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万見
- EMDB-33108: Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CX3CR1 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33108
タイトルCryo-EM structure of the human chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 and Gi1
マップデータ
試料
  • 複合体: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Processed fractalkine,CX3C chemokine receptor 1
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードG protein-coupled receptor / chemokine receptor / CX3CR1 / CX3CL1 / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X3-C chemokine receptor activity / dendritic tree / multiple spine synapse organization, single dendrite / negative regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / macropinosome membrane / C-X3-C chemokine binding / regulation of microglial cell migration / CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production ...C-X3-C chemokine receptor activity / dendritic tree / multiple spine synapse organization, single dendrite / negative regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / macropinosome membrane / C-X3-C chemokine binding / regulation of microglial cell migration / CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / microglial cell activation involved in immune response / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration / central nervous system maturation / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of microglial cell activation / synapse maturation / negative regulation of neuron migration / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / antifungal innate immune response / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / chemokine receptor activity / CCR chemokine receptor binding / microglial cell proliferation / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / C-C chemokine receptor activity / integrin activation / regulation of tumor necrosis factor production / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / leukocyte chemotaxis / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of nitric oxide biosynthetic process / angiogenesis involved in wound healing / chemokine activity / positive regulation of neurogenesis / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuronal cell body membrane / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / RSV-host interactions / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / social behavior / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular defense response / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / adenylate cyclase regulator activity / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to ischemia / cell chemotaxis / cell projection / Regulation of insulin secretion / microglial cell activation / calcium-mediated signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / defense response / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / modulation of chemical synaptic transmission / neuron cellular homeostasis / brain development
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine receptor 1 / CX3C chemokine domain / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit ...CX3C chemokine receptor 1 / CX3C chemokine domain / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CX3C chemokine receptor 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Fractalkine
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lu M / Zhao W / Han S / Zhu Y / Wu B / Zhao Q
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31825010 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800618 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Activation of the human chemokine receptor CX3CR1 regulated by cholesterol.
著者: Minmin Lu / Wenli Zhao / Shuo Han / Xiaowen Lin / Tingyu Xu / Qiuxiang Tan / Mu Wang / Cuiying Yi / Xiaojing Chu / Weibo Yang / Ya Zhu / Beili Wu / Qiang Zhao /
要旨: As the only member of the CX3C chemokine receptor subfamily, CX3CR1 binds to its sole endogenous ligand CX3CL1, which shows notable potential as a therapeutic target in atherosclerosis, cancer, and ...As the only member of the CX3C chemokine receptor subfamily, CX3CR1 binds to its sole endogenous ligand CX3CL1, which shows notable potential as a therapeutic target in atherosclerosis, cancer, and neuropathy. However, the drug development of CX3CR1 is hampered partially by the lack of structural information. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of CX3CR1-G complexes in ligand-free and CX3CL1-bound states at 2.8- and 3.4-Å resolution, respectively. Together with functional data, the structures reveal the key factors that govern the recognition of CX3CL1 by both CX3CR1 and US28. A much smaller conformational change of helix VI upon activation than previously solved class A GPCR-G complex structures is observed in CX3CR1, which may correlate with three cholesterol molecules that play essential roles in conformation stabilization and signaling transduction. Thus, our data deepen the understanding of cholesterol modulation in GPCR (G protein-coupled receptor) signaling and provide insights into the diversity of G protein coupling.
履歴
登録2022年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33108.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.52 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.52 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.104100116 - 0.1415014
平均 (標準偏差)0.00000088872713 (±0.0027858668)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 267.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33108_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33108_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1

全体名称: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1
要素
  • 複合体: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Processed fractalkine,CX3C chemokine receptor 1
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1

超分子名称: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.447141 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKCTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKCTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVTAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.245805 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHMSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG ...文字列:
HHHHHHMSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TGHESDINAI CF FPNGNAF ATGSDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADRAGVLAGH DNR VSCLGV TDDGMAVATG SWDSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Processed fractalkine,CX3C chemokine receptor 1

分子名称: Processed fractalkine,CX3C chemokine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.55825 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: (PCA)HHGVTKCNI TCSKMTSKIP VALLIHYQQN QASCCKRAII LETRQHRLFC ADPKEQWVKD AMQHLDRQAA ALTRNG SGS GSGSGSGSGS GSGSGSGSGS GSGSDQFPES VTENFEYDDL AEACYIGDIV VFGTVFLSIF YSVIFAIGLV GNLLVVF AL ...文字列:
(PCA)HHGVTKCNI TCSKMTSKIP VALLIHYQQN QASCCKRAII LETRQHRLFC ADPKEQWVKD AMQHLDRQAA ALTRNG SGS GSGSGSGSGS GSGSGSGSGS GSGSDQFPES VTENFEYDDL AEACYIGDIV VFGTVFLSIF YSVIFAIGLV GNLLVVF AL TNSKKPKSVT DIYLLNLALS DLLFVATLPF WTHYLINEKG LHNAMCKFTT AFFFIGFFGS IFFLTVISID RYLAIVLA A NSMNNRTVQH GVTISLGVWA AAILVAAPQF MFTKQKENEC CGDYPEVLQE IWPVLRNVET NFLGFLLPLL IMSYCYFRI IQTLFSSKNH KKAKAIKLIL LVVIVFFLFW TPYNVVIFLE TLKLYDFFPS CDMRKDLRLA LSVTETVAFS HCCLNPLIYA FAGEKFRRY LYHLYGKCLA VLEFLEVLFQ GPWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK DYKDDDDK

UniProtKB: Fractalkine, CX3C chemokine receptor 1

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.1875 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 490779
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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