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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32921 | |||||||||
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タイトル | S protein of SARS-CoV-2 in complex with 2G1 focused on RBD_2G1 sub-complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo YY / Zhang YY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022 タイトル: Broad ultra-potent neutralization of SARS-CoV-2 variants by monoclonal antibodies specific to the tip of RBD. 著者: Hang Ma / Yingying Guo / Haoneng Tang / Chien-Te K Tseng / Lei Wang / Huifang Zong / Zhenyu Wang / Yang He / Yunsong Chang / Shusheng Wang / Haiqiu Huang / Yong Ke / Yunsheng Yuan / Mingyuan ...著者: Hang Ma / Yingying Guo / Haoneng Tang / Chien-Te K Tseng / Lei Wang / Huifang Zong / Zhenyu Wang / Yang He / Yunsong Chang / Shusheng Wang / Haiqiu Huang / Yong Ke / Yunsheng Yuan / Mingyuan Wu / Yuanyuan Zhang / Aleksandra Drelich / Kempaiah Rayavara Kempaiah / Bi-Hung Peng / Ailin Wang / Kaiyong Yang / Haiyang Yin / Junjun Liu / Yali Yue / Wenbo Xu / Shuangli Zhu / Tianjiao Ji / Xiaoju Zhang / Ziqi Wang / Gang Li / Guangchun Liu / Jingjing Song / Lingling Mu / ZongShang Xiang / Zhangyi Song / Hua Chen / Yanlin Bian / Baohong Zhang / Hui Chen / Jiawei Zhang / Yunji Liao / Li Zhang / Li Yang / Yi Chen / John Gilly / Xiaodong Xiao / Lei Han / Hua Jiang / Yueqing Xie / Qiang Zhou / Jianwei Zhu / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) continue to wreak havoc across the globe. Higher transmissibility and immunologic resistance of VOCs bring ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) continue to wreak havoc across the globe. Higher transmissibility and immunologic resistance of VOCs bring unprecedented challenges to epidemic extinguishment. Here we describe a monoclonal antibody, 2G1, that neutralizes all current VOCs and has surprising tolerance to mutations adjacent to or within its interaction epitope. Cryo-electron microscopy structure showed that 2G1 bound to the tip of receptor binding domain (RBD) of spike protein with small contact interface but strong hydrophobic effect, which resulted in nanomolar to sub-nanomolar affinities to spike proteins. The epitope of 2G1 on RBD partially overlaps with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) interface, which enables 2G1 to block interaction between RBD and ACE2. The narrow binding epitope but high affinity bestow outstanding therapeutic efficacy upon 2G1 that neutralized VOCs with sub-nanomolar half maximal inhibitory concentration in vitro. In SARS-CoV-2, Beta or Delta variant-challenged transgenic mice and rhesus macaque models, 2G1 protected animals from clinical illness and eliminated viral burden, without serious impact to animal safety. Mutagenesis experiments suggest that 2G1 is potentially capable of dealing with emerging SARS-CoV-2 variants in the future. This report characterized the therapeutic antibodies specific to the tip of spike against SARS-CoV-2 variants and highlights the potential clinical applications as well as for developing vaccine and cocktail therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32921.map.gz | 84.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32921-v30.xml emd-32921.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32921.png | 37 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32921 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32921 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32921_validation.pdf.gz | 340.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32921_full_validation.pdf.gz | 340.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32921_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32921_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32921 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32921 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S protein of SARS-CoV-2 in complex with 2G1 focused on RBD_2G1 su...
全体 | 名称: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 2G1 focused on RBD_2G1 sub-complex |
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要素 |
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-超分子 #1: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 2G1 focused on RBD_2G1 su...
超分子 | 名称: S protein of SARS-CoV-2 in complex with 2G1 focused on RBD_2G1 sub-complex タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: S protein of SARS-CoV-2
超分子 | 名称: S protein of SARS-CoV-2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: 2G1
超分子 | 名称: 2G1 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 316510 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |