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- EMDB-33477: the cryo-EM structure of human mini-SNAPc in complex with hU6-1 PSE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33477
タイトルthe cryo-EM structure of human mini-SNAPc in complex with hU6-1 PSE
マップデータ
試料
  • 複合体: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE
    • 複合体: human mini-SNAPc
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 1
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (35-MER)
      • DNA: DNA (35-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードsnRNA / Transcription factor / Complex / PSE. / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / : / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / SANT domain ...snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / : / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex subunit 4 / snRNA-activating protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Wang W / Sun JF
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171207 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970584 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000857 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of human SNAPc recognizing proximal sequence element of snRNA promoter.
著者: Jianfeng Sun / Xue Li / Xuben Hou / Sujian Cao / Wenjin Cao / Ye Zhang / Jinyang Song / Manfu Wang / Hao Wang / Xiaodong Yan / Zengpeng Li / Robert G Roeder / Wei Wang /
要旨: In eukaryotes, small nuclear RNAs (snRNAs) function in many fundamental cellular events such as precursor messenger RNA splicing, gene expression regulation, and ribosomal RNA processing. The snRNA ...In eukaryotes, small nuclear RNAs (snRNAs) function in many fundamental cellular events such as precursor messenger RNA splicing, gene expression regulation, and ribosomal RNA processing. The snRNA activating protein complex (SNAPc) exclusively recognizes the proximal sequence element (PSE) at snRNA promoters and recruits RNA polymerase II or III to initiate transcription. In view that homozygous gene-knockout of SNAPc core subunits causes mouse embryonic lethality, functions of SNAPc are almost housekeeping. But so far, the structural insight into how SNAPc assembles and regulates snRNA transcription initiation remains unclear. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the essential part of human SNAPc in complex with human U6-1 PSE at an overall resolution of 3.49 Å. This structure reveals the three-dimensional features of three conserved subunits (N-terminal domain of SNAP190, SNAP50, and SNAP43) and explains how they are assembled into a stable mini-SNAPc in PSE-binding state with a "wrap-around" mode. We identify three important motifs of SNAP50 that are involved in both major groove and minor groove recognition of PSE, in coordination with the Myb domain of SNAP190. Our findings further elaborate human PSE sequence conservation and compatibility for SNAPc recognition, providing a clear framework of snRNA transcription initiation, especially the U6 system.
履歴
登録2022年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.8 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.8 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.8 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.076 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.2394304 - 3.6847749
平均 (標準偏差)-0.00045605298 (±0.047970727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 322.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33477_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33477_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE

全体名称: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE
要素
  • 複合体: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE
    • 複合体: human mini-SNAPc
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 1
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (35-MER)
      • DNA: DNA (35-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE

超分子名称: the complex of human mini-SNAPc with hU6-1 PSE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: human mini-SNAPc

超分子名称: human mini-SNAPc / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5

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分子 #1: snRNA-activating protein complex subunit 4

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.780254 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKSL EVLFQGPMDV DAEREKITQE IKELERILDP GSSGSHVEIS ESSLESDSEA DSLPSEDLDP ADPPISEEER WGEASNDED DPKDKTLPED PETCLQLNMV YQEVIQEKLA EANLLLAQNR EQQEELMRDL AGSKGTKVKD GKSLPPSTYM G HFMKPYFK ...文字列:
DYKDDDDKSL EVLFQGPMDV DAEREKITQE IKELERILDP GSSGSHVEIS ESSLESDSEA DSLPSEDLDP ADPPISEEER WGEASNDED DPKDKTLPED PETCLQLNMV YQEVIQEKLA EANLLLAQNR EQQEELMRDL AGSKGTKVKD GKSLPPSTYM G HFMKPYFK DKVTGVGPPA NEDTREKAAQ GIKAFEELLV TKWKNWEKAL LRKSVVSDRL QRLLQPKLLK LEYLHQKQSK VS SELERQA LEKQGREAEK EIQDINQLPE EALLGNRLDS HDWEKISNIN FEGSRSAEEI RKFWQNSEHP SINKQEWSRE EEE RLQAIA AAHGHLEWQK IAEELGTSRS AFQCLQKFQQ HNKALKRKEW TEEEDRMLTQ LVQEMRVGSH IPYRRIVYYM EGRD SMQLI YRWTKSLDPG LKKGYWAPEE DAKLLQAVAK YGEQDWFKIR EEVPGRSDAQ CRDRYLRRLH FSLKKGRWNL KEEEQ LIEL IEKYGVGHWA KIASELPHRS GSQCLSKWKI MMGKKQGL

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 4

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分子 #2: snRNA-activating protein complex subunit 3

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.812605 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ...文字列:
MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ENSADMIEEG ELILSVNILY PVIFHKHKEH KPYQTMLVLG SQKLTQLRDS IRCVSDLQIG GEFSNTPDQA PE HISKDLY KSAFFYFEGT FYNDKRYPEC RDLSRTIIEW SESHDRGYGK FQTARMEDFT FNDLCIKLGF PYLYCHQGDC EHV IVITDI RLVHHDDCLD RTLYPLLIKK HWLWTRKCFV CKMYTARWVT NNDSFAPEDP CFFCDVCFRM LHYDSEGNKL GEFL AYPYV DPGTFN

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 3

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分子 #3: snRNA-activating protein complex subunit 1

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.559516 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHSENL YFQGMGTPPG LQTDCEALLS RFQETDSVRF EDFTELWRNM KFGTIFCGRM RNLEKNMFTK EALALAWRYF LPPYTFQIR VGALYLLYGL YNTQLCQPKQ KIRVALKDWD EVLKFQQDLV NAQHFDAAYI FRKLRLDRAF HFTAMPKLLS Y RMKKKIHR ...文字列:
HHHHHHSENL YFQGMGTPPG LQTDCEALLS RFQETDSVRF EDFTELWRNM KFGTIFCGRM RNLEKNMFTK EALALAWRYF LPPYTFQIR VGALYLLYGL YNTQLCQPKQ KIRVALKDWD EVLKFQQDLV NAQHFDAAYI FRKLRLDRAF HFTAMPKLLS Y RMKKKIHR AEVTEEFKDP SDRVMKLITS DVLEEMLNVH DHYQNMKHVI SVDKSKPDKA LSLIKDDFFD NIKNIVLEHQ QW HKDRKNP SLKSKTNDGE EKMEGNSQET ERCERAESLA KIKSK

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 1

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分子 #4: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.72693 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)

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分子 #5: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.803009 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67058
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / 詳細: cryosparc stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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