EMDB-33209: AhCS-3Mg2+-FSPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-33209

タイトル

AhCS-3Mg2+-FSPP

マップデータ

試料

複合体: AhCS-3Mg2+-FSPP
タンパク質・ペプチド: (-)-cyperene synthase

キーワード

(-)-cyperene synthase / directed evolution / Alphafold2 / PLANT PROTEIN

生物種

Artabotrys hexapetalus (植物)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Yu SS / Zhu P / Liu YB / Ma SG / Ye D / Shao YZ / Li WR / Cui ZJ

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Characterisation and engineering of two highly paralogous sesquiterpene synthases reveal a regioselective reprotonation switch.
著者: Ye D / Shao YZ / Li WR / Cui ZJ / Gong T / Yang JL / Wang HQ / Dai JG / Feng KP / Ma M / Ma SG / Liu YB / Zhu P / Yu SS

履歴

登録	2022年4月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年10月18日	-
マップ公開	2023年10月18日	-
更新	2024年3月27日	-
現状	2024年3月27日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_33209.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_33209.map.gz	49.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-33209-v30.xml emd-33209.xml	9.5 KB 9.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_33209.png	84.3 KB
Filedesc metadata	emd-33209.cif.gz	4.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33209	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_33209_validation.pdf.gz	489.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_33209_full_validation.pdf.gz	488.9 KB	表示
XML形式データ	emd_33209_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_33209_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33209	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xkwM M: このマップから作成された原子モデル

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_33209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.81 Å/pix. x 240 pix. = 194.4 Å	0.81 Å/pix. x 240 pix. = 194.4 Å	0.81 Å/pix. x 240 pix. = 194.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.81 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.647
最小 - 最大	-3.2979345 - 4.372386
平均 (標準偏差)	-0.0002771305 (±0.104261965)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : AhCS-3Mg2+-FSPP

全体	名称: AhCS-3Mg2+-FSPP
要素	複合体: AhCS-3Mg2+-FSPP タンパク質・ペプチド: (-)-cyperene synthase

-
超分子 #1: AhCS-3Mg2+-FSPP

超分子	名称: AhCS-3Mg2+-FSPP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Artabotrys hexapetalus (植物)

-
分子 #1: (-)-cyperene synthase

分子	名称: (-)-cyperene synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Artabotrys hexapetalus (植物)
組換発現	生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列	文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMGRSSANFH PNVWGDRFVM MPSKEMETDA STKQRAEMLK QEVKKMLHDV SGSLQELNLI NEIQRLGVAY HFEAEISNAL ERIYNREKNE NGINDCDLHA VALRFRLLRQ HGYNVSSDVF KKFKDENGEF EARFRNDVRG LLSLYEAAYF ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMGRSSANFH PNVWGDRFVM MPSKEMETDA STKQRAEMLK QEVKKMLHDV SGSLQELNLI NEIQRLGVAY HFEAEISNAL ERIYNREKNE NGINDCDLHA VALRFRLLRQ HGYNVSSDVF KKFKDENGEF EARFRNDVRG LLSLYEAAYF GTQEDGHLDE AIAFTTKHLK SLLPHLSSPL SDLVKLALDL PLLKRIERLQ SKHFISIYQQ DEDRNNVLLE FAKIDFNILQ ALHRKELNEI TRWWNESDLP RKLPFIRDRL VECYIWMLEL YYEPQYSQSR RMTTILLILT SSMDDIYDVY GKLEELERYT VAVERWEREA LDQLPDYMRV HLGVLLTVVE NFEDELGKEG KSFHLAYVKK AFAELTKAYI KEARWANAEH VPALEEYVDN AVVSSAYPLI TTMSLLGMGK VATKEAFEWT ISLPNAVRQC SMICRLVNDI MSNQSEQERV HVASAVQCCM KEFSTTYEEA CKILQEKIAR AWKDLNKECL HPIPVSLELI RRPLNLARAI EFYYQCRDGY SDSAFEIKDY ITMLLVEPAV V

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

濃度	3 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 283635
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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