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万見
- EMDB-32827: Cryo-EM structure of dodecamer P97 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32827
タイトルCryo-EM structure of dodecamer P97
マップデータ
試料
  • 複合体: dodecamer complex of P97
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)phenoxy]methyl]-1,2,4-triazol-4-yl]pyridine
キーワードAAA ATPase / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / cytoplasm protein quality control / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding ...positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / cytoplasm protein quality control / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding / protein-DNA covalent cross-linking repair / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / ubiquitin-modified protein reader activity / regulation of protein localization to chromatin / aggresome assembly / NADH metabolic process / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / vesicle-fusing ATPase / cellular response to misfolded protein / stress granule disassembly / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of mitochondrial membrane potential / retrograde protein transport, ER to cytosol / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of aerobic respiration / regulation of synapse organization / positive regulation of ATP biosynthetic process / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / MHC class I protein binding / ubiquitin-like protein ligase binding / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / HSF1 activation / negative regulation of hippo signaling / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / translesion synthesis / proteasomal protein catabolic process / Protein methylation / interstrand cross-link repair / ATP metabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Attachment and Entry / proteasome complex / viral genome replication / lipid droplet / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hh mutants are degraded by ERAD / macroautophagy / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / positive regulation of protein-containing complex assembly / ADP binding / Translesion Synthesis by POLH / establishment of protein localization / ABC-family proteins mediated transport / : / autophagy / Aggrephagy / cytoplasmic stress granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein catabolic process / azurophil granule lumen / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Ovarian tumor domain proteases / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / Neddylation / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / Attachment and Entry / protein ubiquitination / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / lipid binding / DNA damage response / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily ...AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transitional endoplasmic reticulum ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Liu S / Wang T
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of dodecamer P97 at 2.99 Angstroms resolution
著者: Liu S / Wang T
履歴
登録2022年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.331
最小 - 最大-2.3883224 - 3.8745933
平均 (標準偏差)0.0003018132 (±0.08258804)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 531.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : dodecamer complex of P97

全体名称: dodecamer complex of P97
要素
  • 複合体: dodecamer complex of P97
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)phenoxy]methyl]-1,2,4-triazol-4-yl]pyridine

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超分子 #1: dodecamer complex of P97

超分子名称: dodecamer complex of P97 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

分子名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.543727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVRN NLRVRLGDVI SIQPCPDVK YGKRIHVLPI DDTVEGITGN LFEVYLKPYF LEAYRPIRKG DIFLVRGGMR AVEFKVVETD PSPYCIVAPD T VIHCEGEP ...文字列:
NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVRN NLRVRLGDVI SIQPCPDVK YGKRIHVLPI DDTVEGITGN LFEVYLKPYF LEAYRPIRKG DIFLVRGGMR AVEFKVVETD PSPYCIVAPD T VIHCEGEP IKREDEEESL NEVGYDDIGG CRKQLAQIKE MVELPLRHPA LFKAIGVKPP RGILLYGPPG TGKTLIARAV AN ETGAFFF LINGPEIMSK LAGESESNLR KAFEEAEKNA PAIIFIDELD AIAPKREKTH GEVERRIVSQ LLTLMDGLKQ RAH VIVMAA TNRPNSIDPA LRRFGRFDRE VDIGIPDATG RLEILQIHTK NMKLADDVDL EQVANETHGH VGADLAALCS EAAL QAIRK KMDLIDLEDE TIDAEVMNSL AVTMDDFRWA LSQSNPSALR ETVVEVPQVT WEDIGGLEDV KRELQELVQY PVEHP DKFL KFGMTPSKGV LFYGPPGCGK TLLAKAIANE CQANFISIKG PELLTMWFGE SEANVREIFD KARQAAPCVL FFDELD SIA KARGGNIGDG GGAADRVINQ ILTEMDGMST KKNVFIIGAT NRPDIIDPAI LRPGRLDQLI YIPLPDEKSR VAILKAN LR KSPVAKDVDL EFLAKMTNGF SGADLTEICQ RACKLAIRES IESEIRRERE RQTNPSAMEV EEDDPVPEIR RDHFEEAM R FARRSVSDND IRKYEMFAQT LQQSRGFGSF RFPS

UniProtKB: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

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分子 #2: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

分子名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.048098 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVGYDDIGGC RKQLAQIKEM VELPLRHPAL FKAIGVKPPR GILLYGPPGT GKTLIARAVA NETGAFFFLI NGPEIMSKLA GESESNLRK AFEEAEKNAP AIIFIDELDA IAPKREKTHG EVERRIVSQL LTLMDGLKQR AHVIVMAATN RPNSIDPALR R FGRFDREV ...文字列:
EVGYDDIGGC RKQLAQIKEM VELPLRHPAL FKAIGVKPPR GILLYGPPGT GKTLIARAVA NETGAFFFLI NGPEIMSKLA GESESNLRK AFEEAEKNAP AIIFIDELDA IAPKREKTHG EVERRIVSQL LTLMDGLKQR AHVIVMAATN RPNSIDPALR R FGRFDREV DIGIPDATGR LEILQIHTKN MKLADDVDLE QVANETHGHV GADLAALCSE AALQAIRKKM DLIDLEDETI DA EVMNSLA VTMDDFRWAL SQSNPSALRE TVVEVPQVTW EDIGGLEDVK RELQELVQYP VEHPDKFLKF GMTPSKGVLF YGP PGCGKT LLAKAIANEC QANFISIKGP ELLTMWFGES EANVREIFDK ARQAAPCVLF FDELDSIAKA RGGNIGDGGG AADR VINQI LTEMDGMSTK KNVFIIGATN RPDIIDPAIL RPGRLDQLIY IPLPDEKSRV AILKANLRKS PVAKDVDLEF LAKMT NGFS GADLTEICQR ACKLAIRESI ESEIRRERQT QTNPSAMEVE EDDPVPEIRR DHFEEAMRFA RRSVSDNDIR KYEMFA QTL QQSRGFGSFR FPS

UniProtKB: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

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分子 #3: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

分子名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.105184 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVGYDDIGGC RKQLAQIKEM VELPLRHPAL FKAIGVKPPR GILLYGPPGT GKTLIARAVA NETGAFFFLI NGPEIMSKLA GESESNLRK AFEEAEKNAP AIIFIDELDA IAPKREKTHG EVERRIVSQL LTLMDGLKQR AHVIVMAATN RPNSIDPALR R FGRFDREV ...文字列:
EVGYDDIGGC RKQLAQIKEM VELPLRHPAL FKAIGVKPPR GILLYGPPGT GKTLIARAVA NETGAFFFLI NGPEIMSKLA GESESNLRK AFEEAEKNAP AIIFIDELDA IAPKREKTHG EVERRIVSQL LTLMDGLKQR AHVIVMAATN RPNSIDPALR R FGRFDREV DIGIPDATGR LEILQIHTKN MKLADDVDLE QVANETHGHV GADLAALCSE AALQAIRKKM DLIDLEDETI DA EVMNSLA VTMDDFRWAL SQSNPSALRE TVVEVPQVTW EDIGGLEDVK RELQELVQYP VEHPDKFLKF GMTPSKGVLF YGP PGCGKT LLAKAIANEC QANFISIKGP ELLTMWFGES EANVREIFDK ARQAAPCVLF FDELDSIAKA RGGNIGDGGG AADR VINQI LTEMDGMSTK KNVFIIGATN RPDIIDPAIL RPGRLDQLIY IPLPDEKSRV AILKANLRKS PVAKDVDLEF LAKMT NGFS GADLTEICQR ACKLAIRESI ESEIRRERER QTNPSAMEVE EDDPVPEIRR DHFEEAMRFA RRSVSDNDIR KYEMFA QTL QQSRGFGSFR FPS

UniProtKB: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: 3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)p...

分子名称: 3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)phenoxy]methyl]-1,2,4-triazol-4-yl]pyridine
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: Y6Y
分子量理論値: 520.666 Da
Chemical component information

ChemComp-Y6Y:
3-[3-cyclopentylsulfanyl-5-[[3-methyl-4-(4-methylsulfonylphenyl)phenoxy]methyl]-1,2,4-triazol-4-yl]pyridine / 3-[[2-メチル-4′-(メチルスルホニル)-4-ビフェニリルオキシ]メチル]-4-(3-ピリジル)-5-(シクロペ(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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