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万見
- EMDB-33151: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33151
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
マップデータCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
    • 複合体: SARS-CoV-2 Delta Spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: BA7208 and BA7125 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Liu Z / Liu S / Yuanzhu G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Biparatopic antibody BA7208/7125 effectively neutralizes SARS-CoV-2 variants including Omicron BA.1-BA.5.
著者: Yanqun Wang / An Yan / Deyong Song / Chuangchuang Dong / Muding Rao / Yuanzhu Gao / Ruxi Qi / Xiaomin Ma / Qiaoping Wang / Hongguang Xu / Hong Liu / Jing Han / Maoqin Duan / Shuo Liu / ...著者: Yanqun Wang / An Yan / Deyong Song / Chuangchuang Dong / Muding Rao / Yuanzhu Gao / Ruxi Qi / Xiaomin Ma / Qiaoping Wang / Hongguang Xu / Hong Liu / Jing Han / Maoqin Duan / Shuo Liu / Xiaoping Yu / Mengqi Zong / Jianxia Feng / Jie Jiao / Huimin Zhang / Min Li / Beibei Yu / Yanxia Wang / Fanhao Meng / Xiaodan Ni / Ying Li / Zhenduo Shen / Baiping Sun / Xin Shao / Haifeng Zhao / Yanyan Zhao / Rui Li / Yanan Zhang / Guangying Du / Jun Lu / Chunna You / Hua Jiang / Lu Zhang / Lan Wang / Changlin Dou / Zheng Liu / Jincun Zhao /
要旨: SARS-CoV-2 Omicron subvariants have demonstrated extensive evasion from monoclonal antibodies (mAbs) developed for clinical use, which raises an urgent need to develop new broad-spectrum mAbs. Here, ...SARS-CoV-2 Omicron subvariants have demonstrated extensive evasion from monoclonal antibodies (mAbs) developed for clinical use, which raises an urgent need to develop new broad-spectrum mAbs. Here, we report the isolation and analysis of two anti-RBD neutralizing antibodies BA7208 and BA7125 from mice engineered to produce human antibodies. While BA7125 showed broadly neutralizing activity against all variants except the Omicron sublineages, BA7208 was potently neutralizing against all tested SARS-CoV-2 variants (including Omicron BA.1-BA.5) except Mu. By combining BA7208 and BA7125 through the knobs-into-holes technology, we generated a biparatopic antibody BA7208/7125 that was able to neutralize all tested circulating SARS-CoV-2 variants. Cryo-electron microscopy structure of these broad-spectrum antibodies in complex with trimeric Delta and Omicron spike indicated that the contact residues are highly conserved and had minimal interactions with mutational residues in RBD of current variants. In addition, we showed that administration of BA7208/7125 via the intraperitoneal, intranasal, or aerosol inhalation route showed potent therapeutic efficacy against Omicron BA.1 and BA.2 in hACE2-transgenic and wild-type mice and, separately, effective prophylaxis. BA7208/7125 thus has the potential to be an effective candidate as an intervention against COVID-19.
履歴
登録2022年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33151.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.2278217 - 2.1576405
平均 (標準偏差)0.0016182133 (±0.053104986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in...

ファイルemd_33151_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in...

ファイルemd_33151_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex wi...

全体名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
    • 複合体: SARS-CoV-2 Delta Spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: BA7208 and BA7125 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
      • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex wi...

超分子名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta Spike protein in complex with BA7208 and BA7125 fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: SARS-CoV-2 Delta Spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 Delta Spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: BA7208 and BA7125 fab

超分子名称: BA7208 and BA7125 fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 123.251586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SGVYSSANNC TFEYVSQPFL MDLEGKQGNF K NLREFVFK ...文字列:
PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SGVYSSANNC TFEYVSQPFL MDLEGKQGNF K NLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPINLVRD LPQGFSALEP LVDLPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YV GYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIVRFPNITN LCPFGEVFNA TRF ASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYNY KLPD DFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSKPCNG VEGFNCYFPL QSYGFQPTNG VGYQP YRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGRDIAD TTDAVRDPQT LEILDI TPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQGVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIG AG ICASYQTQTN SPGSASSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDST E CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILPD PSKPSKRSFI EDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGWT FGAGPALQIP FPMQMAYRFN GIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTPSALG KLQNVVNQNA QALNTLVKQL SSNFGAISSV LNDILSRLDP P EAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TY VPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITTDNTFVSG NCDVVIGIVN NTVYDPLQP

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: BA7125 fab

分子名称: BA7125 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.882381 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SSYLAWFQQK PGQAPRLLIY GASSRAPGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGDSPLTF GGGTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVMTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SSYLAWFQQK PGQAPRLLIY GASSRAPGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGDSPLTF GGGTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFN

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分子 #3: BA7125 fab

分子名称: BA7125 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.978664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGESFS GYYWSWIRQS PGKGLEWIGQ INHSGNTNYN PSLKSRVTMS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCAREL GHDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP ...文字列:
EVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGESFS GYYWSWIRQS PGKGLEWIGQ INHSGNTNYN PSLKSRVTMS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCAREL GHDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPK

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分子 #4: BA7208 fab

分子名称: BA7208 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.515722 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTITSLQP DDFATYYCQ QYDSFSWTFG QGTKLE

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分子 #5: BA7208 fab

分子名称: BA7208 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.397985 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYSFT SYYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IVYPDDSDTR YSPSFQGQVT ISADKSISTA YLQWSSLKA SDTAMYYCVR HPGGGDWYFD LWGRGTLVTV S

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.39 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 223225
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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