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- EMDB-33451: Cryo-EM structure of SLC19A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33451
タイトルCryo-EM structure of SLC19A1
マップデータ
試料
  • 複合体: human SLC19A1
    • タンパク質・ペプチド: Reduced folate transporter
キーワードTransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane ...folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / Metabolism of folate and pterines / antiporter activity / folic acid binding / folic acid metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / female pregnancy / brush border membrane / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reduced folate transporter SLC19A1 / Reduced folate carrier / Reduced folate carrier / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Reduced folate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Zhang MF / Shan YY / Pei DQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human SLC19A1.
著者: Zhang MF / Shan YY / Pei DQ
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.68 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.68 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.849 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-3.0400224 - 4.0029936
平均 (標準偏差)-0.0007321518 (±0.06242137)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 271.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33451_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33451_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human SLC19A1

全体名称: human SLC19A1
要素
  • 複合体: human SLC19A1
    • タンパク質・ペプチド: Reduced folate transporter

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超分子 #1: human SLC19A1

超分子名称: human SLC19A1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60 KDa

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分子 #1: Reduced folate transporter

分子名称: Reduced folate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.926984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVPSSPAVEK QVPVEPGPDP ELRSWRHLVC YLCFYGFMAQ IRPGESFITP YLLGPDKNFT REQVTNEITP VLSYSYLAVL VPVFLLTDY LRYTPVLLLQ GLSFVSVWLL LLLGHSVAHM QLMELFYSVT MAARIAYSSY IFSLVRPARY QRVAGYSRAA V LLGVFTSS ...文字列:
MVPSSPAVEK QVPVEPGPDP ELRSWRHLVC YLCFYGFMAQ IRPGESFITP YLLGPDKNFT REQVTNEITP VLSYSYLAVL VPVFLLTDY LRYTPVLLLQ GLSFVSVWLL LLLGHSVAHM QLMELFYSVT MAARIAYSSY IFSLVRPARY QRVAGYSRAA V LLGVFTSS VLGQLLVTVG RVSFSTLNYI SLAFLTFSVV LALFLKRPKR SLFFNRDDRG RCETSASELE RMNPGPGGKL GH ALRVACG DSVLARMLRE LGDSLRRPQL RLWSLWWVFN SAGYYLVVYY VHILWNEVDP TTNSARVYNG AADAASTLLG AIT SFAAGF VKIRWARWSK LLIAGVTATQ AGLVFLLAHT RHPSSIWLCY AAFVLFRGSY QFLVPIATFQ IASSLSKELC ALVF GVNTF FATIVKTIIT FIVSDVRGLG LPVRKQFQLY SVYFLILSII YFLGAMLDGL RHCQRGHHPR QPPAQGLRSA AEEKA AQAL SVQDKGLGGL QPAQSPPLSP EDSLGAVGPA SLEQRQSDPY LAQAPAPQAA EFLSPVTTPS PCTLCSAQAS GPEAAD ETC PQLAVHPPGV SKLGLQCLPS DGVQNVNQ

UniProtKB: Reduced folate transporter

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 282410
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7xtk:
Cryo-EM structure of SLC19A1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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