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万見
- EMDB-32931: Cryo-EM structure of MEC1-DDC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32931
タイトルCryo-EM structure of MEC1-DDC2
マップデータ
試料
  • 複合体: MEC1-DDC2
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase MEC1
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Zhang Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structures of Mec1/ATR kinase endogenously stimulated by different genotoxins.
著者: Qingjun Zhang / Po Wang / Tengwei Wu / Yueyue Zhang / Zexuan Zheng / Shangzhi Zhou / Dong Qian / Xuejuan Wang / Gang Cai /
履歴
登録2022年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.1922281 - 0.30095392
平均 (標準偏差)0.0007541061 (±0.013247274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MEC1-DDC2

全体名称: MEC1-DDC2
要素
  • 複合体: MEC1-DDC2
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase MEC1

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超分子 #1: MEC1-DDC2

超分子名称: MEC1-DDC2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase MEC1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase MEC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MESHVKYLDE LILAIKDLNS GVDSKVQIKK VPTDPSSSQE YAKSLKILNT LIRNLKDQRR NNIMKNDTIF SKTVSALALL LEYNPFLLV MKDSNGNFEI QRLIDDFLNI SVLNYDNYHR IWFMRRKLGS WCKACVEFYG KPAKFQLTAH FENTMNLYEQ A LTEVLLGK ...文字列:
MESHVKYLDE LILAIKDLNS GVDSKVQIKK VPTDPSSSQE YAKSLKILNT LIRNLKDQRR NNIMKNDTIF SKTVSALALL LEYNPFLLV MKDSNGNFEI QRLIDDFLNI SVLNYDNYHR IWFMRRKLGS WCKACVEFYG KPAKFQLTAH FENTMNLYEQ A LTEVLLGK TELLKFYDTL KGLYILLYWF TSEYSTFGNS IAFLDSSLGF TKFDFNFQRL IRIVLYVFDS CELAALEYAE IQ LKYISLV VDYVCNRTIS TALDAPALVC CEQLKFVLTT MHHFLDNKYG LLDNDPTMAK GILRLYSLCI SNDFSKCFVD HFP IDQWAD FSQSEHFPFT QLTNKALSIV YFDLKRRSLP VEALKYDNKF NIWVYQSEPD SSLKNVTSPF DDRYKQLEKL RLLV LKKFN KTERGTLLKY RVNQLSPGFF QRAGNDFKLI LNEASVSIQT CFKTNNITRL TSWTVILGRL ACLESEKFSG TLPNS TKDM DNWYVCHLCD IEKTGNPFVR INPNRPEAAG KSEIFRILHS NFLSHPNIDE FSESLLSGIL FSLHRIFSHF QPPKLT DGN GQINKSFKLV QKCFMNSNRY LRLLSTRIIP LFNISDSHNS EDEHTATLIK FLQSQKLPVV KENLVIAWTQ LTLTTSN DV FDTLLLKLID IFNSDDYSLR IMMTLQIKNM AKILKKTPYQ LLSPILPVLL RQLGKNLVER KVGFQNLIEL LGYSSKTI L DIFQRYIIPY AIIQYKSDVL SEIAKIMCDG DTSLINQMKV NLLKKNSRQI FAVALVKHGL FSLDILETLF LNRAPTFDK GYITAYLPDY KTLAEITKLY KNSVTKDASD SENANMILCS LRFLITNFEK DKRHGSKYKN INNWTDDQEQ AFQKKLQDNI LGIFQVFSS DIHDVEGRTT YYEKLRVING ISFLIIYAPK KSIISALAQI SICLQTGLGL KEVRYEAFRC WHLLVRHLND E ELSTVIDS LIAFILQKWS EFNGKLRNIV YSILDTLIKE KSDLILKLKP YTTLALVGKP ELGILARDGQ FARMVNKIRS TT DLIPIFA NNLKSSNKYV INQNLDDIEV YLRRKQTERS IDFTPKKVGQ TSDITLVLGA LLDTSHKFRN LDKDLCEKCA KCI SMIGVL DVTKHEFKRT TYSENEVYDL NDSVQTIKFL IWVINDILVP AFWQSENPSK QLFVALVIQE SLKYCGLSSE SWDM NHKEL YPNEAKLWEK FNSVSKTTIY PLLSSLYLAQ SWKEYVPLKY PSNNFKEGYK IWVKRFTLDL LKTGTTENHP LHVFS SLIR EDDGSLSNFL LPYISLDIII KAEKGTPYAD ILNGIIIEFD SIFTCNLEGM NNLQVDSLRM CYESIFRVFE YCKKWA TEF KQNYSKLHGT FIIKDTKTTN MLLRIDEFLR TTPSDLLAQR SLETDSFERS ALYLEQCYRQ NPHDKNQNGQ LLKNLQI TY EEIGDIDSLD GVLRTFATGN LVSKIEELQY SENWKLAQDC FNVLGKFSDD PKTTTRMLKS MYDHQLYSQI ISNSSFHS S DGKISLSPDV KEWYSIGLEA ANLEGNVQTL KNWVEQIESL RNIDDREVLL QYNIAKALIA ISNEDPLRTQ KYIHNSFRL IGTNFITSSK ETTLLKKQNL LMKLHSLYDL SFLSSAKDKF EYKSNTTILD YRMERIGADF VPNHYILSMR KSFDQLKMNE QADADLGKT FFTLAQLARN NARLDIASES LMHCLERRLP QAELEFAEIL WKQGENDRAL KIVQEIHEKY QENSSVNARD R AAVLLKFT EWLDLSNNSA SEQIIKQYQD IFQIDSKWDK PYYSIGLYYS RLLERKKAEG YITNGRFEYR AISYFLLAFE KN TAKVREN LPKVITFWLD IAAASISEAP GNRKEMLSKA TEDICSHVEE ALQHCPTYIW YFVLTQLLSR LLHSHQSSAQ IIM HILLSL AVEYPSHILW YITALVNSNS SKRVLRGKHI LEKYRQHSQN PHDLVSSALD LTKALTRVCL QDVKSITSRS GKSL EKDFK FDMNVAPSAM VVPVRKNLDI ISPLESNSMR GYQPFRPVVS IIRFGSSYKV FSSLKKPKQL NIIGSDGNIY GIMCK KEDV RQDNQYMQFA TTMDFLLSKD IASRKRSLGI NIYSVLSLRE DCGILEMVPN VVTLRSILST KYESLKIKYS LKSLHD RWQ HTAVDGKLEF YMEQVDKFPP ILYQWFLENF PDPINWFNAR NTYARSYAVM AMVGHILGLG DRHCENILLD IQTGKVL HV DFDCLFEKGK RLPVPEIVPF RLTPNLLDAL GIIGTEGTFK KSSEVTLALM RKNEVALMNV IETIMYDRNM DHSIQKAL K VLRNKIRGID PQDGLVLSVA GQTETLIQEA TSEDNLSKMY IGWLPFW

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142400
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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