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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33165 | |||||||||
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タイトル | arch-like and diamond-like structures | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / C14 / capsid / disc / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | White spot syndrome virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Shan H / Liu MD / Shen QT | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: arch-like and diamond-like structures 著者: Shan H / Liu MD / Shen QT | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33165.map.gz | 834.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33165-v30.xml emd-33165.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33165.png | 114 KB | ||
その他 | emd_33165_half_map_1.map.gz emd_33165_half_map_2.map.gz | 1.5 GB 1.5 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33165 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33165 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33165_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33165_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33165_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33165_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33165 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33165 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33165_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33165_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : wssv
全体 | 名称: wssv |
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要素 |
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-超分子 #1: wssv
超分子 | 名称: wssv / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: White spot syndrome virus (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 247996 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |