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- EMDB-32992: Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32992
タイトルCryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome
マップデータISW1a-dinuclesome
試料
  • 複合体: ISW1a-dinucleosome
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードIoc3 binding / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Isw1b complex / Isw1a complex / Isw1 complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding ...Isw1b complex / Isw1a complex / Isw1 complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / nucleosome binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / mRNA 3'-UTR binding / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / response to heat / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / SANT domain profile. / SANT domain ...Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / Histone H2A / Histone 2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H2B 1.1 / ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 / ISWI one complex protein 3 / Histone H4 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Lifei L / Kangjing C / Chen Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the ISW1a complex bound to the dinucleosome.
著者: Lifei Li / Kangjing Chen / Youyang Sia / Pengjing Hu / Youpi Ye / Zhucheng Chen /
要旨: Nucleosomes are basic repeating units of chromatin and form regularly spaced arrays in cells. Chromatin remodelers alter the positions of nucleosomes and are vital in regulating chromatin ...Nucleosomes are basic repeating units of chromatin and form regularly spaced arrays in cells. Chromatin remodelers alter the positions of nucleosomes and are vital in regulating chromatin organization and gene expression. Here we report the cryo-EM structure of chromatin remodeler ISW1a complex from Saccharomyces cerevisiae bound to the dinucleosome. Each subunit of the complex recognizes a different nucleosome. The motor subunit binds to the mobile nucleosome and recognizes the acidic patch through two arginine residues, while the DNA-binding module interacts with the entry DNA at the nucleosome edge. This nucleosome-binding mode provides the structural basis for linker DNA sensing of the motor. Notably, the Ioc3 subunit recognizes the disk face of the adjacent nucleosome through interacting with the H4 tail, the acidic patch and the nucleosomal DNA, which plays a role in the spacing activity in vitro and in nucleosome organization and cell fitness in vivo. Together, these findings support the nucleosome spacing activity of ISW1a and add a new mode of nucleosome remodeling in the context of a chromatin environment.
履歴
登録2022年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32992.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ISW1a-dinuclesome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0048
最小 - 最大-0.010158123 - 0.030327283
平均 (標準偏差)0.0001436729 (±0.0010906338)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 389.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1

ファイルemd_32992_half_map_1.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half2

ファイルemd_32992_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ISW1a-dinucleosome

全体名称: ISW1a-dinucleosome
要素
  • 複合体: ISW1a-dinucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • DNA: DNA (343-MER)
    • DNA: DNA(343-MER)
    • タンパク質・ペプチド: ISWI one complex protein 3
    • タンパク質・ペプチド: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: ISW1a-dinucleosome

超分子名称: ISW1a-dinucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 392 kDa/nm

+
分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.965265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #7: ISWI one complex protein 3

分子名称: ISWI one complex protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 72.422539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVAPKPKPAH EQVEPALIPS NWTSVIPLLT SDFKNQYSVI SRLKNPNMKP VPYAGDIIKL MAFINKFSSF FHSDLQNLSF QDFEVGLDL YPGDPNGSAA GIVKGPEDTS LLLYPDFMAI KDIVYCQDKM NLLFLSLLDL TFTENFDGKS AKKKGPLTTW E NLKSSSKK ...文字列:
MVAPKPKPAH EQVEPALIPS NWTSVIPLLT SDFKNQYSVI SRLKNPNMKP VPYAGDIIKL MAFINKFSSF FHSDLQNLSF QDFEVGLDL YPGDPNGSAA GIVKGPEDTS LLLYPDFMAI KDIVYCQDKM NLLFLSLLDL TFTENFDGKS AKKKGPLTTW E NLKSSSKK VFSNPLYRLR LVAREWGYPR EWRQQLPSDQ DISKPKTALF EQDEQTPVVD PSHPEILTPN IYTWNANEPL PL ESNPLYN REMDKNGILA LKPMDRVVLL RALTDWCASH SSAIHDEIYK LTHGKKDPVF GIQTQQVPRY TIEGVDNTIN QFK KLCSLI QSRYEIRSKK KHFVKQLKEG KKPDLSRKLE ILKEIKAELK NAVKSEKDEL LFSLYDKWVP LFEGELPDQP LANP FSERL YKLRLQEFFL GRVPHIGDFY MPRLHSYGDS LEMSTFTDLR NLQALLSKFK NNEYNAFTLF ENDGQSMSAQ FKLFY HDTP SLAHDVARGR NTSGKVYWYE LCHDSATLLE FLEFLDYKIV KPQDEKKEGN EKEKEALNNE AHILEQKSTT DNNPSI NTN PLPKDAKYNT ARKKLQILKE FLSDYYFILR QFEQMKVQFA DMKPGKRQLR RIQRQTVNYN T

UniProtKB: ISWI one complex protein 3

+
分子 #8: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1

分子名称: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 123.301703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MENLKPFQVG LPPHDPESNK KRYLLKDANG KKFDLEGTTK RFEHLLSLSG LFKHFIESKA AKDPKFRQVL DVLEENKANG KGKGKHQDV RRRKTEHEED AELLKEEDSD DDESIEFQFR ESPAYVNGQL RPYQIQGVNW LVSLHKNKIA GILADEMGLG K TLQTISFL ...文字列:
MENLKPFQVG LPPHDPESNK KRYLLKDANG KKFDLEGTTK RFEHLLSLSG LFKHFIESKA AKDPKFRQVL DVLEENKANG KGKGKHQDV RRRKTEHEED AELLKEEDSD DDESIEFQFR ESPAYVNGQL RPYQIQGVNW LVSLHKNKIA GILADEMGLG K TLQTISFL GYLRYIEKIP GPFLVIAPKS TLNNWLREIN RWTPDVNAFI LQGDKEERAE LIQKKLLGCD FDVVIASYEI II REKSPLK KINWEYIIID EAHRIKNEES MLSQVLREFT SRNRLLITGT PLQNNLHELW ALLNFLLPDI FSDAQDFDDW FSS ESTEED QDKIVKQLHT VLQPFLLRRI KSDVETSLLP KKELNLYVGM SSMQKKWYKK ILEKDLDAVN GSNGSKESKT RLLN IMMQL RKCCNHPYLF DGAEPGPPYT TDEHLVYNAA KLQVLDKLLK KLKEEGSRVL IFSQMSRLLD ILEDYCYFRN YEYCR IDGS TAHEDRIQAI DDYNAPDSKK FVFLLTTRAG GLGINLTSAD VVVLYDSDWN PQADLQAMDR AHRIGQKKQV KVFRLV TDN SVEEKILERA TQKLRLDQLV IQQNRTSLKK KENKADSKDA LLSMIQHGAA DVFKSGTSTG SAGTPEPGSG EKGDDID LD ELLLKSENKT KSLNAKYETL GLDDLQKFNQ DSAYEWNGQD FKKKIQRDII SPLLLNPTKR ERKENYSIDN YYKDVLNT G RSSTPSHPRM PKPHVFHSHQ LQPPQLKVLY EKERMWTAKK TGYVPTMDDV KAAYGDISDE EEKKQKLELL KLSVNNSQP LTEEEEKMKA DWESEGFTNW NKLEFRKFIT VSGKYGRNSI QAIARELAPG KTLEEVRAYA KAFWSNIERI EDYEKYLKII ENEEEKIKR VKMQQEALRR KLSEYKNPFF DLKLKHPPSS NNKRTYSEEE DRFILLMLFK YGLDRDDVYE LVRDEIRDCP L FELDFYFR SRTPVELARR GNTLLQCLEK EFNAGIVLDD ATKDRMKKED ENGKRIREEF ADQTANEKEN VDGVESKKAK IE DTSNVGT EQLVAEKIPE NETTH

UniProtKB: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1

+
分子 #5: DNA (343-MER)

分子名称: DNA (343-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 108.890133 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT) (DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DG)

+
分子 #6: DNA(343-MER)

分子名称: DNA(343-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 109.775656 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMTristris
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion3.0
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 66852
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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