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- EMDB-33448: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33448
タイトルCryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriocin curvacin-A
    • タンパク質・ペプチド: Sakacin-A immunity factor
    • タンパク質・ペプチド: Mannose permease IIC component
    • タンパク質・ペプチド: Mannose permease IID component
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードBacteriocin / PTS / ManYZ / ManY / ManZ / transporter / Mannose / PROTEIN TRANSPORT / Membrane Protein / Listeria monocytogenes / Pediococcus acidilactici / Latilactobacillus sakei / Mannose Phosphotransferase System / Man-PTS
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin-type signal sequence / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family, IIC subunit / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS system sorbose-specific iic component / PTS system mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS_EIIC type-4 domain profile. / PTS_EIID domain profile. / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site ...Bacteriocin-type signal sequence / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family, IIC subunit / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS system sorbose-specific iic component / PTS system mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS_EIIC type-4 domain profile. / PTS_EIID domain profile. / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose permease IID component / Mannose permease IIC component / Bacteriocin curvacin-A / Sakacin-A immunity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア) / Pediococcus acidilactici (バクテリア) / Latilactobacillus sakei (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zeng JW / Wang JW / Zhu LY
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501103 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: Appl Environ Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of the Immunity Mechanisms of Pediocin-like Bacteriocins.
著者: Liyan Zhu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang /
要旨: Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic ...Pediocin-like bacteriocins, also designated class IIa bacteriocins, are ribosomally synthesized antimicrobial peptides targeting species closely related to the producers. They act on the cytoplasmic membrane of Gram-positive cells by dissipating the transmembrane electrical potential through pore formation with the mannose phosphotransferase system (man-PTS) as the target/receptor. Bacteriocin-producing strains also synthesize a cognate immunity protein that protects them against their own bacteriocins. Herein, we report the cryo-electron microscopy structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei. The complex structure reveals that pediocin-like bacteriocins bind to the same position on the Core domain of man-PTS, while the C-terminal helical tails of bacteriocins delimit the opening range of the Core domain away from the Vmotif domain to facilitate transmembrane pore formation. Upon attack of bacteriocins from the extracellular side, man-PTS exposes its cytosolic side for recognition of the N-terminal four-helix bundle of the immunity protein. The C-terminal loop of the immunity protein then inserts into the pore and blocks leakage induced by bacteriocins. Elucidation of the toxicity and immunity mechanisms of pediocin-like bacteriocins could support the design of novel bacteriocins against antibiotic-resistant pathogenic bacteria. Pediocin-like bacteriocins, ribosomally synthesized antimicrobial peptides, are generally co-expressed with cognate immunity proteins to protect the bacteriocin-producing strain from its own bacteriocin. Bacteriocins are considered potential alternatives to conventional antibiotics in the context of the bacterial resistance crisis, but the immunity mechanism is unclear. This study uncovered the mechanisms of action and immunity of class IIa bacteriocins.
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8433 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.5694256 - 3.182501
平均 (標準偏差)0.0019709964 (±0.08894118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 269.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33448_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33448_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed wit...

全体名称: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriocin curvacin-A
    • タンパク質・ペプチド: Sakacin-A immunity factor
    • タンパク質・ペプチド: Mannose permease IIC component
    • タンパク質・ペプチド: Mannose permease IID component
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed wit...

超分子名称: Cryo-EM structure of Listeria monocytogenes man-PTS complexed with pediocin PA-1 and sakacin-A immunity factor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)

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分子 #1: Bacteriocin curvacin-A

分子名称: Bacteriocin curvacin-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pediococcus acidilactici (バクテリア)
分子量理論値: 4.444088 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARSYGNGVY CNNKKCWVNR GEATQSIIGG MISGWASGLA GM

UniProtKB: Bacteriocin curvacin-A

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分子 #2: Sakacin-A immunity factor

分子名称: Sakacin-A immunity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Latilactobacillus sakei (バクテリア)
分子量理論値: 10.213867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ADYKKINSIL TYTSTALKNP KIIKDKDLVV LLTIIQEEAK QNRIFYDYKR KFRPAVTRFT IDNNFEIPDC LVKLLSAVET PKAWSGFS

UniProtKB: Sakacin-A immunity factor

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分子 #3: Mannose permease IIC component

分子名称: Mannose permease IIC component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 25.461646 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DLNFIQVILV IFVAFLAGVE GILDQFHFHQ PVIACTLIGL VTGNLLPCLI LGGTLQMIAL GWANVGAAVA PDAALASIAS AIILVLGGQ GKAGVTSAIA IAVPLAVAGL LLTIIVRTLA TGIVHIMDAA AKEGNFRKIE MWQYIAIIMQ GVRIAIPAGL I LAIGAGPV ...文字列:
DLNFIQVILV IFVAFLAGVE GILDQFHFHQ PVIACTLIGL VTGNLLPCLI LGGTLQMIAL GWANVGAAVA PDAALASIAS AIILVLGGQ GKAGVTSAIA IAVPLAVAGL LLTIIVRTLA TGIVHIMDAA AKEGNFRKIE MWQYIAIIMQ GVRIAIPAGL I LAIGAGPV KEMLTAMPVW LTDGLAIGGG MVVAVGYAMV INMMATKEVW PFFAIGFVLA TISQLTLIGL GAIGISLALI YL ALSKQGS G

UniProtKB: Mannose permease IIC component

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分子 #4: Mannose permease IID component

分子名称: Mannose permease IID component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 33.000723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QLKLTKKDRI SVWLRSTFLQ GSWNYERMQN GGWAYTLIPA LKKLYKTKED RSAALVRHME FFNTHPYVAA PILGVTLALE EERANGAPI DDVTIQGVKV GMMGPLAGIG DPVFWFTVKP IIGALAASLA MSGNILGPII YFVAWNAIRM AFTWYTQEFG Y RAGSKITE ...文字列:
QLKLTKKDRI SVWLRSTFLQ GSWNYERMQN GGWAYTLIPA LKKLYKTKED RSAALVRHME FFNTHPYVAA PILGVTLALE EERANGAPI DDVTIQGVKV GMMGPLAGIG DPVFWFTVKP IIGALAASLA MSGNILGPII YFVAWNAIRM AFTWYTQEFG Y RAGSKITE DLSGGILQDI TKGASILGMF ILGSLVNRWV SVKFTPTVSS VKLDKGAFID WDKLPSGAKG IQSALQQQAQ GL SLTDHKI TTLQDNLDSL IPGLAALGLT LFCMWLLKKK VSPIVIILGL FVVGIVFHLL HLM

UniProtKB: Mannose permease IID component

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分子 #5: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178777
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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