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万見
- EMDB-32699: Galanin-bound galanin receptor 2 in complex with Gq -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32699
タイトルGalanin-bound galanin receptor 2 in complex with Gq
マップデータ
試料
  • 複合体: Galanin-GAL2R-Gq-Nb35
    • 複合体: Galanin receptor type 2
      • タンパク質・ペプチド: Galanin receptor type 2
    • 複合体: Galanin
      • タンパク質・ペプチド: Galanin
    • 複合体: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Nb35
      • タンパク質・ペプチド: Nb35
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
機能・相同性
機能・相同性情報


galanin-activated signaling pathway / galanin receptor binding / type 1 galanin receptor binding / type 2 galanin receptor binding / type 3 galanin receptor binding / galanin receptor activity / positive regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cortisol secretion / regulation of glucocorticoid metabolic process ...galanin-activated signaling pathway / galanin receptor binding / type 1 galanin receptor binding / type 2 galanin receptor binding / type 3 galanin receptor binding / galanin receptor activity / positive regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cortisol secretion / regulation of glucocorticoid metabolic process / inositol phosphate metabolic process / negative regulation of lymphocyte proliferation / phosphatidylinositol metabolic process / neuropeptide hormone activity / neuropeptide binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / : / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / feeding behavior / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / peptide hormone binding / cAMP-mediated signaling / response to immobilization stress / photoreceptor outer segment / neuropeptide signaling pathway / protein kinase A signaling / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / Peptide ligand-binding receptors / muscle contraction / 分泌 / response to insulin / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / 繊毛 / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / response to estrogen / sensory perception of taste / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / neuron projection development / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / cell body / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / cell population proliferation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Galanin receptor 2 / Galanin receptor family / Galanin / Galanin precursor / Galanin message associated peptide (GMAP) / Galanin / Galanin message associated peptide (GMAP) / Galanin signature. / Galanin / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Galanin receptor 2 / Galanin receptor family / Galanin / Galanin precursor / Galanin message associated peptide (GMAP) / Galanin / Galanin message associated peptide (GMAP) / Galanin signature. / Galanin / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Galanin receptor type 2 / Galanin peptides / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus (クマネズミ属) / Lama glama (ラマ) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Duan J / Shen DD / Xu HE / Zhang Y / Jiang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for allosteric agonism and G protein subtype selectivity of galanin receptors
著者: Duan J / Shen DD / Zhao T / Guo S / He X / Yin W / Xu P / Ji Y / Chen LN / Liu J / Zhang H / Liu Q / Shi Y / Cheng X / Jiang H / Eric Xu H / Zhang Y / Xie X / Jiang Y
履歴
登録2022年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32699.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.12276983 - 0.20072673
平均 (標準偏差)-2.078135e-05 (±0.0058404473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 227.13602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Galanin-GAL2R-Gq-Nb35

全体名称: Galanin-GAL2R-Gq-Nb35
要素
  • 複合体: Galanin-GAL2R-Gq-Nb35
    • 複合体: Galanin receptor type 2
      • タンパク質・ペプチド: Galanin receptor type 2
    • 複合体: Galanin
      • タンパク質・ペプチド: Galanin
    • 複合体: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Nb35
      • タンパク質・ペプチド: Nb35
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール

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超分子 #1: Galanin-GAL2R-Gq-Nb35

超分子名称: Galanin-GAL2R-Gq-Nb35 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Galanin receptor type 2

超分子名称: Galanin receptor type 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

+
超分子 #3: Galanin

超分子名称: Galanin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

超分子名称: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Rattus (クマネズミ属)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #6: Nb35

超分子名称: Nb35 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
超分子 #7: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

+
分子 #1: Galanin receptor type 2

分子名称: Galanin receptor type 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.744082 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNVSGCPGAG NASQAGGGGG WHPEAVIVPL LFALIFLVGT VGNTLVLAVL LRGGQAVSTT NLFILNLGVA DLCFILCCVP FQATIYTLD GWVFGSLLCK AVHFLIFLTM HASSFTLAAV SLDRYLAIRY PLHSRELRTP RNALAAIGLI WGLSLLFSGP Y LSYYRQSQ ...文字列:
MNVSGCPGAG NASQAGGGGG WHPEAVIVPL LFALIFLVGT VGNTLVLAVL LRGGQAVSTT NLFILNLGVA DLCFILCCVP FQATIYTLD GWVFGSLLCK AVHFLIFLTM HASSFTLAAV SLDRYLAIRY PLHSRELRTP RNALAAIGLI WGLSLLFSGP Y LSYYRQSQ LANLTVCHPA WSAPRRRAMD ICTFVFSYLL PVLVLGLTYA RTLRYLWRAV DPVAAGSGAR RAKRKVTRMI LI VAALFCL CWMPHHALIL CVWFGQFPLT RATYALRILS HLVSYANSCV NPIVYALVSK HFRKGFRTIC AGLLGRAPGR ASG RVCAAA RGTHSGSVLE RESSDLLHMS EAAGALRPCP GASQPCILEP CPGPSWQGPK AGDSILTVDV A

+
分子 #2: Galanin

分子名称: Galanin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.161446 KDa
配列文字列:
GWTLNSAGYL LGPHAVGNHR SFSDKNGLTS

+
分子 #3: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

分子名称: Engineered Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.708383 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRKEFVDIST ASG DGRHIC YPHFTCAVDT ENARRIFNDC KDIILQMNLR EYNLV

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus (クマネズミ属)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

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分子 #5: Nb35

分子名称: Nb35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.71432 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHH

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分子 #6: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wha

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 255766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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