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万見
- EMDB-33016: Ion channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33016
タイトルIon channel
マップデータ
試料
  • 複合体: ion channel complex
    • タンパク質・ペプチド: ion channel,GFP-TwinStrep
  • タンパク質・ペプチド: ion channel
キーワードion channel / TRANSPORT PROTEIN
生物種Emiliania huxleyi (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Jiang D / Zhang J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971134 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: N-type fast inactivation of a eukaryotic voltage-gated sodium channel.
著者: Jiangtao Zhang / Yiqiang Shi / Junping Fan / Huiwen Chen / Zhanyi Xia / Bo Huang / Juquan Jiang / Jianke Gong / Zhuo Huang / Daohua Jiang /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels initiate action potentials. Fast inactivation of Na channels, mediated by an Ile-Phe-Met motif, is crucial for preventing hyperexcitability and regulating firing ...Voltage-gated sodium (Na) channels initiate action potentials. Fast inactivation of Na channels, mediated by an Ile-Phe-Met motif, is crucial for preventing hyperexcitability and regulating firing frequency. Here we present cryo-electron microscopy structure of NaEh from the coccolithophore Emiliania huxleyi, which reveals an unexpected molecular gating mechanism for Na channel fast inactivation independent of the Ile-Phe-Met motif. An N-terminal helix of NaEh plugs into the open activation gate and blocks it. The binding pose of the helix is stabilized by multiple electrostatic interactions. Deletion of the helix or mutations blocking the electrostatic interactions completely abolished the fast inactivation. These strong interactions enable rapid inactivation, but also delay recovery from fast inactivation, which is ~160-fold slower than human Na channels. Together, our results provide mechanistic insights into fast inactivation of NaEh that fundamentally differs from the conventional local allosteric inhibition, revealing both surprising structural diversity and functional conservation of ion channel inactivation.
履歴
登録2022年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33016.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33016.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.56
最小 - 最大-3.519802 - 5.0435066
平均 (標準偏差)0.0062239976 (±0.108883105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ion channel complex

全体名称: ion channel complex
要素
  • 複合体: ion channel complex
    • タンパク質・ペプチド: ion channel,GFP-TwinStrep
  • タンパク質・ペプチド: ion channel

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超分子 #1: ion channel complex

超分子名称: ion channel complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)

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分子 #1: ion channel,GFP-TwinStrep

分子名称: ion channel,GFP-TwinStrep / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 91.684469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIAAIHNARR KKREAAAAHK AQHRTAENSM DSLEDSTHET DAGERAQAGS TKLAWTDVVA PPPRKVVFWL PHQRKVFDFY ASQGVQYFT AFLIVSNFIF NCAEKEWDPY TDQLYQGLWR WGEFAFNTMF LIELLINFYG IAFCFWRYNW AWNTFDLVVV A IGTLTMAE ...文字列:
MIAAIHNARR KKREAAAAHK AQHRTAENSM DSLEDSTHET DAGERAQAGS TKLAWTDVVA PPPRKVVFWL PHQRKVFDFY ASQGVQYFT AFLIVSNFIF NCAEKEWDPY TDQLYQGLWR WGEFAFNTMF LIELLINFYG IAFCFWRYNW AWNTFDLVVV A IGTLTMAE AIGGNFMPPS MALIRNLRAF RIFRLFKRIK SLNKIIVSLG KAIPGVANAF VIMVIIMCIY AILGVEFYHM TG SDGTYVT YNDNVKRGLC TGDEVELGQC SLNQTVSSET ARGYTYGEEY YGTFFRALYT LFQVLTGESW SEAVARPAVF ESH YDSFGP VLFYVSFIII CQIVLINVVV AVLLDKMVEE DDSEDPEKQT VAEKLSEMLS QEHAQLREIF RTWDEDNSGT ISIK EWRKA VKSMGYRGPI DVLDQIFASM DKDHSGELDY AEIDRMLSPT AARERRSSTH ANPKRSVKEE VVAMRAEFTD HVARL ETQI AALVLELQLQ RKPCGAEAPA PAHSRLAHDS DGAPTEPPPP AAPDHHHLED DEDTTQRVAA ALEVLFQGPS KGEELF TGV VPILVELDGD VNGHKFSVRG EGEGDATNGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLTYGVQCF SRYPDHMKRH DFFKSAM PE GYVQERTISF KDDGTYKTRA EVKFEGDTLV NRIELKGIDF KEDGNILGHK LEYNFNSHNV YITADKQKNG IKANFKIR H NVEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLSTQSVLSK DPNEKRDHMV LLEFVTAAGI THGMDEWSHP QFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEK

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分子 #2: ion channel

分子名称: ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal helix of either of the four protomers / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 1.913298 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MIAAIHNARR KKREAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61065
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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