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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33204 | |||||||||
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タイトル | S-ECD (Omicron) in complex with PD of ACE2 focused on RBD_PD sub-complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Li YN / Shen YP / Zhang YY / Yan RH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: iScience / 年: 2022 タイトル: Structural and functional analysis of an inter-Spike bivalent neutralizing antibody against SARS-CoV-2 variants. 著者: Yaning Li / Qing Fan / Bing Zhou / Yaping Shen / Yuanyuan Zhang / Lin Cheng / Furong Qi / Shuo Song / Yingying Guo / Renhong Yan / Bin Ju / Zheng Zhang / 要旨: The different variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have attracted most public concern because they caused "wave and wave" COVID-19 pandemic. The initial step of ...The different variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have attracted most public concern because they caused "wave and wave" COVID-19 pandemic. The initial step of viral infection is mediated by the SARS-CoV-2 Spike (S) protein, which mediates the receptor recognition and membrane fusion between virus and host cells. Neutralizing antibodies (nAbs) targeting the S protein of SARS-CoV-2 have become promising candidates for clinical intervention strategy, while multiple studies have shown that different variants have enhanced infectivity and antibody resistance. Here, we explore the structure and function of STS165, a broadly inter-Spike bivalent nAb against SARS-CoV-2 variants and even SARS-CoV, contributing to further understanding of the working mechanism of nAbs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33204.map.gz | 86 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33204-v30.xml emd-33204.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33204.png | 19.9 KB | ||
その他 | emd_33204_half_map_1.map.gz emd_33204_half_map_2.map.gz | 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33204 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33204 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33204_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33204_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : S-ECD (Omicron) in complex with PD of ACE2
全体 | 名称: S-ECD (Omicron) in complex with PD of ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: S-ECD (Omicron) in complex with PD of ACE2
超分子 | 名称: S-ECD (Omicron) in complex with PD of ACE2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-超分子 #2: S-ECD (Omicron)
超分子 | 名称: S-ECD (Omicron) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: ACE2
超分子 | 名称: ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 65532 |