKYIVDADD RSGEYSCIF LPEPVGRSEI NVEGPPRIKV GKKSEHSSEG ELAKLVCKSD ASYPPITDWF WFKTSDTGEE EAITNSTEAN G KYVVVSTP ...文字列: MAAALLLALA FTLLSGQGAC AAAGTIQTSV QEVNSKTQLT CSLNSSGVDI VGHRWMRGGK VLQEDTLPDL HTKYIVDADD RSGEYSCIF LPEPVGRSEI NVEGPPRIKV GKKSEHSSEG ELAKLVCKSD ASYPPITDWF WFKTSDTGEE EAITNSTEAN G KYVVVSTP EKSQLTISNL DVNVDPGTYV CNATNAQGTT RETISLRVRS RMAALWPFLG IVAEVLVLVT IIFIYEKRRK PD QTLDEDD PGAAPLKGSG THMNDKDKNV RQRNAT UniProtKB: Basigin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl | |||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5-4.5 s before plunging. | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 1034 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1034 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5895 / 平均露光時間: 2.5215 sec. / 平均電子線量: 1.56 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | The transmembrane regions of human MCT1 and Basigin-2 were first generated, with side chain of each residue truncated into beta carbon atom. The the model was initial fitted using chimera and then phenix was used for flexible fitting. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 53.6 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | PDB-7y1q: |