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万見
- EMDB-33045: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33045
タイトルSARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with neutralizing antibody UT28K
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with UT28K
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
    • 複合体: UT28K Fab
      • タンパク質・ペプチド: UT28K Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: UT28K Fab light chain
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ozawa T / Tani H / Anraku Y / Kita S / Igarashi E / Saga Y / Inasaki N / Kawasuji H / Yamada H / Sasaki S ...Ozawa T / Tani H / Anraku Y / Kita S / Igarashi E / Saga Y / Inasaki N / Kawasuji H / Yamada H / Sasaki S / Someoka M / Sasaki J / Hayakawa Y / Yamamoto Y / Morinaga Y / Kurosawa N / Isobe M / Fukuhara H / Maenaka K / Hashiguchi T / Kishi H / Kitajima I / Saito S / Niimi H
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101077 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101093 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20H05773 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20H8 日本
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2022
タイトル: Novel super-neutralizing antibody UT28K is capable of protecting against infection from a wide variety of SARS-CoV-2 variants.
著者: Tatsuhiko Ozawa / Hideki Tani / Yuki Anraku / Shunsuke Kita / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Hitoshi Kawasuji / Hiroshi Yamada / So-Ichiro Sasaki / Mayu Somekawa / Jiei ...著者: Tatsuhiko Ozawa / Hideki Tani / Yuki Anraku / Shunsuke Kita / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Hitoshi Kawasuji / Hiroshi Yamada / So-Ichiro Sasaki / Mayu Somekawa / Jiei Sasaki / Yoshihiro Hayakawa / Yoshihiro Yamamoto / Yoshitomo Morinaga / Nobuyuki Kurosawa / Masaharu Isobe / Hideo Fukuhara / Katsumi Maenaka / Takao Hashiguchi / Hiroyuki Kishi / Isao Kitajima / Shigeru Saito / Hideki Niimi /
要旨: Many potent neutralizing SARS-CoV-2 antibodies have been developed and used for therapies. However, the effectiveness of many antibodies has been reduced against recently emerging SARS-CoV-2 ...Many potent neutralizing SARS-CoV-2 antibodies have been developed and used for therapies. However, the effectiveness of many antibodies has been reduced against recently emerging SARS-CoV-2 variants, especially the Omicron variant. We identified a highly potent SARS-CoV-2 neutralizing antibody, UT28K, in COVID-19 convalescent individuals who recovered from a severe condition. UT28K showed efficacy in neutralizing SARS-CoV-2 in an assay and prophylactic treatment, and the reactivity to the Omicron strain was reduced. The structural analyses revealed that antibody UT28K Fab and SARS-CoV-2 RBD protein interactions were mainly chain-dominated antigen-antibody interactions. In addition, a mutation analysis suggested that the emergence of a UT28K neutralization-resistant SARS-CoV-2 variant was unlikely, as this variant would likely lose its competitive advantage over circulating SARS-CoV-2. Our data suggest that UT28K offers potent protection against SARS-CoV-2, including newly emerging variants.
履歴
登録2022年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33045.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00677
最小 - 最大-0.014139489 - 0.046714377
平均 (標準偏差)1.1384879e-05 (±0.0015658148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 326.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33045_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33045_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33045_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with UT28K

全体名称: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with UT28K
要素
  • 複合体: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with UT28K
    • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
    • 複合体: UT28K Fab
      • タンパク質・ペプチド: UT28K Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: UT28K Fab light chain

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超分子 #1: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with UT28K

超分子名称: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with UT28K / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 spike glycoprotein

超分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)

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超分子 #3: UT28K Fab

超分子名称: UT28K Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein

分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)
配列文字列: SSQCVNLTTR TQLPPAYTNS FTRGVYYPDK VFRSSVLHST QDLFLPFFSN VTWFHAIHVS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG ...文字列:
SSQCVNLTTR TQLPPAYTNS FTRGVYYPDK VFRSSVLHST QDLFLPFFSN VTWFHAIHVS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LVRDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LALHRSYLTP GDSSSGWTAG AAAYYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTESIVRFPN ITNLCPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP LQSYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGRDIAD TTDAVRDPQT LEILDITPCS FGGVSVITPG TNTSNQVAVL YQDVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYSTGSN VFQTRAGCLI GAEHVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTQTQTN SPGSAGSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGSF CTQLNRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSPIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAQYTSALLA GTITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL NTLVKQLSSN FGAISSVLND ILSRLDPPEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR ASANLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFVSGNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQELGKYEQY I

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分子 #2: UT28K Fab heavy chain

分子名称: UT28K Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDWIWRILFL VGAATGAHSQ MQLVQSGPEV KKPGTSVKVS CKASGFTFSI SAVQWVRQAR GQRLEWIGWI VVGSGNTNYA QKFQERVTIT RDMSTSTAYM ELSSLRFEDT AVYYCAAPYC GGDCSDGFDI WGQGTMVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV ...文字列:
MDWIWRILFL VGAATGAHSQ MQLVQSGPEV KKPGTSVKVS CKASGFTFSI SAVQWVRQAR GQRLEWIGWI VVGSGNTNYA QKFQERVTIT RDMSTSTAYM ELSSLRFEDT AVYYCAAPYC GGDCSDGFDI WGQGTMVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSGSSGHHH HHHHHHH

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分子 #3: UT28K Fab light chain

分子名称: UT28K Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METPAQLLFL LLLWLPDTTG EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYCQ QYGNSPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK ...文字列:
METPAQLLFL LLLWLPDTTG EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYCQ QYGNSPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 2217 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 53.14 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 711242
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: the map of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein close state reconstructed using EMPIAR-10514 dataset
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 56247
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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