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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33182 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of type IV-A Csf-crRNA binary complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Nuclease / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JT / Cui N / Huang HD / Jia N | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: Type IV-A CRISPR-Csf complex: Assembly, dsDNA targeting, and CasDinG recruitment 著者: Cui N / Zhang JT / Liu Y / Liu Y / Liu XY / Wang C / Huang H / Jia N | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33182.map.gz | 10.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33182-v30.xml emd-33182.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33182.png | 66.8 KB | ||
マスクデータ | emd_33182_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33182.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_33182_half_map_1.map.gz emd_33182_half_map_2.map.gz | 141.3 MB 141.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33182 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33182_validation.pdf.gz | 883.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33182_full_validation.pdf.gz | 883.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33182_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33182_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33182_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33182_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33182_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type IV-A Csf-crRNA binary complex
全体 | 名称: Type IV-A Csf-crRNA binary complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Type IV-A Csf-crRNA binary complex
超分子 | 名称: Type IV-A Csf-crRNA binary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-超分子 #2: Type IV-A Csf
超分子 | 名称: Type IV-A Csf / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-超分子 #3: crRNA
超分子 | 名称: crRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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-分子 #1: Csf1
分子 | 名称: Csf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 28.675768 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HHHHHHHHHH MRYPSDIVDQ VLKAGPDKGL LTWEGVDAAC SHCSRPIQNG DLYSPSSVGA FFSDTRDLAS TSRSICWRCV VLRKKPMLY GLSAAVVTQD GIYSISKDVN KAWLFTTPPP APFLVVHSSS TMQHLSWRTP VTLDNRRIHV RYGPNLFIVR P EVVRKALS ...文字列: HHHHHHHHHH MRYPSDIVDQ VLKAGPDKGL LTWEGVDAAC SHCSRPIQNG DLYSPSSVGA FFSDTRDLAS TSRSICWRCV VLRKKPMLY GLSAAVVTQD GIYSISKDVN KAWLFTTPPP APFLVVHSSS TMQHLSWRTP VTLDNRRIHV RYGPNLFIVR P EVVRKALS IADRVNEGQK KWVTPVYFDR KAAAMGHGLI TRAGAEMLTQ EEQEFFQSVT PGERWALSYL MHSKRPEPEV GE CITEKVM TSLNKE |
-分子 #2: Csf3
分子 | 名称: Csf3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 24.421953 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVNLKVTIDL SNPMMEPGDL LHLDALLGAL RVSRARAEHG DAINPRDYHY DLPLERYQAP SGDWVFKASA FKLKRQLPNQ MWMQTGRLS IVEAARHRQS GYLQLRAGKP NPAGGPFKTS IYHRPIVQAE LTAFCVGDQQ GIEALLSECR QIGGKRGVGF G QVAGFKVE ...文字列: MVNLKVTIDL SNPMMEPGDL LHLDALLGAL RVSRARAEHG DAINPRDYHY DLPLERYQAP SGDWVFKASA FKLKRQLPNQ MWMQTGRLS IVEAARHRQS GYLQLRAGKP NPAGGPFKTS IYHRPIVQAE LTAFCVGDQQ GIEALLSECR QIGGKRGVGF G QVAGFKVE PVAETDCPWS WRALPADADP RLVTSEHARC IAAIRGPYWD RTLHVEALAP TP |
-分子 #3: Csf2
分子 | 名称: Csf2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 37.322234 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQIEVTVRNI TPIFSAAPGS NYITIDGTIN PPPGVSRFPL VRTRMMYVAA DVGDGVIKSV PLQIVPGNTM RSLLRRTMLK HVIEPALVE KGNKLSIGAY ATAYSGNATG NPDGVPSSFD EIATMRAHPF IGLFGGGPRM LEGRLMVDSL YPIHTNAERI L GAGYENEM ...文字列: MQIEVTVRNI TPIFSAAPGS NYITIDGTIN PPPGVSRFPL VRTRMMYVAA DVGDGVIKSV PLQIVPGNTM RSLLRRTMLK HVIEPALVE KGNKLSIGAY ATAYSGNATG NPDGVPSSFD EIATMRAHPF IGLFGGGPRM LEGRLMVDSL YPIHTNAERI L GAGYENEM MSGPITQVVW ARRMDPILNL GSSEDVEVIN GGAVAANGWI QDLLANSKAA ASKKKKAAAD EDESDGAAEE NG RGLKAFN AHEVVIPGLK WVWRISLDRP TDAQVGLVLL ALNKMTNERI AGGHSKDYGR FVIDGVSLNG EQVWSQSGIT GGE QYFDAV AEAIDGLSSK EFEQFAQSAK EA |
-分子 #4: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 19.837855 KDa |
配列 | 文字列: GUGAACGGUG GAGCAACACC UGAAGGAAGG CUUGAUGAGC GUGUUCCCCG CAUACGCGGG G |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25016 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |