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万見
- EMDB-33219: Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33219
タイトルCryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
マップデータCryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
試料
  • 複合体: Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Mondal AK / Sengupta N / Singh M / Lata K / Lahiri I / Dutta S / Chattopadhyay K
資金援助 インド, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22844/2017 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/FST/LSII-039/2015 インド
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Glu289 residue in the pore-forming motif of Vibrio cholerae cytolysin is important for efficient β-barrel pore formation.
著者: Anish Kumar Mondal / Nayanika Sengupta / Mahendra Singh / Rupam Biswas / Kusum Lata / Indrajit Lahiri / Somnath Dutta / Kausik Chattopadhyay /
要旨: Vibrio cholerae cytolysin (VCC) is a potent membrane-damaging β-barrel pore-forming toxin. Upon binding to the target membranes, VCC monomers first assemble into oligomeric prepore intermediates and ...Vibrio cholerae cytolysin (VCC) is a potent membrane-damaging β-barrel pore-forming toxin. Upon binding to the target membranes, VCC monomers first assemble into oligomeric prepore intermediates and subsequently transform into transmembrane β-barrel pores. VCC harbors a designated pore-forming motif, which, during oligomeric pore formation, inserts into the membrane and generates a transmembrane β-barrel scaffold. It remains an enigma how the molecular architecture of the pore-forming motif regulates the VCC pore-formation mechanism. Here, we show that a specific pore-forming motif residue, E289, plays crucial regulatory roles in the pore-formation mechanism of VCC. We find that the mutation of E289A drastically compromises pore-forming activity, without affecting the structural integrity and membrane-binding potential of the toxin monomers. Although our single-particle cryo-EM analysis reveals WT-like oligomeric β-barrel pore formation by E289A-VCC in the membrane, we demonstrate that the mutant shows severely delayed kinetics in terms of pore-forming ability that can be rescued with elevated temperature conditions. We find that the pore-formation efficacy of E289A-VCC appears to be more profoundly dependent on temperature than that of the WT toxin. Our results suggest that the E289A mutation traps membrane-bound toxin molecules in the prepore-like intermediate state that is hindered from converting into the functional β-barrel pores by a large energy barrier, thus highlighting the importance of this residue for the pore-formation mechanism of VCC.
履歴
登録2022年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.127
最小 - 最大-0.20367695 - 0.31546557
平均 (標準偏差)0.004275403 (±0.02936216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 213.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1 of partial transmembrane channel E289A mutant...

ファイルemd_33219_half_map_1.map
注釈Half-map 1 of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 of partial transmembrane channel E289A mutant...

ファイルemd_33219_half_map_2.map
注釈Half-map 2 of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mut...

全体名称: Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
要素
  • 複合体: Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin

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超分子 #1: Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mut...

超分子名称: Cryo-EM reconstruction of partial transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18486
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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