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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33496 | |||||||||
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タイトル | Tomographic reconstruction of FIB-milled cryo-lamella of HepG2 cells containing a LD-mitochondria contact sites. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Xiao K / Li W / Li Z / Guo Q / Tao X / Ji W | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The functional universe of membrane contact sites. 著者: Prinz WA / Toulmay A / Balla T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33496.map.gz | 628.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33496-v30.xml emd-33496.xml | 7.3 KB 7.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33496.png | 261.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33496 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33496 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33496_validation.pdf.gz | 400.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33496_full_validation.pdf.gz | 400 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33496_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33496_validation.cif.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33496 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33496 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33496.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 679.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 21.68 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HepG2 cells with fluorescent reporter of LD-mitochondria contact
全体 | 名称: HepG2 cells with fluorescent reporter of LD-mitochondria contact |
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要素 |
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-超分子 #1: HepG2 cells with fluorescent reporter of LD-mitochondria contact
超分子 | 名称: HepG2 cells with fluorescent reporter of LD-mitochondria contact タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 310 K |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 nA / 集束イオンビーム - 時間: 300 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 303 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Tescan S8000G. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 35 |
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