[日本語] English
万見
- EMDB-32676: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32676
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in complex with three neutralizing antibodies
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in complex with three neutralizing antibodies
    • 複合体: neutralizing antibodies
      • タンパク質・ペプチド: 36H6 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 83H7 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 83H7 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 85F7 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 36H6 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 85F7 light chain
    • 複合体: spike protein STFK
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / spike / vaccine / neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Zheng Q / Sun H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Lineage-mosaic and mutation-patched spike proteins for broad-spectrum COVID-19 vaccine.
著者: Yangtao Wu / Shaojuan Wang / Yali Zhang / Lunzhi Yuan / Qingbing Zheng / Min Wei / Yang Shi / Zikang Wang / Jian Ma / Kai Wang / Meifeng Nie / Jin Xiao / Zehong Huang / Peiwen Chen / Huilin ...著者: Yangtao Wu / Shaojuan Wang / Yali Zhang / Lunzhi Yuan / Qingbing Zheng / Min Wei / Yang Shi / Zikang Wang / Jian Ma / Kai Wang / Meifeng Nie / Jin Xiao / Zehong Huang / Peiwen Chen / Huilin Guo / Miaolin Lan / Jingjing Xu / Wangheng Hou / Yunda Hong / Dabing Chen / Hui Sun / Hualong Xiong / Ming Zhou / Che Liu / Wenjie Guo / Huiyu Guo / Jiahua Gao / Congling Gan / Zhixiong Li / Haitao Zhang / Xinrui Wang / Shaowei Li / Tong Cheng / Qinjian Zhao / Yixin Chen / Ting Wu / Tianying Zhang / Jun Zhang / Hua Cao / Huachen Zhu / Quan Yuan / Yi Guan / Ningshao Xia /
要旨: SARS-CoV-2 spread in humans results in continuous emergence of new variants, highlighting the need for vaccines with broad-spectrum antigenic coverage. Using inter-lineage chimera and mutation-patch ...SARS-CoV-2 spread in humans results in continuous emergence of new variants, highlighting the need for vaccines with broad-spectrum antigenic coverage. Using inter-lineage chimera and mutation-patch strategies, we engineered a recombinant monomeric spike variant (STFK1628x) that contains key regions and residues across multiple SAR-CoV-2 variants. STFK1628x demonstrated high immunogenicity and mutually complementary antigenicity to its prototypic form (STFK). In hamsters, a bivalent vaccine composed of STFK and STFK1628x elicited high titers of broad-spectrum neutralizing antibodies to 19 circulating SARS-CoV-2 variants, including Omicron sublineages BA.1, BA.1.1, BA.2, BA.2.12.1, BA.2.75, and BA.4/5. Furthermore, this vaccine conferred robust protection against intranasal challenges by either SARS-CoV-2 ancestral strain or immune-evasive Beta and Omicron BA.1. Strikingly, vaccination with the bivalent vaccine in hamsters effectively blocked within-cage virus transmission of ancestral SARS-CoV-2, Beta variant, and Omicron BA.1 to unvaccinated sentinels. Thus, our study provided insight and antigen candidates for the development of next-generation COVID-19 vaccines.
履歴
登録2022年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_32676.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.778 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.42955515 - 0.5978903
平均 (標準偏差)-0.00012783842 (±0.010558087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 311.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in...

全体名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in complex with three neutralizing antibodies
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in complex with three neutralizing antibodies
    • 複合体: neutralizing antibodies
      • タンパク質・ペプチド: 36H6 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 83H7 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 83H7 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 85F7 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 36H6 light chain
      • タンパク質・ペプチド: 85F7 light chain
    • 複合体: spike protein STFK
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in...

超分子名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 recombinant spike protein STFK in complex with three neutralizing antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #2: neutralizing antibodies

超分子名称: neutralizing antibodies / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#7
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
超分子 #3: spike protein STFK

超分子名称: spike protein STFK / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

+
分子 #1: 36H6 heavy chain

分子名称: 36H6 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.129477 KDa
配列文字列:
VQLQQSGPEL VNPGASVKIS CKTSGYTFTE YTMHWVKQSH GKSLEWIGGI NPNNGDTIYN QKFKGKATLT VDKSSSTAYM ELRSLTSED SAVFYCAREG DYYVSSYGYW GQGTTLTVSS

+
分子 #2: 83H7 light chain

分子名称: 83H7 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.428608 KDa
配列文字列:
VMTQSHKFLS TSVGDRVNIT CKASQDVDTA VAWYQQKPGQ SPKLLISWAS TRHTGVPDRF TGSGSGTDFT LTISNVQSED LADYFCQQY SPYPYTFGGG TKLEI

+
分子 #3: 83H7 heavy chain

分子名称: 83H7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.027506 KDa
配列文字列:
QLAQSGAELA RPGASVKLSC KASGYTFTRY WMQWVKQRPG QGLEWIGAIY PGDGDSRYTQ KFKGKATLTA DKSSSTAYMQ LSSLASEDS AVYYCARRNY YGYDAFAYWG QGTLVTVSA

+
分子 #4: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.344873 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列:
TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA P

UniProtKB: Spike glycoprotein

+
分子 #5: 85F7 heavy chain

分子名称: 85F7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.159612 KDa
配列文字列:
QVQLQQSGPE LVKPGASVRI SCKASGYTFT SYYIHWVKQR PGQGLEWIGW IYPGNVKSIY NEKFKGKATL TADKSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYFCAGE EHGNYFDFWG QGTTLTVSQ

+
分子 #6: 36H6 light chain

分子名称: 36H6 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.440956 KDa
配列文字列:
DIVMSQSPSS LAVSVGEKVT MSCKSSQSLL YSSNQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYYS FPLTFGAGTK LELK

+
分子 #7: 85F7 light chain

分子名称: 85F7 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.278539 KDa
配列文字列:
QIVLSQSPTI LSASPGEKVT MTCRANSSVG FMHWCQQKPG SSPKPWIYAT SNLASGVPGR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WSSDPPTFGS GTKLEIK

+
分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る