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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33477 | ||||||||||||
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タイトル | the cryo-EM structure of human mini-SNAPc in complex with hU6-1 PSE | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | snRNA / Transcription factor / Complex / PSE. / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang W / Sun JF | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of human SNAPc recognizing proximal sequence element of snRNA promoter. 著者: Jianfeng Sun / Xue Li / Xuben Hou / Sujian Cao / Wenjin Cao / Ye Zhang / Jinyang Song / Manfu Wang / Hao Wang / Xiaodong Yan / Zengpeng Li / Robert G Roeder / Wei Wang / 要旨: In eukaryotes, small nuclear RNAs (snRNAs) function in many fundamental cellular events such as precursor messenger RNA splicing, gene expression regulation, and ribosomal RNA processing. The snRNA ...In eukaryotes, small nuclear RNAs (snRNAs) function in many fundamental cellular events such as precursor messenger RNA splicing, gene expression regulation, and ribosomal RNA processing. The snRNA activating protein complex (SNAPc) exclusively recognizes the proximal sequence element (PSE) at snRNA promoters and recruits RNA polymerase II or III to initiate transcription. In view that homozygous gene-knockout of SNAPc core subunits causes mouse embryonic lethality, functions of SNAPc are almost housekeeping. But so far, the structural insight into how SNAPc assembles and regulates snRNA transcription initiation remains unclear. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the essential part of human SNAPc in complex with human U6-1 PSE at an overall resolution of 3.49 Å. This structure reveals the three-dimensional features of three conserved subunits (N-terminal domain of SNAP190, SNAP50, and SNAP43) and explains how they are assembled into a stable mini-SNAPc in PSE-binding state with a "wrap-around" mode. We identify three important motifs of SNAP50 that are involved in both major groove and minor groove recognition of PSE, in coordination with the Myb domain of SNAP190. Our findings further elaborate human PSE sequence conservation and compatibility for SNAPc recognition, providing a clear framework of snRNA transcription initiation, especially the U6 system. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33477.map.gz | 97.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33477-v30.xml emd-33477.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33477.png | 52.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33477.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_33477_half_map_1.map.gz emd_33477_half_map_2.map.gz | 95.4 MB 95.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33477 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33477 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33477_validation.pdf.gz | 793.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33477_full_validation.pdf.gz | 793.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33477_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33477_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33477 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33477 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xurMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.076 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33477_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33477_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE
全体 | 名称: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE |
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要素 |
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-超分子 #1: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE
超分子 | 名称: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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-超分子 #2: human mini-SNAPc
超分子 | 名称: human mini-SNAPc / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5 |
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-分子 #1: snRNA-activating protein complex subunit 4
分子 | 名称: snRNA-activating protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.780254 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKSL EVLFQGPMDV DAEREKITQE IKELERILDP GSSGSHVEIS ESSLESDSEA DSLPSEDLDP ADPPISEEER WGEASNDED DPKDKTLPED PETCLQLNMV YQEVIQEKLA EANLLLAQNR EQQEELMRDL AGSKGTKVKD GKSLPPSTYM G HFMKPYFK ...文字列: DYKDDDDKSL EVLFQGPMDV DAEREKITQE IKELERILDP GSSGSHVEIS ESSLESDSEA DSLPSEDLDP ADPPISEEER WGEASNDED DPKDKTLPED PETCLQLNMV YQEVIQEKLA EANLLLAQNR EQQEELMRDL AGSKGTKVKD GKSLPPSTYM G HFMKPYFK DKVTGVGPPA NEDTREKAAQ GIKAFEELLV TKWKNWEKAL LRKSVVSDRL QRLLQPKLLK LEYLHQKQSK VS SELERQA LEKQGREAEK EIQDINQLPE EALLGNRLDS HDWEKISNIN FEGSRSAEEI RKFWQNSEHP SINKQEWSRE EEE RLQAIA AAHGHLEWQK IAEELGTSRS AFQCLQKFQQ HNKALKRKEW TEEEDRMLTQ LVQEMRVGSH IPYRRIVYYM EGRD SMQLI YRWTKSLDPG LKKGYWAPEE DAKLLQAVAK YGEQDWFKIR EEVPGRSDAQ CRDRYLRRLH FSLKKGRWNL KEEEQ LIEL IEKYGVGHWA KIASELPHRS GSQCLSKWKI MMGKKQGL UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 4 |
-分子 #2: snRNA-activating protein complex subunit 3
分子 | 名称: snRNA-activating protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 46.812605 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ...文字列: MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ENSADMIEEG ELILSVNILY PVIFHKHKEH KPYQTMLVLG SQKLTQLRDS IRCVSDLQIG GEFSNTPDQA PE HISKDLY KSAFFYFEGT FYNDKRYPEC RDLSRTIIEW SESHDRGYGK FQTARMEDFT FNDLCIKLGF PYLYCHQGDC EHV IVITDI RLVHHDDCLD RTLYPLLIKK HWLWTRKCFV CKMYTARWVT NNDSFAPEDP CFFCDVCFRM LHYDSEGNKL GEFL AYPYV DPGTFN UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 3 |
-分子 #3: snRNA-activating protein complex subunit 1
分子 | 名称: snRNA-activating protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 33.559516 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: HHHHHHSENL YFQGMGTPPG LQTDCEALLS RFQETDSVRF EDFTELWRNM KFGTIFCGRM RNLEKNMFTK EALALAWRYF LPPYTFQIR VGALYLLYGL YNTQLCQPKQ KIRVALKDWD EVLKFQQDLV NAQHFDAAYI FRKLRLDRAF HFTAMPKLLS Y RMKKKIHR ...文字列: HHHHHHSENL YFQGMGTPPG LQTDCEALLS RFQETDSVRF EDFTELWRNM KFGTIFCGRM RNLEKNMFTK EALALAWRYF LPPYTFQIR VGALYLLYGL YNTQLCQPKQ KIRVALKDWD EVLKFQQDLV NAQHFDAAYI FRKLRLDRAF HFTAMPKLLS Y RMKKKIHR AEVTEEFKDP SDRVMKLITS DVLEEMLNVH DHYQNMKHVI SVDKSKPDKA LSLIKDDFFD NIKNIVLEHQ QW HKDRKNP SLKSKTNDGE EKMEGNSQET ERCERAESLA KIKSK UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 1 |
-分子 #4: DNA (35-MER)
分子 | 名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.72693 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) |
-分子 #5: DNA (35-MER)
分子 | 名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.803009 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA) |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67058 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / 詳細: cryosparc stochastic gradient descent |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |