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万見
- EMDB-32974: Capsid structure of Staphylococcus jumbo bacteriophage S6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32974
タイトルCapsid structure of Staphylococcus jumbo bacteriophage S6
マップデータ
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage S6 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major structural protein ORF12
    • タンパク質・ペプチド: Hoc-like protein ORF90
キーワードPhage / Phage head / CryoEM / Virus / Bacteriophage / Cryo-EM
生物種Staphylococcus phage S6 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Koibuchi W / Uchiyama J / Matsuzaki S / Murata K / Iwasaki K / Miyazaki N
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K18521 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06154 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Capsid structure of Staphylococcus jumbo bacteriophage S6
著者: Koibuchi W / Uchiyama J / Matsuzaki S / Murata K / Iwasaki K / Miyazaki N
履歴
登録2022年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 820 pix.
= 1394. Å		1.7 Å/pix.
x 820 pix.
= 1394. Å		1.7 Å/pix.
x 820 pix.
= 1394. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.09511126 - 0.20408665
平均 (標準偏差)0.0013133484 (±0.009095121)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-410-410-410
サイズ820820820
Spacing820820820
セルA=B=C: 1394.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage S6

全体名称: Staphylococcus phage S6 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage S6 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major structural protein ORF12
    • タンパク質・ペプチド: Hoc-like protein ORF90

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超分子 #1: Staphylococcus phage S6

超分子名称: Staphylococcus phage S6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2913378 / 生物種: Staphylococcus phage S6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Head / 直径: 1300.0 Å / T番号(三角分割数): 27

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分子 #1: Major structural protein ORF12

分子名称: Major structural protein ORF12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 27 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage S6 (ファージ)
分子量理論値: 59.259133 KDa
配列文字列: MLNPNRIKDE FSVRLEDIEN SINESYNLST IGGDFAAIAT DDAVFESYKD QLLEGFDAAE GEALAGMLDN TREEILMESS MGPIQPYAS LSMPILVKLW ARLALTEALP TQVANKPNFT VPILTPYVVD ADGNKHALPE SINNTPETLV GLVQIKEDIA V EGGKVTDY ...文字列:
MLNPNRIKDE FSVRLEDIEN SINESYNLST IGGDFAAIAT DDAVFESYKD QLLEGFDAAE GEALAGMLDN TREEILMESS MGPIQPYAS LSMPILVKLW ARLALTEALP TQVANKPNFT VPILTPYVVD ADGNKHALPE SINNTPETLV GLVQIKEDIA V EGGKVTDY DLFTGLKEGK EVRKGIDRLD RKFKIVEAKW SDSFDERTSA AGFVELGSNV VKLQDNDTLV GQIKYPTNGD GE VETDTIL GKVDVSSGEL TLTSASGKLT DVKVKGYVAS EQHTSATNVE LGLTRKDVVI DTAQHIEATV PLEVIQDMKA TYD IDGVAR LSETMSQLSS QKVDLDIIEF LDHEYKETDA KYHFSFDVFP HSDYSAHPKD WLEGLREVID HTTQSMKNDY KLYD VQFVI VGNPLDVRLI PNVSWTFNGG DRNADAYSNG IKINYSLGAA SGTANYRIIG SDLVRQGELT IIAIPQQDNY KTFMF YPYT FNVVNGGGYL NTRNPNVPNM MMTRRYTVES FVPIIGRITI KNNNGSVYAR

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分子 #2: Hoc-like protein ORF90

分子名称: Hoc-like protein ORF90 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage S6 (ファージ)
分子量理論値: 53.151375 KDa
配列文字列: MATTNYFKVK LLDEKLIPFL GLGERGPREN VILSSNDLAS LKQAGWTVTD VQPLPETGKI KYDRRTVYFK SEGETGKFIN VPFYINPVD ARDVLGLLKF DLIKLSDKSV VKTYTAKDIK SEILSLPTSD LEVNEEYELK LYFPKDASEN YDIAISEGHK N LFERVKDS ...文字列:
MATTNYFKVK LLDEKLIPFL GLGERGPREN VILSSNDLAS LKQAGWTVTD VQPLPETGKI KYDRRTVYFK SEGETGKFIN VPFYINPVD ARDVLGLLKF DLIKLSDKSV VKTYTAKDIK SEILSLPTSD LEVNEEYELK LYFPKDASEN YDIAISEGHK N LFERVKDS VFIKVKEYGK FTGRLVQLQQ DINVLKESAL PLDKILGYKD FDTKEVTPVA KENLLQLLSV NVSDESYARY QA DKNRLLF FSKTGEILVK VIERSIQDNI VNFNIRILDE ETIQNEIDKK IEYSVYDPKD GKFESINQTK SITVTPETVN IEA EQTQKL EVTTEPEGRK VSFELKDGSE FASVDNNGNI TGISEGTANV TVKSDDVSKN VEVNVSRLKT KSLTVTPEEV NIDA ESTQQ LDVKIQPSTN SVSYSITEGS EYASVNNSGL VTAKAAGTAK VKVTSDSVSK DVSVTISTSQ VEETPEETTT E

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 27164
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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