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万見
- EMDB-32709: EV71 VLP maps embedded in crystalline ice -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32709
タイトルEV71 VLP maps embedded in crystalline ice
マップデータThe EM map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera
試料
  • ウイルス: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / Picornavirus coat protein / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang X / Shi H / Wu C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930069 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Addressing compressive deformation of proteins embedded in crystalline ice.
著者: Huigang Shi / Chunling Wu / Xinzheng Zhang /
要旨: For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. ...For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. Whether and how crystalline ice affects single-particle cryo-EM is still unclear. Here, single-particle cryo-EM was used to analyze three-dimensional structures of various proteins and viruses embedded in crystalline ice formed at various cooling rates. Low cooling rates led to shrinkage deformation and density distortions on samples having loose structures. Higher cooling rates reduced deformations. Deformation-free proteins in crystalline ice were obtained by modifying the freezing conditions, and reconstructions from these samples revealed a marked improvement over vitreous ice. This procedure also increased the efficiency of cryo-EM structure determinations and was essential for high-resolution reconstructions.
履歴
登録2022年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年2月15日-
現状2023年2月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32709.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 420 pix.
= 344.4 Å		0.82 Å/pix.
x 420 pix.
= 344.4 Å		0.82 Å/pix.
x 420 pix.
= 344.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.03322463 - 0.06996652
平均 (標準偏差)0.00044179638 (±0.005749098)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 344.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32709_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at...

ファイルemd_32709_additional_1.map
注釈EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at -60 degree collected via Titan Kcrios by K2 camera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at...

ファイルemd_32709_additional_2.map
注釈EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at -100 degree collected via Titan Kcrios by K2 camera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at...

ファイルemd_32709_additional_3.map
注釈EV71 VLP map from crystal-embedded datasets frozen at -140 degree collected via FEI Arctica by K2 camera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EV71 VLP map from standard freezing datasets collected...

ファイルemd_32709_additional_4.map
注釈EV71 VLP map from standard freezing datasets collected via Titan Krios by K2 camera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map of EV71 VLP from crystal-embedded...

ファイルemd_32709_half_map_1.map
注釈The half map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map of EV71 VLP from crystal-embedded...

ファイルemd_32709_half_map_2.map
注釈The half map of EV71 VLP from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via Titan Krios by K2 camera
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus A71

全体名称: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)

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超分子 #1: Enterovirus A71

超分子名称: Enterovirus A71 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Enterovirus A71 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROCOMPLEX / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
糖包埋材質: crystalline ice

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5219
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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