[日本語] English
万見
- EMDB-32850: Allosteric modulator ZCZ011 binding to CP55940-bound cannabinoid ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32850
タイトルAllosteric modulator ZCZ011 binding to CP55940-bound cannabinoid receptor 1 in complex with Gi protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
    • 複合体: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Cannabinoid receptor 1
    • 複合体: ScFv16
      • タンパク質・ペプチド: ScFv16
  • リガンド: 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol
  • リガンド: 6-methyl-3-[(1S)-2-nitro-1-thiophen-2-yl-ethyl]-2-phenyl-1H-indole
キーワードComplex / agonist / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / negative regulation of dopamine secretion / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of serotonin secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus ...cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / negative regulation of dopamine secretion / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of serotonin secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of action potential / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of urine volume / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of synaptic transmission / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / axonal fasciculation / regulation of metabolic process / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / regulation of synaptic transmission, GABAergic / neuronal dense core vesicle / negative regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / maternal process involved in female pregnancy / Adenylate cyclase inhibitory pathway / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of blood pressure / response to nutrient / regulation of insulin secretion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of superoxide anion generation / GABA-ergic synapse / Regulation of insulin secretion / response to nicotine / response to cocaine / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of neuron projection development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / memory / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / glucose homeostasis / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / actin cytoskeleton / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / cell body / growth cone / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / midbody / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Cannabinoid receptor 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Xu Z / Shao Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of allosteric modulation for the cannabinoid receptor CB1.
著者: Xin Yang / Xuehui Wang / Zheng Xu / Chao Wu / Yangli Zhou / Yifei Wang / Guifeng Lin / Kan Li / Ming Wu / Anjie Xia / Jingming Liu / Lin Cheng / Jun Zou / Wei Yan / Zhenhua Shao / Shengyong Yang /
要旨: Given the promising clinical value of allosteric modulators of G protein-coupled-receptors (GPCRs), mechanistic understanding of how these modulators alter GPCR function is of significance. Here, we ...Given the promising clinical value of allosteric modulators of G protein-coupled-receptors (GPCRs), mechanistic understanding of how these modulators alter GPCR function is of significance. Here, we report the crystallographic and cryo-electron microscopy structures of the cannabinoid receptor CB1 bound to the positive allosteric modulator (PAM) ZCZ011. These structures show that ZCZ011 binds to an extrahelical site in the transmembrane 2 (TM2)-TM3-TM4 surface. Through (un)biased molecular dynamics simulations and mutagenesis experiments, we show that TM2 rearrangement is critical for the propagation of allosteric signals. ZCZ011 exerts a PAM effect by promoting TM2 rearrangement in favor of receptor activation and increasing the population of receptors that adopt an active conformation. In contrast, ORG27569, a negative allosteric modulator (NAM) of CB1, also binds to the TM2-TM3-TM4 surface and exerts a NAM effect by impeding the TM2 rearrangement. Our findings fill a gap in the understanding of CB1 allosteric regulation and could guide the rational design of CB1 allosteric modulators.
履歴
登録2022年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32850.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.355
最小 - 最大-2.2714355 - 3.2346296
平均 (標準偏差)0.0005977632 (±0.073663)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins

全体名称: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
要素
  • 複合体: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
    • 複合体: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Cannabinoid receptor 1
    • 複合体: ScFv16
      • タンパク質・ペプチド: ScFv16
  • リガンド: 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol
  • リガンド: 6-methyl-3-[(1S)-2-nitro-1-thiophen-2-yl-ethyl]-2-phenyl-1H-indole

+
超分子 #1: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins

超分子名称: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins

超分子名称: Cannabinoid receptor 1 complexed with Gi heterotrimer proteins
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: ScFv16

超分子名称: ScFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.502863 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY ...文字列:
MGCTVSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY IPTQQDVLRT RVKTTGIVET HFTFKDLHFK MFDVGAQRSE RKKWIHCFEG VTAIIFCVAL SAYDLVLAED EE MNRMHAS MKLFDSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KITHSPLTIC FPEYTGANKY DEAASYIQSK FEDLNKRKDT KEI YTHFTC STDTKNVQFV FDAVTDVIIK NNLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.734414 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHEN LYFQGGSLLQ SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA G HTGYLSCC ...文字列:
MHHHHHHHEN LYFQGGSLLQ SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA G HTGYLSCC RFLDDNQIVT SSGDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QT FTGHESD INAICFFPNG NAFATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALK ADRAGV LAGHDNRVSC LGVTDDGMAV ATGSWDSFLK IWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #4: Cannabinoid receptor 1

分子名称: Cannabinoid receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.91477 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKSILDGLAD TTFRTITTDL LYVGSNDIQY EDIKGDMASK LGYFPQKFPL TSFRGSPFQE KMTAGDNPQL VPADQVNITE FYNKSLSSF KENEENIQCG ENFMDIECFM VLNPSQQLAI AVLSLTLGTF TVLENLLVLC VILHSRSLRC RPSYHFIGSL A VADLLGSV ...文字列:
MKSILDGLAD TTFRTITTDL LYVGSNDIQY EDIKGDMASK LGYFPQKFPL TSFRGSPFQE KMTAGDNPQL VPADQVNITE FYNKSLSSF KENEENIQCG ENFMDIECFM VLNPSQQLAI AVLSLTLGTF TVLENLLVLC VILHSRSLRC RPSYHFIGSL A VADLLGSV IFVYSFIDFH VFHRKDSRNV FLFKLGGVTA SFTASVGSLF LTAIDRYISI HRPLAYKRIV TRPKAVVAFC LM WTIAIVI AVLPLLGWNC EKLQSVCSDI FPHIDETYLM FWIGVTSVLL LFIVYAYMYI LWKAHSHAVR MIQRGTQKSI IIH TSEDGK VQVTRPDQAR MDIRLAKTLV LILVVLIICW GPLLAIMVYD VFGKMNKLIK TVFAFCSMLC LLNSTVNPII YALR SKDLR HAFRSMFPSC EGTAQPLDNS MGDSDCLHKH ANNAASVHRA AESCIKSTVK IAKVTMSVST DTSAEAL

UniProtKB: Cannabinoid receptor 1

+
分子 #5: ScFv16

分子名称: ScFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.636793 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ GHHHHHHHH

+
分子 #6: 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methy...

分子名称: 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 9GF
分子量理論値: 376.573 Da
Chemical component information

ChemComp-9GF:
2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol / CP-55940

+
分子 #7: 6-methyl-3-[(1S)-2-nitro-1-thiophen-2-yl-ethyl]-2-phenyl-1H-indole

分子名称: 6-methyl-3-[(1S)-2-nitro-1-thiophen-2-yl-ethyl]-2-phenyl-1H-indole
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 7IC
分子量理論値: 362.445 Da
Chemical component information

ChemComp-7IC:
6-methyl-3-[(1S)-2-nitro-1-thiophen-2-yl-ethyl]-2-phenyl-1H-indole

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kpg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 358465
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る