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- EMDB-33401: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33401
タイトルPSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 12種
キーワードSupercomplex / Membrane protein / State transitions / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I ...plastoglobule / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre ...: / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PSI subunit V / Uncharacterized protein / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I subunit O / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...PSI subunit V / Uncharacterized protein / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I subunit O / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PsaH photosystem I reaction center subunit / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhang S / Tang KL / Li XY / Wang WD / Yan QJ / Shen LL / Kuang TY / Han GY / Shen JR / Zhang X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0907600 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structural insights into a unique PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex from moss Physcomitrium patens.
著者: Song Zhang / Kailu Tang / Qiujing Yan / Xingyue Li / Liangliang Shen / Wenda Wang / Yi-Kun He / Tingyun Kuang / Guangye Han / Jian-Ren Shen / Xing Zhang /
要旨: Photosystem I (PSI) possesses a variable supramolecular organization among different photosynthetic organisms to adapt to different light environments. Mosses are evolutionary intermediates that ...Photosystem I (PSI) possesses a variable supramolecular organization among different photosynthetic organisms to adapt to different light environments. Mosses are evolutionary intermediates that diverged from aquatic green algae and evolved into land plants. The moss Physcomitrium patens (P. patens) has a light-harvesting complex (LHC) superfamily more diverse than those of green algae and higher plants. Here, we solved the structure of a PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex from P. patens at 2.68 Å resolution using cryo-electron microscopy. This supercomplex contains one PSI-LHCI, one phosphorylated LHCII trimer, one moss-specific LHC protein, Lhcb9, and one additional LHCI belt with four Lhca subunits. The complete structure of PsaO was observed in the PSI core. One Lhcbm2 in the LHCII trimer interacts with PSI core through its phosphorylated N terminus, and Lhcb9 mediates assembly of the whole supercomplex. The complicated pigment arrangement provided important information for possible energy-transfer pathways from the peripheral antennae to the PSI core.
履歴
登録2022年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.757525 - 4.399902
平均 (標準偏差)-0.00048363657 (±0.10490938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-240-240-240
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 486.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33401_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33401_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens

全体名称: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens
要素
  • 複合体: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Predicted protein PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PSI-F
    • タンパク質・ペプチド: PSI-G
    • タンパク質・ペプチド: PsaH photosystem I reaction center subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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超分子 #1: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens

超分子名称: PSI-LHCI-LHCII-Lhcb9 supercomplex of Physcomitrella patens
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 82.313422 KDa
配列文字列: EVKIMVEKDP VKTSFEKWAK PGHFSRTLAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTNDLEEISR KVFSAHFGQL AVIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQKILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLIFA A LMLFAGWF ...文字列:
EVKIMVEKDP VKTSFEKWAK PGHFSRTLAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTNDLEEISR KVFSAHFGQL AVIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQKILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLIFA A LMLFAGWF HYHKAAPKLA WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLAWAGHQVH VSLPINRLLD AGVDPKEIPL PHEFILNRDL LA QLYPSFS KGLTPFFTLN WSEYSDFLTF RGGLNPVTGG LWLTDTAHHH LAIAVLFLVA GHMYRTNFGI GHSMKEILEA HKG PFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL AMLGSLTIIV AHHMYAMPPY PYLATDYATQ LSLFTHHMWI GGFLVVGAAA HAAI FMVRD YDPTTQYNNL LDRVLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMSALG RPQDMFSDTA IQLQPVFAQW IQNTH ALAP SLTAPNATAS TSLTWGGGDL VAVGGKVALL PIPLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSSRLIP DKANLG FRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNAI SVVIFHFSWK MQSDVWGSIS DQGVVTHITG GNFAQSSITI NGWLRDF LW AQASQVIQSY GSSLSAYGLL FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP AIQPRALSIV QGRAVGVA H YLLGGIATTW AFFLARIISV G

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 82.316547 KDa
配列文字列: ASRFPKFSRG LSQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDMTEER LYQKIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWGQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNQDLYGGSI FLLFVSALFL IAGWLHLQPK W KPSVSWFK ...文字列:
ASRFPKFSRG LSQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDMTEER LYQKIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWGQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAS GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNQDLYGGSI FLLFVSALFL IAGWLHLQPK W KPSVSWFK NAESRLNHHL SGLFGVSSLA WTGHLVHVAI PESRGEHVRW NNLLTALPHP QGLGPFFAGQ WNVYAQNPDS NS HLFGTSE GAGTAILTFL GGFHPQTQSL WLTDMAHHHL AIAVIFIIAG HMYRTNFGIG HSMKEILEAH TPPGGRLGRG HKG LYDTIN NSLHFQLGLA LASLGVITSL VAQHMYSLPP YAFLAQDFTT QAALYTHHQY IAGFIMTGAF AHGAIFFIRD YNPE QNKDN VLARMLEHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YVHNDVMLAF GTPEKQILIE PVFAQWIQSA HGKALYGFDV LLSSA DSPA FNAGQTLWLP GWLDAINNNS NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKEFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHITLWQG NVAQFNESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLVWATGFMF LISWRGYWQE LIETLAWAHE RTPLANLVRW KDKPVALSIV QARLVGLAHF SVGYIFTY A AFLIASTSGK FG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 8.649957 KDa
配列文字列:
AHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMVPW DGCKASQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLGA ETTRSMGLAY

+
分子 #4: Predicted protein PsaD

分子名称: Predicted protein PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 15.654927 KDa
配列文字列:
TPPTLNADTP APIFGGSTGG LLRKAQVEEF YVITWESPKE QIFEMPTGGA AIMRSGPNLL KLARKEQCLA LGARLRTKFK IQYQFYRVF PNGEVQYLHP KDGVYPEKVN AGRSPVGVNN RSIGKNANPA ELKFAHKQAY DL

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 6.895725 KDa
配列文字列:
GPKRGSIVKV LRRESYWFND TGKVVAVDQA PGVRYPVVVR FDKVNYAGVS TNNYSPDELE AA

+
分子 #6: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 17.465363 KDa
配列文字列:
DVAGLTPCKE SKGFAKREKQ EIKKLESRLK LYAPDSAPAL ALNATIEKTK RRFAFYGNEG LLCGTDGLPH LIVDGDQAHL GEFVYPGLV FLYIAGWIGW VGRAYLIDVR TSKKPTEKEI IIDVPLALRI MSKGLTWPVA AIGELRSGKL VEKSANITVS

+
分子 #7: PSI-G

分子名称: PSI-G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 10.564831 KDa
配列文字列:
EANTALTITL STGALLFLGR FVFLPFQRDN VSRQGLPVQN GVTHFDAGDS RAQEVTSFLK TNDPAGFTIV DVLAWGALGH AVGFFILAT INNGYNPQF

+
分子 #8: PsaH photosystem I reaction center subunit

分子名称: PsaH photosystem I reaction center subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 10.468787 KDa
配列文字列:
KYGEKSVYFD LGEIDNTTGN WDLYGNDDPN RYNGFQNKFF ETFAGAFTKR GLLLKFLVLG GATTIGYLGS TSSPDLLAIK NGPKQVPVM GPRGRK

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 3.791472 KDa
配列文字列:
MTASYLPSIF VPLIGLVFPA ITMASLFIYI EQDE

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 4.59746 KDa
配列文字列:
MQDVKTYLST APVLATLWFG FLAGLLIEIN RFFPDALVLP L

+
分子 #11: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 8.088327 KDa
配列文字列:
YIGSSTNLIM VASTTLMLFA GRFGLAPSAN RKSTAGLKLV DRDSGLQTGD PAGFTATDTL ACGALGHVIG VGIVLGLKAT A

+
分子 #12: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 17.346957 KDa
配列文字列:
EKYQVIEPLN GDPFIGGFET PVTSSPLIAW YLSNLPAYRT AVAPLLRGVE IGLAHGYLLV GPFVLTGPLR NSAVRGEAGS LAAAGLVTI LTMCLTIYGI ASFKEGEPSK APSLTLTGRQ KDADKLQTAE GWASFTGGWF FGGLSGVAWA YILLYVLNLP Y PVK

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 3.412051 KDa
配列文字列:
MTSISDSQII VALVSAFITG ILALRLGKSL YQ

+
分子 #14: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 9.863429 KDa
配列文字列:
FNRDWLRKDL SVIGFGLIGW LAPSSLPVIN GNSLTGLFLG SIGPELAHFP TGPALTSPFW LWMVTWHVGL FIVLTLGQIG FKGRQDGYW

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 20.833689 KDa
配列文字列: EWLPGNPRPS YLDGSAPGDF GFDPLGLGEV PENLERFKES ELIHARWAML AIPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPW GNLPIILAVE FIAIAFVESQ RNGESDPEKR KYPGGPFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFV V QAVAYPGT ...文字列:
EWLPGNPRPS YLDGSAPGDF GFDPLGLGEV PENLERFKES ELIHARWAML AIPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPW GNLPIILAVE FIAIAFVESQ RNGESDPEKR KYPGGPFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFV V QAVAYPGT GPLENLKTHL ADPWHNTIAH VLIP

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 23.039275 KDa
配列文字列: NDRPLWFPGS KAPEWLDGSL PGDFGFDPLG LGSDPELLKW FVQAELVHCR WAMLGAAGIF IPEALTKAGI LNTPSWNVAG DQQYFADPT TLFVIELILF AWAEGRRWAD IVNPGCVNVD PVFPNNKLTG TDVGYPGGLW FDPLGWGQTK DAKKLKELRT K EIKNGRLA ...文字列:
NDRPLWFPGS KAPEWLDGSL PGDFGFDPLG LGSDPELLKW FVQAELVHCR WAMLGAAGIF IPEALTKAGI LNTPSWNVAG DQQYFADPT TLFVIELILF AWAEGRRWAD IVNPGCVNVD PVFPNNKLTG TDVGYPGGLW FDPLGWGQTK DAKKLKELRT K EIKNGRLA MLAVLGAVVQ ANYTHTGPID NLLAHLADPG HNTIFALSNL VGK

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 23.606 KDa
配列文字列: FASKQSLSYL DGTLPGDYGF DPLGLMDPEG AGGFIDPQWL PYAEIINGRF AMLGAAGAIA PEVLGRIGLI PQETAIPWFQ SGVIPPVGN YSYWADPYTL FVLEMALMGF AEHRRAQDYY KPGSMGKQYF LGLEKFLGGS GNPAYPGGPI FNFLGFGKNE K ELQELKVK ...文字列:
FASKQSLSYL DGTLPGDYGF DPLGLMDPEG AGGFIDPQWL PYAEIINGRF AMLGAAGAIA PEVLGRIGLI PQETAIPWFQ SGVIPPVGN YSYWADPYTL FVLEMALMGF AEHRRAQDYY KPGSMGKQYF LGLEKFLGGS GNPAYPGGPI FNFLGFGKNE K ELQELKVK EVKNGRLAMM AVLGYFTQAI FTGVGPFQNL LDHLADPVHN NVLTNLKI

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 22.521654 KDa
配列文字列: TDRPLWLPGS EAPKWLDGSL PGDYGFDPLD LAAEPGRLNW MVQAELVHCR WAMLGAAGIF IPELLTKIGI LNTPSWYKAG DATYFADQG TLFIVELLLM AWAESRRWAD IARPGSVNTD PIFPNNKLTG TDVGYPGGLW FDPLGWGSGS EDKLKEIRTK E VKNGRLAM ...文字列:
TDRPLWLPGS EAPKWLDGSL PGDYGFDPLD LAAEPGRLNW MVQAELVHCR WAMLGAAGIF IPELLTKIGI LNTPSWYKAG DATYFADQG TLFIVELLLM AWAESRRWAD IARPGSVNTD PIFPNNKLTG TDVGYPGGLW FDPLGWGSGS EDKLKEIRTK E VKNGRLAM LAVLGAFVQA NVTHVGPIDN LFAHLADPYH TTILQSL

+
分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 24.760443 KDa
配列文字列: MTGIAEWYKV YGKSVAPDQD ARAPYYGPNR PLWKGPFTKP KDVPEYLKGE YPGDYGCDIF KLARLPANYA RLRTQELMNG RWAMLGITG CLTPELINSN STPGFEPVWF NTGAQIFSDA GIDYLGVPGF INAHSLFAVI VVQALLMGLA EYARIKFVPE G ADPFYPGG ...文字列:
MTGIAEWYKV YGKSVAPDQD ARAPYYGPNR PLWKGPFTKP KDVPEYLKGE YPGDYGCDIF KLARLPANYA RLRTQELMNG RWAMLGITG CLTPELINSN STPGFEPVWF NTGAQIFSDA GIDYLGVPGF INAHSLFAVI VVQALLMGLA EYARIKFVPE G ADPFYPGG KTFDPLGFSS DPEILAELKV KEIKNGRLAM MAMAGLFAQG AVTGVSPLQN LHDWLHL

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 24.457379 KDa
配列文字列: RR(TPO)VKSTSDS IWYGADRPKY LGPFSGETPS YLTGEFAGDY GWDTAGLSSD PETFARNREL EVIHARWAML GALGCL TPE LLAKSGVKFG EAVWFKAGAQ IFSEGGLDYL GNPSLVHAQS ILAIWASQVV LMGAVEGYRV AGGPLGEITD PIYPGGS FD ...文字列:
RR(TPO)VKSTSDS IWYGADRPKY LGPFSGETPS YLTGEFAGDY GWDTAGLSSD PETFARNREL EVIHARWAML GALGCL TPE LLAKSGVKFG EAVWFKAGAQ IFSEGGLDYL GNPSLVHAQS ILAIWASQVV LMGAVEGYRV AGGPLGEITD PIYPGGS FD PLGLADDPDT FAELKVKEIK NGRLAMFSMF GFFVQAIVTG KGPLENLNDH LADPVANNAW AYATNFVPG

+
分子 #21: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 221 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #22: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 15 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #24: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 33 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #25: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #26: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 5 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #27: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #29: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 50 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #30: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 16 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #31: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 11 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #32: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 78.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83777
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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