[日本語] English
- EMDB-32906: Structure of human langerin complex in Birbeck granules -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32906
タイトルStructure of human langerin complex in Birbeck granules
マップデータLangerin trimer in the Birbeck granule.
試料
  • 複合体: Repeating unit of langerin lattice in Birbeck granule
    • タンパク質・ペプチド: SNAP-tag,C-type lectin domain family 4 member K
キーワードBirbeck granule / C-type lectin / Langerhans cell / virus defense / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / endocytic vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / early endosome membrane / carbohydrate binding / defense response to virus / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 4 member K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Oda T / Yanagisawa H
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H02654 日本
引用ジャーナル: Elife / : 2022
タイトル: Cryo-electron tomography of Birbeck granules reveals the molecular mechanism of langerin lattice formation.
著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Hideyuki Shinmori / Youichi Ogawa / Tatsuyoshi Kawamura /
要旨: Langerhans cells are specialized antigen-presenting cells localized within the epidermis and mucosal epithelium. Upon contact with Langerhans cells, pathogens are captured by the C-type lectin ...Langerhans cells are specialized antigen-presenting cells localized within the epidermis and mucosal epithelium. Upon contact with Langerhans cells, pathogens are captured by the C-type lectin langerin and internalized into a structurally unique vesicle known as a Birbeck granule. Although the immunological role of Langerhans cells and Birbeck granules have been extensively studied, the mechanism by which the characteristic zippered membrane structure of Birbeck granules is formed remains elusive. In this study, we observed isolated Birbeck granules using cryo-electron tomography and reconstructed the 3D structure of the repeating unit of the honeycomb lattice of langerin at 6.4 Å resolution. We found that the interaction between the two langerin trimers was mediated by docking the flexible loop at residues 258-263 into the secondary carbohydrate-binding cleft. Mutations within the loop inhibited Birbeck granule formation and the internalization of HIV pseudovirus. These findings suggest a molecular mechanism for membrane zippering during Birbeck granule biogenesis and provide insight into the role of langerin in the defense against viral infection.
履歴
登録2022年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Langerin trimer in the Birbeck granule.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 341.76 Å
2.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 341.76 Å
2.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 341.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.67 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.93
最小 - 最大-2.1185644 - 9.347019
平均 (標準偏差)0.120605834 (±0.33453304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 341.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Langerin trimer in the Birbeck granule. The second...

ファイルemd_32906_additional_1.map
注釈Langerin trimer in the Birbeck granule. The second body of multibody refinement.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_32906_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_32906_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
試料の構成要素

-
全体 : Repeating unit of langerin lattice in Birbeck granule

全体名称: Repeating unit of langerin lattice in Birbeck granule
要素
  • 複合体: Repeating unit of langerin lattice in Birbeck granule
    • タンパク質・ペプチド: SNAP-tag,C-type lectin domain family 4 member K

-
超分子 #1: Repeating unit of langerin lattice in Birbeck granule

超分子名称: Repeating unit of langerin lattice in Birbeck granule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Birbeck granules isolated from 293T cells by immunoprecipitation.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: SNAP-tag,C-type lectin domain family 4 member K

分子名称: SNAP-tag,C-type lectin domain family 4 member K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 185 amino acids SNAP-tag + 3xHA tag (YPYDVPDYAYPYDVPDYAYPYDVPDYA) + Linker (GSSG) + HRV3C cleavage site (LEVLFQGP)
コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.547773 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDKDCEMKRT TLDSPLGKLE LSGCEQGLHE IKLLGKGTSA ADAVEVPAPA AVLGGPEPLM QATAWLNAYF HQPEAIEEFP VPALHHPVF QQESFTRQVL WKLLKVVKFG EVISYQQLAA LAGNPAATAA VKTALSGNPV PILIPCHRVV SSSGAVGGYE G GLAVKEWL ...文字列:
MDKDCEMKRT TLDSPLGKLE LSGCEQGLHE IKLLGKGTSA ADAVEVPAPA AVLGGPEPLM QATAWLNAYF HQPEAIEEFP VPALHHPVF QQESFTRQVL WKLLKVVKFG EVISYQQLAA LAGNPAATAA VKTALSGNPV PILIPCHRVV SSSGAVGGYE G GLAVKEWL LAHEGHRLGK PGLGPAGYPY DVPDYAYPYD VPDYAYPYDV PDYAGSSGLE VLFQGPTVEK EAPDAHFTVD KQ NISLWPR EPPPKSGPSL VPGKTPTVRA ALICLTLVLV ASVLLQAVLY PRFMGTISDV KTNVQLLKGR VDNISTLDSE IKK NSDGME AAGVQIQMVN ESLGYVRSQF LKLKTSVEKA NAQIQILTRS WEEVSTLNAQ IPELKSDLEK ASALNTKIRA LQGS LENMS KLLKRQNDIL QVVSQGWKYF KGNFYYFSLI PKTWYSAEQF CVSRNSHLTS VTSESEQEFL YKTAGGLIYW IGLTK AGME GDWSWVDDTP FNKVQSARFW IPGEPNNAGN NEHCGNIKAP SLQAWNDAPC DKTFLFICKR PYVPSEP

UniProtKB: C-type lectin domain family 4 member K

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態2D array

-
試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 10 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.74 sec. / 平均電子線量: 1.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス(補正後): 8.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 35000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 63563
抽出トモグラム数: 33 / 使用した粒子像数: 93953
ソフトウェア: (名称: IMOD (ver. 4.11.11), RELION (ver. 4.0))
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-7wz8:
Structure of human langerin complex in Birbeck granules

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る