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- EMDB-3345: Hexadecameric structure of an invertebrate gap junction channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3345
タイトルHexadecameric structure of an invertebrate gap junction channel
マップデータThis is a map showing a single INX-6 gap junction channel with P2 crystallographic symmetry
試料
  • 試料: The N-terminal deleted C. elegans innexin-6
  • タンパク質・ペプチド: innexin-6
キーワードinnexin / gap junction channel / cryo-electron crystallography / three-dimensional reconstruction / two-dimensional crystal
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Oshima A / Matsuzawa T / Murata K / Tani K / Fujiyoshi Y
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Hexadecameric structure of an invertebrate gap junction channel.
著者: Atsunori Oshima / Tomohiro Matsuzawa / Kazuyoshi Murata / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Innexins are invertebrate-specific gap junction proteins with four transmembrane helices. These proteins oligomerize to constitute intercellular channels that allow for the passage of small signaling ...Innexins are invertebrate-specific gap junction proteins with four transmembrane helices. These proteins oligomerize to constitute intercellular channels that allow for the passage of small signaling molecules associated with neural and muscular electrical activity. In contrast to the large number of structural and functional studies of connexin gap junction channels, few structural studies of recombinant innexin channels are reported. Here we show the three-dimensional structure of two-dimensionally crystallized Caenorhabditis elegans innexin-6 (INX-6) gap junction channels. The N-terminal deleted INX-6 proteins are crystallized in lipid bilayers. The three-dimensional reconstruction determined by cryo-electron crystallography reveals that a single INX-6 gap junction channel comprises 16 subunits, a hexadecamer, in contrast to chordate connexin channels, which comprise 12 subunits. The channel pore diameters at the cytoplasmic entrance and extracellular gap region are larger than those of connexin26. Two bulb densities are observed in each hemichannel, one in the pore and the other at the cytoplasmic side of the hemichannel in the channel pore pathway. These findings imply a structural diversity of gap junction channels among multicellular organisms.
履歴
登録2016年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月23日-
マップ公開2016年3月23日-
更新2016年5月4日-
現状2016年5月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3345.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map showing a single INX-6 gap junction channel with P2 crystallographic symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
2.5 Å/pix.
x 129 pix.
= 322.5 Å		2.44 Å/pix.
x 69 pix.
= 168.339 Å		2.52 Å/pix.
x 63 pix.
= 158.615 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 2.4397 Å / Y: 2.5177 Å / Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-7.99069977 - 4.11950016
平均 (標準偏差)-0.0170252 (±0.98647678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-34-31-64
サイズ6963129
Spacing6369129
セルA: 168.3393 Å / B: 158.6151 Å / C: 322.5 Å
α: 90.0 ° / β: 90.0 ° / γ: 121.7 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.43969565217392.51769841269842.5
M x/y/z6963129
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.339158.615322.500
α/β/γ90.00090.000121.700
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-31-34-64
NC/NR/NS6369129
D min/max/mean-7.9914.120-0.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The N-terminal deleted C. elegans innexin-6

全体名称: The N-terminal deleted C. elegans innexin-6
要素
  • 試料: The N-terminal deleted C. elegans innexin-6
  • タンパク質・ペプチド: innexin-6

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超分子 #1000: The N-terminal deleted C. elegans innexin-6

超分子名称: The N-terminal deleted C. elegans innexin-6 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was reconstituted in lipid bilayers. / 集合状態: hexadecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa / 手法: MALDI-TOF

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分子 #1: innexin-6

分子名称: innexin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: INX-6 / コピー数: 16 / 集合状態: 16 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 別称: roundworm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastbac

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris (pH 7.5), 500 mM NaCl, and 1 mM EDTA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 30 seconds before plunging
詳細Dialysis
結晶化詳細: Dialysis

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL KYOTO-3000SFF
温度最低: 4 K / 最高: 20 K / 平均: 4 K
日付2014年7月26日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 249 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / カメラ長: 2000 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38210 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.459 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.66 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °

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画像解析

詳細Images were processed with the MRC 2D crystal processing package.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: MRC
結晶パラメータ単位格子 - A: 118.5 Å / 単位格子 - B: 111.5 Å / 単位格子 - C: 320 Å / 単位格子 - γ: 121.7 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 2
CTF補正詳細: Each micrograph

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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