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- EMDB-33373: Cryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 1 (delta-N48) virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33373
タイトルCryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 1 (delta-N48) virus-like capsid at pH 6.5
マップデータ
試料
  • ウイルス: Lake Sinai virus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein alpha
  • RNA: RNA (5'-R(P*UP*G)-3')
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha
機能・相同性情報
生物種Lake Sinai virus 1 (ウイルス) / Escherichia coli (大腸菌) / Lake Sinai virus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Chen NC / Wang CH / Chen CJ / Yoshimura M / Guan HH / Chuankhayan P / Lin CC
資金援助 台湾, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of honeybee-infecting Lake Sinai virus reveal domain functions and capsid assembly with dynamic motions.
著者: Nai-Chi Chen / Chun-Hsiung Wang / Masato Yoshimura / Yi-Qi Yeh / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Soichi Wakatsuki / Meng-Chiao Ho / Chun-Jung Chen /
要旨: Understanding the structural diversity of honeybee-infecting viruses is critical to maintain pollinator health and manage the spread of diseases in ecology and agriculture. We determine cryo-EM ...Understanding the structural diversity of honeybee-infecting viruses is critical to maintain pollinator health and manage the spread of diseases in ecology and agriculture. We determine cryo-EM structures of T = 4 and T = 3 capsids of virus-like particles (VLPs) of Lake Sinai virus (LSV) 2 and delta-N48 LSV1, belonging to tetraviruses, at resolutions of 2.3-2.6 Å in various pH environments. Structural analysis shows that the LSV2 capsid protein (CP) structural features, particularly the protruding domain and C-arm, differ from those of other tetraviruses. The anchor loop on the central β-barrel domain interacts with the neighboring subunit to stabilize homo-trimeric capsomeres during assembly. Delta-N48 LSV1 CP interacts with ssRNA via the rigid helix α1', α1'-α1 loop, β-barrel domain, and C-arm. Cryo-EM reconstructions, combined with X-ray crystallographic and small-angle scattering analyses, indicate that pH affects capsid conformations by regulating reversible dynamic particle motions and sizes of LSV2 VLPs. C-arms exist in all LSV2 and delta-N48 LSV1 VLPs across varied pH conditions, indicating that autoproteolysis cleavage is not required for LSV maturation. The observed linear domino-scaffold structures of various lengths, made up of trapezoid-shape capsomeres, provide a basis for icosahedral T = 4 and T = 3 architecture assemblies. These findings advance understanding of honeybee-infecting viruses that can cause Colony Collapse Disorder.
履歴
登録2022年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 539.494 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 539.494 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 539.494 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0537 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.2586957 - 1.3418169
平均 (標準偏差)0.054688286 (±0.11602609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-255-255-255
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 539.4944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33373_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33373_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lake Sinai virus 2

全体名称: Lake Sinai virus 2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Lake Sinai virus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein alpha
  • RNA: RNA (5'-R(P*UP*G)-3')

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超分子 #1: Lake Sinai virus 2

超分子名称: Lake Sinai virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 1041831 / 生物種: Lake Sinai virus 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein alpha

分子名称: Capsid protein alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lake Sinai virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 62.979355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSICSLYCL FRRVMPYSSE ILSSTVYRPP FLATSGLFFT RDHYKFIIMN QQQINPAQRS LRPRAQSAPS RSARRRRNRR RRNPSTPAG TVALQPSRIT RRVVSNLARR PLTITTAGLA WLRQYLNPMG PSTSSVSGFP DGSAVTTCIA DYTNTFNISF P PREAIYCT ...文字列:
MNSICSLYCL FRRVMPYSSE ILSSTVYRPP FLATSGLFFT RDHYKFIIMN QQQINPAQRS LRPRAQSAPS RSARRRRNRR RRNPSTPAG TVALQPSRIT RRVVSNLARR PLTITTAGLA WLRQYLNPMG PSTSSVSGFP DGSAVTTCIA DYTNTFNISF P PREAIYCT GSNSDEKPVM LDAATYAKID AWTKSDITLC ILALPMLRNV VMIRLYASTP TAFTLSEGVP NFVQRFPNWS AF TTEGKVL NNGDSPGYIQ SFVYLPNVDK HLSAARGFRL LSRGLTGIYT APSLETQGFV TACQYLAEGA LQTQTVGNDF VQS VEVNAD KTVKNVNGKR LHYSGPPKFV FPLEGDNCAP SSLVETYHQA YQARAVDGFY MPILSSSRDN PFISPKPQPI AVFN RWYYR GCLDPVPASK VADGPSQYYY DLNVADDVAP LYNTGVVWME GISSKFSLKL KTRTVIQYIP TSGSVLANFT RHEPT YDQV ALDAADRIRN MMPHAYPAAY NDWGWLGDLL DSTLSMLPGI GTAYRFAKPL IKPAWNWLGG KVSDFFGNPV SRDGDI YFD AK

UniProtKB: Capsid protein alpha

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 606.414 Da
配列文字列:
UG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.72 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 40418
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initial in cisTEM
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40418
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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