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万見
- EMDB-33026: lymphocytic choriomeningitis virus RNA-dependent RNA polymerase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33026
タイトルlymphocytic choriomeningitis virus RNA-dependent RNA polymerase (LCMV-L protein)
マップデータEM map of LCMV L protein
試料
  • 複合体: Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードL protein / monomer / RdRp / NSFERASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis virus (strain Armstrong) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Liu L / Lou Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U20A20135 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Structure basis for allosteric regulation of lymphocytic choriomeningitis virus polymerase function by Z matrix protein.
著者: Lu Liu / Panpan Wang / Aijun Liu / Leike Zhang / Liming Yan / Yu Guo / Gengfu Xiao / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
履歴
登録2022年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of LCMV L protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å		1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å		1.08 Å/pix.
x 200 pix.
= 216. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.254
最小 - 最大-1.483216 - 2.4244406
平均 (標準偏差)0.005134967 (±0.07540281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 216.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33026_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33026_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein

全体名称: Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein
要素
  • 複合体: Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein

超分子名称: Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Lymphocytic choriomeningitis virus (strain Armstrong) (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lymphocytic choriomeningitis virus (strain Armstrong) (ウイルス)
株: Armstrong
分子量理論値: 254.894641 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MDEIISELRE LCLNYIEQDE RLSRQKLNFL GQREPRMVLI EGLKLLSRCI EIDSADKSGC THNHDDKSVE TILVESGIVC PGLPLIIPD GYKLIDNSLI LLECFVRSTP ASFEKKFIED TNKLACIRED LAVAGVTLVP IVDGRCDYDN SFMPEWANFK F RDLLFKLL ...文字列:
MDEIISELRE LCLNYIEQDE RLSRQKLNFL GQREPRMVLI EGLKLLSRCI EIDSADKSGC THNHDDKSVE TILVESGIVC PGLPLIIPD GYKLIDNSLI LLECFVRSTP ASFEKKFIED TNKLACIRED LAVAGVTLVP IVDGRCDYDN SFMPEWANFK F RDLLFKLL EYSNQNEKVF EESEYFRLCE SLKTTIDKRS GMDSMKILKD ARSTHNDEIM RMCHEGINPN MSCDDVVFGI NS LFSRFRR DLESGKLKRN FQKVNPEGLI KEFSELYENL ADSDDILTLS REAVESCPLM RFITAETHGH ERGSETSTEY ERL LSMLNK VKSLKLLNTR RRQLLNLDVL CLSSLIKQSK FKGLKNDKHW VGCCYSSVND RLVSFHSTKE EFIRLLRNRK KSKV FRKVS FEELFRASIS EFIAKIQKCL LVVGLSFEHY GLSEHLEQEC HIPFTEFENF MKIGAHPIMY YTKFEDYNFQ PSTEQ LKNI QSLRRLSSVC LALTNSMKTS SVARLRQNQI GSVRYQVVEC KEVFCQVIKL DSEEYHLLYQ KTGESSRCYS IQGPDG HLI SFYADPKRFF LPIFSDEVLY NMIDIMISWI RSCPDLKDCL TDIEVALRTL LLLMLTNPTK RNQKQVQSVR YLVMAIV SD FSSTSLMDKL REDLITPAEK VVYKLLRFLI KTIFGTGEKV LLSAKFKFML NVSYLCHLIT KETPDRLTDQ IKCFEKFF E PKSQFGFFVN PKEAITPEEE CVFYEQMKRF TSKEIDCQHT TPGVNLEAFS LMVSSFNNGT LIFKGEKKLN SLDPMTNSG CATALDLASN KSVVVNKHLN GERLLEYDFN KLLVSAVSQI TESFVRKQKY KLSHSDYEYK VSKLVSRLVI GSKGEETGRS EDNLAEICF DGEEETSFFK SLEEKVNTTI ARYRRGRRAN DKGDGEKLTN TKGLHHLQLI LTGKMAHLRK VILSEISFHL V EDFDPSCL TNDDMKFICE AVEGSTELSP LYFTSVIKDQ CGLDEMAKNL CRKFFSENDW FSCMKMILLQ MNANAYSGKY RH MQRQGLN FKFDWDKLEE DVRISERESN SESLSKALSL TKCMSAALKN LCFYSEESPT SYTSVGPDSG RLKFALSYKE QVG GNRELY IGDLRTKMFT RLIEDYFESF SSFFSGSCLN NDKEFENAIL SMTINVREGF LNYSMDHSKW GPMMCPFLFL MFLQ NLKLG DDQYVRSGKD HVSTLLTWHM HKLVEVPFPV VNAMMKSYVK SKLKLLRGSE TTVTERIFRQ YFEMGIVPSH ISSLI DMGQ GILHNASDFY GLLSERFINY CIGVIFGERP EAYTSSDDQI TLFDRRLSDL VVSDPEEVLV LLEFQSHLSG LLNKFI SPK SVAGRFAAEF KSRFYVWGEE VPLLTKFVSA ALHNVKCKEP HQLCETIDTI ADQAIANGVP VSLVNSIQRR TLDLLKY AN FPLDPFLLNT NTDVKDWLDG SRGYRIQRLI EELCPNETKV VRKLVRKLHH KLKNGEFNEE FFLDLFNRDK KEAILQLG D LLGLEEDLNQ LADVNWLNLN EMFPLRMVLR QKVVYPSVMT FQEERIPSLI KTLQNKLCSK FTRGAQKLLS EAINKSAFQ SCISSGFIGL CKTLGSRCVR NKNRENLYIK KLLEDLTTDD HVTRVCNRDG ITLYICDKQS HPEAHRDHIC LLRPLLWDYI CISLSNSFE LGVWVLAEPT KGKNNSENLT LKHLNPCDYV ARKPESSRLL EDKVNLNQVI QSVRRLYPKI FEDQLLPFMS D MSSKNMRW SPRIKFLDLC VLIDINSESL SLISHVVKWK RDEHYTVLFS DLANSHQRSD SSLVDEFVVS TRDVCKNFLK QV YFESFVR EFVATTRTLG NFSWFPHKEM MPSEDGAEAL GPFQSFVSKV VNKNVERPMF RNDLQFGFGW FSYRMGDVVC NAA MLIRQG LTNPKAFKSL KDLWDYMLNY TKGVLEFSIS VDFTHNQNNT DCLRKFSLIF LVRCQLQNPG VAELLSCSHL FKGE IDRRM LDECLHLLRT DSVFKVNDGV FDIRSEEFED YMEDPLILGD SLELELLGSK RILDGIRSID FERVGPEWEP VPLTV KMGA LFEGRNLVQN IIVKLETKDM KVFLAGLEGY EKISDVLGNL FLHRFRTGEH LLGSEISVIL QELCIDRSIL LIPLSL LPD WFAFKDCRLC FSKSRSTLMY ETVGGRFRLK GRSCDDWLGG SVAEDID

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6klc

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112276
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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