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- EMDB-33348: Cryo-EM map of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33348
タイトルCryo-EM map of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
マップデータCryo-EM map of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
試料
  • 複合体: Cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
    • タンパク質・ペプチド: Putative cystathionine beta-synthase Rv1077
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / peptidoglycan-based cell wall / pyridoxal phosphate binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / : / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cystathionine beta-synthase Rv1077
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bandyopadhyay P / Pramanick I / Biswas R / Sabarinath PS / Sreedharan S / Singh S / Rajmani R / Laxman S / Dutta S / Singh A
資金援助 インド, 13件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/16/2/502700 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR13522/COE/34/27/2015 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29098/Med/29/1324/2018 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/HRD/NBA/39/07/2018-19 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR39308/DRUG/134/86/2021 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)22-0905-0006-05-987-436 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SB/S2/RJN-145/2015 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SERB-EMR/2016/000608 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR25580/BRB/10/1619/2017 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/E/19/1/504978 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22844/2017 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/FST/LSII-039/2015 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: -Adenosylmethionine-responsive cystathionine β-synthase modulates sulfur metabolism and redox balance in .
著者: Parijat Bandyopadhyay / Ishika Pramanick / Rupam Biswas / Sabarinath Ps / Sreesa Sreedharan / Shalini Singh / Raju S Rajmani / Sunil Laxman / Somnath Dutta / Amit Singh /
要旨: Methionine and cysteine metabolisms are important for the survival and pathogenesis of (). The transsulfuration pathway converts methionine to cysteine and represents an important link between ...Methionine and cysteine metabolisms are important for the survival and pathogenesis of (). The transsulfuration pathway converts methionine to cysteine and represents an important link between antioxidant and methylation metabolism in diverse organisms. Using a combination of biochemistry and cryo-electron microscopy, we characterized the first enzyme of the transsulfuration pathway, cystathionine β-synthase (Cbs) in . We demonstrated that Cbs is a heme-less, pyridoxal-5'-phosphate-containing enzyme, allosterically activated by -adenosylmethionine (SAM). The atomic model of Cbs in its native and SAM-bound conformations revealed a unique mode of SAM-dependent allosteric activation. Further, SAM stabilized Cbs by sterically occluding proteasomal degradation, which was crucial for supporting methionine and redox metabolism in . Genetic deficiency of Cbs reduced survival upon homocysteine overload in vitro, inside macrophages, and in mice coinfected with HIV. Thus, the Cbs-SAM axis constitutes an important mechanism of coordinating sulfur metabolism in .
履歴
登録2022年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33348.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0348
最小 - 最大-0.2185174 - 0.30923396
平均 (標準偏差)-1.7835843e-06 (±0.010710174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium...

ファイルemd_33348_half_map_1.map
注釈Half map 1 of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium...

ファイルemd_33348_half_map_2.map
注釈Half map 2 of cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the ...

全体名称: Cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
要素
  • 複合体: Cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
    • タンパク質・ペプチド: Putative cystathionine beta-synthase Rv1077
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

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超分子 #1: Cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the ...

超分子名称: Cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis in the presence of S-adenosylmethionine.
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)

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分子 #1: Putative cystathionine beta-synthase Rv1077

分子名称: Putative cystathionine beta-synthase Rv1077 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cystathionine beta-synthase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 50.284848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MARIAQHISE LIGGTPLVRL NSVVPDGAGT VAAKVEYLNP GGSSKDRIAV KMIEAAEASG QLKPGGTIVE PTSGNTGVGL ALVAQRRGY KCVFVCPDKV SEDKRNVLIA YGAEVVVCPT AVPPHDPASY YSVSDRLVRD IDGAWKPDQY ANPEGPASHY V TTGPEIWA ...文字列:
MARIAQHISE LIGGTPLVRL NSVVPDGAGT VAAKVEYLNP GGSSKDRIAV KMIEAAEASG QLKPGGTIVE PTSGNTGVGL ALVAQRRGY KCVFVCPDKV SEDKRNVLIA YGAEVVVCPT AVPPHDPASY YSVSDRLVRD IDGAWKPDQY ANPEGPASHY V TTGPEIWA DTEGKVTHFV AGIGTGGTIT GAGRYLKEVS GGRVRIVGAD PEGSVYSGGA GRPYLVEGVG EDFWPAAYDP SV PDEIIAV SDSDSFDMTR RLAREEAMLV GGSCGMAVVA ALKVAEEAGP DALIVVLLPD GGRGYMSKIF NDAWMSSYGF LRS RLDGST EQSTVGDVLR RKSGALPALV HTHPSETVRD AIGILREYGV SQMPVVGAEP PVMAGEVAGS VSERELLSAV FEGR AKLAD AVSAHMSPPL RMIGAGELVS AAGKALRDWD ALMVVEEGKP VGVITRYDLL GFLSEGAGRR KLAAALEHHH HHH

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分子 #2: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

分子名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PLP
分子量理論値: 247.142 Da
Chemical component information

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146444
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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